某个基因的启动子活性没变化，mRNA表达量却升高10几倍，这是为啥

zdgrp

最近在研究小鼠的ES细胞中的某个基因X，发现两个不同的处理A和B，B处理后，X的mRNA表达量升高10几倍，但做启动子活性检测发现，两个处理没有显著差异。
9 r/ Y. N, X6 J0 D$ }启动子活性检测试验用的是Promega的双荧光检测系统，除去试验的问题，想问一下，启动子活性没变化，mRNA表达量却有如此大的差异，可能有哪些原因？
( R  V! ?' ^: W: MmRNA稳定性发生变化是不是算一个？

zdgrp

自顶一下，大神快来啊

490096812

这个有可能不是转录调控

zdgrp

回复 490096812 的帖子& m2 I& L- G% E. C/ B3 `. ?) r
! }) [- F& R! B( ]8 r+ b1 t1 u/ U
具体点呢？P.S.：B处理之后，X蛋白的表达量也是升高很多。。。。

zxingl

1. 有可能如你自己说的，没有影响转录，但影响了mRNA稳定，这个可以通过检测蛋白水平来间接确定；
" ^$ ~& O3 C/ r/ P4 \' n1 B2. 有可能你克隆下来的启动子区域（即报告基因上游的启动子片段）没有包含处理元素B的作用元件，所以报告系统对B处理没有反应，而内源启动子有反应。3 F: F8 h1 D! z) ?

zdgrp

回复 zxingl 的帖子& A' s' R& c7 R' G
  b# R) v$ h6 r0 b. Z) U, o
谢谢，，我检测蛋白水平了，B处理同样升高很多，这能说明什么么？

weiyepan

可能性1：对mRNA进行调控的miRNA转录水平下调了，导致mRNA水平升高；: J/ Y2 V2 y1 x  B! J, f6 o/ u
可能性2：你做的启动子区域不完整，还有上游元件没包含进去；( O1 X, C/ l' B" c
可能性3：细胞微环境改变造成polyA修饰点不一样影响mRNA稳定性。2 t  a" a" l# Z7 H: i
可能性4：我还没想到的可能性！

zdgrp

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( }  b% X7 t) C# d# |. ?" l1 t" K/ b% F  R4 O( R3 u# f8 `& t; N
对可能性3挺感兴趣，有相关的背景或者文献么，能否发一下？谢谢！

zxingl

weiyepan 发表于 2013-12-5 16:09
7 n: k7 r2 x6 Q' u( x4 r$ O; S可能性1：对mRNA进行调控的miRNA转录水平下调了，导致mRNA水平升高；
3 M) ^' `* v2 d/ ]* T  x$ F% O$ m可能性2：你做的启动子区域不完整，还 ...

, x* h& [8 Y+ d4 Y# V  E
1. 我理解为：处理后，转录水平下调的miRNA调控的靶基因是你的目的基因，而对报告基因不起作用；
6 L! j- c: l: d" y. u7 y2. 同意此观点；
3 ~8 U/ x% h1 b3. 有点不理解：细胞微环境的改变难道不会影响报告基因polyA修饰点，从而影响报告基因mRNA稳定性吗？

weiyepan

回复 zdgrp 的帖子  X& r  [" [  |' g8 L: H
; ]# n- X. }/ W
这个可能性比较小啦，具体文献请查找关键字"alternative poly adenylation"。