某个基因的启动子活性没变化，mRNA表达量却升高10几倍，这是为啥

zdgrp

最近在研究小鼠的ES细胞中的某个基因X，发现两个不同的处理A和B，B处理后，X的mRNA表达量升高10几倍，但做启动子活性检测发现，两个处理没有显著差异。4 H0 o  a8 ]. \2 Q* t! U3 |
启动子活性检测试验用的是Promega的双荧光检测系统，除去试验的问题，想问一下，启动子活性没变化，mRNA表达量却有如此大的差异，可能有哪些原因？, |' I( W. Y( e0 D3 l
mRNA稳定性发生变化是不是算一个？

zdgrp

自顶一下，大神快来啊

490096812

这个有可能不是转录调控

zdgrp

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7 B& T: q$ \- m" O! x7 H
' ]2 M+ s. k9 X5 D6 w具体点呢？P.S.：B处理之后，X蛋白的表达量也是升高很多。。。。

zxingl

1. 有可能如你自己说的，没有影响转录，但影响了mRNA稳定，这个可以通过检测蛋白水平来间接确定；
* f& A) U3 F' q; p) s* i+ g2. 有可能你克隆下来的启动子区域（即报告基因上游的启动子片段）没有包含处理元素B的作用元件，所以报告系统对B处理没有反应，而内源启动子有反应。0 j+ M1 E9 x2 w, P; n9 l

zdgrp

回复 zxingl 的帖子* b; ?# u2 J" X! _" T' g# ^7 v
0 P! J3 q" I& k! |+ \/ E
谢谢，，我检测蛋白水平了，B处理同样升高很多，这能说明什么么？

weiyepan

可能性1：对mRNA进行调控的miRNA转录水平下调了，导致mRNA水平升高；
0 p! D: y+ G! z" _可能性2：你做的启动子区域不完整，还有上游元件没包含进去；% x/ C# C. H) E: |0 i, O, Y0 i
可能性3：细胞微环境改变造成polyA修饰点不一样影响mRNA稳定性。
/ o" E6 I2 m' e0 y- h! l; h可能性4：我还没想到的可能性！

zdgrp

回复 weiyepan 的帖子% E  y! S% K9 W

9 C9 J4 R' x- ~0 y& {* |对可能性3挺感兴趣，有相关的背景或者文献么，能否发一下？谢谢！

zxingl

weiyepan 发表于 2013-12-5 16:09
  S, D: k8 B) `2 ]可能性1：对mRNA进行调控的miRNA转录水平下调了，导致mRNA水平升高；
5 y3 @  y+ F6 n# {6 b可能性2：你做的启动子区域不完整，还 ...

( Z4 [7 j- o1 O" |( ?* L
1. 我理解为：处理后，转录水平下调的miRNA调控的靶基因是你的目的基因，而对报告基因不起作用；
3 P& l% W, O0 ?+ I! z% L2. 同意此观点；7 X, Z2 T  q* A; a  B0 z
3. 有点不理解：细胞微环境的改变难道不会影响报告基因polyA修饰点，从而影响报告基因mRNA稳定性吗？

weiyepan

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; j6 C9 ~0 D* S5 e; N0 U: \3 v, k; Y1 Y7 I  P
这个可能性比较小啦，具体文献请查找关键字"alternative poly adenylation"。