某个基因的启动子活性没变化，mRNA表达量却升高10几倍，这是为啥

zdgrp

最近在研究小鼠的ES细胞中的某个基因X，发现两个不同的处理A和B，B处理后，X的mRNA表达量升高10几倍，但做启动子活性检测发现，两个处理没有显著差异。3 q, V$ p! |" R$ d" ]
启动子活性检测试验用的是Promega的双荧光检测系统，除去试验的问题，想问一下，启动子活性没变化，mRNA表达量却有如此大的差异，可能有哪些原因？3 e- B7 j: f) a6 o$ O
mRNA稳定性发生变化是不是算一个？

weiyepan

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, E1 h. N0 L' y( ^& j0 ~" }, P! a1 w, A! y) B% c
这个可能性比较小啦，具体文献请查找关键字"alternative poly adenylation"。

zxingl

weiyepan 发表于 2013-12-5 16:09 / C8 t$ m4 U0 D) i
可能性1：对mRNA进行调控的miRNA转录水平下调了，导致mRNA水平升高；
# M2 D1 s2 V& c" w! a: V可能性2：你做的启动子区域不完整，还 ...

" B4 ], o" E1 E! c4 S9 J( \
1. 我理解为：处理后，转录水平下调的miRNA调控的靶基因是你的目的基因，而对报告基因不起作用；3 h* R0 Q9 m9 H  r
2. 同意此观点；
9 P0 U: h3 s; Q+ B9 e2 c3. 有点不理解：细胞微环境的改变难道不会影响报告基因polyA修饰点，从而影响报告基因mRNA稳定性吗？

zdgrp

回复 weiyepan 的帖子0 c- h& T/ p& F7 V
( k  x5 j8 v* [" E$ ]5 E+ R3 V7 M
对可能性3挺感兴趣，有相关的背景或者文献么，能否发一下？谢谢！

weiyepan

可能性1：对mRNA进行调控的miRNA转录水平下调了，导致mRNA水平升高；, {  t# ?# m7 z' m# o
可能性2：你做的启动子区域不完整，还有上游元件没包含进去；  w$ R, w! B% A5 ]! ]
可能性3：细胞微环境改变造成polyA修饰点不一样影响mRNA稳定性。/ `9 E- T9 E7 n8 S8 _
可能性4：我还没想到的可能性！

zdgrp

回复 zxingl 的帖子6 a4 ~+ }$ S! j! r" O! S4 C
$ S0 ]3 z4 |! M+ ]1 s
谢谢，，我检测蛋白水平了，B处理同样升高很多，这能说明什么么？

zxingl

1. 有可能如你自己说的，没有影响转录，但影响了mRNA稳定，这个可以通过检测蛋白水平来间接确定；
8 N2 X4 k2 {7 g+ d4 h2. 有可能你克隆下来的启动子区域（即报告基因上游的启动子片段）没有包含处理元素B的作用元件，所以报告系统对B处理没有反应，而内源启动子有反应。3 Y. a2 g( `2 y9 _9 j! s2 L' ]

zdgrp

回复 490096812 的帖子
3 D3 J- v$ r8 |* H1 ~8 i; L. {; V  m( k9 p; V( l
具体点呢？P.S.：B处理之后，X蛋白的表达量也是升高很多。。。。

490096812

这个有可能不是转录调控

zdgrp

自顶一下，大神快来啊