Cell等多篇文章聚焦免疫应答背后的表观遗传相互作用

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Cell等多篇文章聚焦免疫应答背后的表观遗传相互作用
4 ]* m' U1 t( L# F- ^  C# Z/ F来源：生物通 / 作者：薄荷 / 2016-11-25/ [" X# F- f( Y# i/ o  Z7 Z
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国际人类表观基因组联盟（IHEC）近日在《Cell》等杂志上发表了40多篇论文，为人们呈现了原代组织的表观遗传数据集，以及复杂人类疾病的细胞机制分析。其中，几个团队开始解析免疫细胞发育、谱系确定和分化，以及免疫应答背后的复杂表观遗传相互作用。6 b; z& a6 ^: K3 i& h9 N6 C/ V. S
在一项发表于《Immunity》的研究中，德国的研究人员借助人CD4+ 记忆性T细胞的表观基因组数据，研究了记忆免疫细胞的分化。他们采集了数名健康女性的血液样品，通过流式细胞仪分选出分化的CD4+细胞，并利用亚硫酸氢盐测序、染色质免疫沉淀（ChIP）测序、RNA测序及其他方法分析了DNA甲基化和组蛋白修饰，编码和非编码RNA表达以及DNA可接近性模式。根据这些研究成果，作者发现了记忆性T细胞的线性分化的迹象。“我们观察到，在（记忆性T细胞的）分化过程中，基因组的异染色质部分存在与增殖相关的总体DNA甲基化丢失，”他们写道，并指出骨髓中的记忆性T细胞与循环中的细胞有着不同的表观遗传图谱。
5 f  \5 h9 a4 Q" B/ ?( v1 f2 B: {在另一项发表于《Cell Reports》的研究中，来自墨西哥、法国和西班牙的研究人员将重点放在一种细胞毒性T淋巴细胞上，分析了CD8+T细胞的调控和表达特征。他们采集了四名健康婴儿的脐带血以及四名成年人的血液样品，利用ChIP-Seq和RNA-Seq比较了CD8+ T细胞的组蛋白修饰标记和基因表达谱。研究人员报告称，新生儿版本的CD8+ T细胞似乎更加接近先天免疫组分，无论是在表观遗传标记方面，还是与T细胞信号和细胞毒性相关的基因表达。这些结果也部分解释了为什么婴儿更容易患上传染病。来自意大利和荷兰的团队则研究了肿瘤浸润淋巴细胞的转录模式，并发表在《Immunity》杂志上。利用RNA测序，他们研究了非小细胞肺癌、结肠直肠癌的肿瘤浸润CD4+ T细胞和癌旁正常细胞的转录，比较了调节性T细胞和辅助性T细胞的模式。分析指出，调节性T细胞的特征与免疫检查点活性和癌症病例的预后不良有关。
: C" Z1 F9 l6 F/ W: v此外，参与BLUEPRINT表观基因组计划的研究人员也在《Cell》杂志上发表成果，介绍了人类免疫细胞及其他血细胞相关性状中的变异，这些是通过大量个体的遗传学、表观遗传学和转录组分析而检测到的。例如，Sanger研究所牵头的研究团队检测了多达197名个体的CD14+单核细胞、CD16+中性粒细胞和CD4+初始T细胞，绘制了各种免疫细胞的数量性状位点和等位基因特异的调节作用。另一个研究小组则研究了173,500名个体的红细胞、白细胞和血小板中的变异，发现它们与心脏病、类风湿性关节炎及其他疾病的相关变异重叠。
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Epigenomic Profiling of Human CD4+ T Cells Supports a Linear Differentiation Model and Highlights Molecular Regulators of Memory Development+ U* R# I. J7 M5 H6 ~5 F" m
CD8+ T Cells from Human Neonates Are Biased toward an Innate Immune Response* \8 W% ?  X4 O6 `/ w( ?( e) F! f5 A
Transcriptional Landscape of Human Tissue Lymphocytes Unveils Uniqueness of Tumor-Infiltrating T Regulatory Cells
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