求助：shRNA的问题

liumenghan

刚开始做shRNA，已经设计出来几个序列。但是总怕这个shRNA 会对其他的基因造成一定的沉默作用，产生不可控的影响。$ X, T# d$ m0 q6 y8 s* h
各位有没有什么好的排除方法？或者可以打消我这个疑虑？
* {: B1 z. y7 U3 `先谢过了

liumenghan

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  S4 g2 B. g, k" O回复 老十 的帖子
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, a$ M4 g5 n3 Q3 X+ z筛选和证明有效都要做的。- p- w' J! K: X+ c, d3 G0 Z4 R
可是我觉得公司的也不一定保险，我从sigma网站上看到了一些validate的shRNA 序列。放到NCBI上blast了一下。有mRNA跟设计的shRNA序列重复率，高的有达到 百分之百，而百分之七八十也很是常见。虽然跟目的mRNA 功能上有一定距离，总觉得不放心。
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liumenghan

1 e' a. E  M$ i6 e' _; @4 E2 H" l3 p( c, J& ~9 u3 U8 i6 W
回复 老十 的帖子0 h) ~2 V0 d/ w) x, w# j3 s
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没关系的，大家一起讨论进步。我也再边做边思考一下% x3 k) s  A9 J1 L
我最后还是挑了和别的基因重合率最低的几对shRNA。, J6 I* \9 i. x6 `- Q6 b- w' q
我看了下书。现在感觉hit到其他的情况应该是不可避免的。只是knock down与他重合率60-70%的基因效率应该很低，低到可以忽略。毕竟沉默的RNA与其序列重合率是百分之百。! R) H' Y* f3 v. W/ G9 G6 T( g( y- h

liumenghan

回复 BNJN 的帖子$ {2 g# R; [8 i0 W
3 H8 E1 j  Q) Z: v6 Z- \
多做几个不同位置，只能保证一定会knock down。。好像也不能解决干扰其他基因的作用吧？$ o, Y1 r) i( g; W3 E
另外GFP和luciferase是载体上的吧？这个做control有什么作用呢。。。
6 V) ]) C8 S- q* F( n7 v没想通啊，求解答。