大家能不能来说说生物信息学在你们研究中的作用？

farui

比如，你们都搜集什么样的数据，采用什么样的方法处理数据，在数据处理中有什么困难，或是现在的处理方法有什么不足，希望有什么样的改进和特别的处理方法* _+ A2 S0 [, T) H5 l' r8 u
大家都来谈谈，好吗？

daiying5200000

我测序得到全外显子序列数据，通过过滤后剩下300多个意义未知的非同义突变，针对患者的临床特征复杂，请问如何进一步分析。

farui

你接下来是要去除结果中的false positives。我看有的文献上是做精细的sequencing analysis，把已知的fasle positives都去除，再分析，可以得到的consensus结果。我没有做过这些，具体的步骤你可以在网上找找。

daiying5200000

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5 _6 X7 A* P, K( k- g% `/ M' U! p7 p, w/ u5 F  |
多谢多谢

farui

回复 daiying5200000 的帖子4 n" b( L/ c; ]3 B+ W7 H- f6 M

* c; p" k7 F( b" I/ V: p" u不客气，您是做哪种疾病的研究？

farui

回复 daiying5200000 的帖子& c2 Y1 p% k$ Y
2 z: L/ O: B, _% L& e* ]& ^" c6 @: z
难道这里的朋友很少使用高通量的方法吗？为什么很少人对这个话题感兴趣？

farui

+ j9 X) y0 J6 R" R7 E# N自己顶，大家踊跃发言呀

embryonic12

回复 farui 的帖子. T( T% T8 ^9 R# m: l$ q7 c. L
0 b: m8 N4 K4 N  U4 r* V7 ]. F
我有一些microRNA芯片的数据，但不知道如何分析，生信息知识为零。而且预测靶基因后得到很多基因，不知道怎么缩小范围，确定真正有价值的基因进行下面的研究。看样子您是高手了，能否给点指点意见。高通量我们这也有人做，都是有钱的组。

farui

回复 embryonic12 的帖子0 j* I' b% Z  F+ {# r
% E& G% q5 w, }/ d% t
shame...我不是啥高手，就懂三脚猫的功夫，不敢自称高手，我也是来学习的。4 k4 a0 W. T" ~( v: s
你给的信息量有点少，很难给出明确的回答/ n- d8 T3 F1 ^4 p* n
你的microRNA数据是时间序列还是control/case类型？是和mRNA同时测得的，还是单独得到的？我曾经做过对microRNA和mRNA的表达数据一起作聚类分析，和microRNA有负相关的mRNA就是可能的靶基因，对这些靶基因作GO term分析，pathway分析，binding site分析，可以缩小范围。但这些方法要结合具体的研究作相应的调整。  ]% |1 \: N3 E' n

embryonic12

回复 farui 的帖子
8 [0 {4 k+ t) h2 I* u/ D' ?7 U, F" w! b6 v' R1 I7 j6 x# K
microRNA数据是control/case类型。不是和mRNA同时测得的，是单独得到的。那时候同时做的还很少。这种情况怎吗办呢？