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[请教] pri-miRNA的超表达能用pEGFP-C1吗?   [复制链接]

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楼主
发表于 2011-1-2 17:25 |只看该作者 |倒序浏览 |打印
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本帖最后由 细胞海洋 于 2011-1-2 19:44 编辑 4 y2 n7 Z% J& n$ A

: @6 F/ `# S, B本人想做miRNA的超表达,而且想在表达miRNA的细胞中共表达egfp等标记基因,原理如图所示。9 ?3 }, G& ~9 c: L) x
但有几个问题想求教各位前辈. E! C' g1 C( f/ T) D+ j, m  ~
1、由于pri-miRNA与编码egfp的mRNA是相连的,我不知道pri-miRNA在加工为pre-miRNA的过程中,对egfp的表达有无影响。
. ~0 _: `1 P: ]3 }* \3 M" h2、如果有(我想会有),能否留下能够表达egfp的mRNA。miRNA与egfp的表达能否兼容。9 }7 `/ o( m+ c: X6 _! j
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沙发
发表于 2011-1-2 17:27 |只看该作者

RE: pri-miRNA的超表达能用pEGFP-C1吗?

本人想做miRNA的超表达,而且想在表达miRNA的细胞中共表达egfp等标记基因,原理如图所示。
  Q' [$ }* ^! f' x& [但有几个问题想求教各位前辈2 C8 ?  R4 `5 ^% k
1、由于pri-miRNA与编码egfp的mRNA是相连的,我不知道pri-miRNA在加工为pre-miRNA的过程中,对egfp的表达有无影响。$ t. g- P% X$ ?0 v8 E
2、如果有(我想会有),能否留下能够表达egfp的mRNA。miRNA与egfp的表达能否兼容。+ ]3 S+ R1 ~3 j

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藤椅
发表于 2011-1-3 18:11 |只看该作者
to runsong战友:
- |# K& l. T: ]! }" g6 V' y; T+ N1 N8 A8 w. G" g/ m
   你的这个设想是完全可以实现的。我们实验室就是这么做的。
7 I/ K7 ^+ p  K+ @1 Y- I3 H; {5 R+ T: D- l9 b( Y8 ~: k' w
   有两点需要注意:
7 A2 {+ o) e0 U% U- e! q  Z( U/ {% j: p0 ?+ [" d: N
   1. 因为pEGFP-C1载体最初是设计用来做C端融合表达的,EGFP的末端没有没有终止密码子,它的终止密码子在多克隆位点的3`端。
3 V5 l% G' Y& x% J4 z' [. r   
, O3 |5 r# L  Y$ t+ u# k5 F3 c       因此如果你想把你的pri-miRNA插入到多克隆位点之中,就要注意在pri-miRNA的5`端加上终止密码子。
2 e! P) Z: @; T) w0 c: F* v. K3 ^. s
       我是用BsrG I和另一个限制性内切酶将pEGFP-C1切开,然后插入pri-miRNA。
0 \4 R' C0 S! o, C$ l: Q( b) q0 z' Y( D6 b' j2 v- _
       由于BsrG I切开时,会切掉EGFP的几个碱基,所以会在pri-miRNA的5`端补上这几个碱基,并且加上终止密码子。* l( P) V& Z1 M4 |

" K  L$ b3 U! V, G3 e. E# D$ B       这样做的最大的好处就是不会使EGFP多任何一个碱基。1 @5 N) t# w! }! C0 j8 J/ x; g

+ |) v' {/ L" J  q    2. 在克隆pri-miRNA时注意克隆的长度,以防pri-miRNA不能被加工成熟。
  w1 U0 v  D8 h: j$ v2 e- @
0 y" c- `; Z9 a大胆的做吧。这个不会太难的。 如果有问题可以继续交流。
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板凳
发表于 2011-1-13 12:57 |只看该作者
跪谢大神指点

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报纸
发表于 2011-1-13 13:01 |只看该作者
寂寞鱼解释得好详细,膜拜一下

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地板
发表于 2011-1-13 13:31 |只看该作者
回复 深海寂寞鱼 的帖子5 x1 _$ ~8 H9 H- ^
; w8 B9 U  H9 S4 g& c. J
非常感谢您的指导,但我还有三个问题想再向您请教、确认:, t# b% T6 |7 S! F- L  g
1、若不在pri-miRNA前加终止密码子,GFP与miRNA也是会正常表达的,但GFP后会融合一个由pri-miRNA编码的小蛋白,有可能产生不可预知的结果,干扰试验。
" A6 x7 X: d7 j% e2、GFP是由未被卷入pre-RNA加工过程的mRNA翻译而来的。其数量要少于pEGFP-C1空载体的GFP表达量。3 C" u7 _; Y% R7 {
3、pri-miRNA克隆的长度有何硬性规定,前后各延伸100可以吗?
& Z1 n( ~' {, J5 s2 ?$ Y7 z# p4、能否给我几篇您已发表的文章供在下学习借鉴。9 e9 m# \& r% i  j% D0 ?4 V; W
最后祝您好人好运好心情!
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7楼
发表于 2011-1-13 18:00 |只看该作者
本帖最后由 深海寂寞鱼 于 2011-1-13 18:04 编辑 4 F. |  b# P  x$ y+ l% F9 V! Z' A7 \
3 A8 e; S) v8 b4 W
回复 runsong 的帖子5 _4 k4 _* r& a$ K" v
& G3 D* j2 }5 y* q" O
to runsong兄:
9 v4 {/ ], S5 h1 I6 R& H1 e% A. Z% j4 j  ?
    指导压根谈不上,论坛就是让大家交流学习的,你太客气了。
4 h. G" Z5 @3 n4 U% w. K5 }: Q; R! I
    对你的问题回答如下:
+ F6 G! T" d" n; g9 J# x$ a) P9 R: p% m+ ~6 r8 z
    1.  若不在Pri-miRNA前加终止密码子,GFP与miRNA确实都能被转录,miRNA也应该能成熟;但是GFP能不能被翻译成正确的蛋白,那就不一定了。因为翻译的过程必须要有终止密码子才能完成。你想想,pri-miRNA从mRNA链上剪切掉以后,GFP的mRNA或许就没有终止密码子了。因为载体上能提供的那个终止密码子在多克隆位点的3`端,在你的miRNA后面。
$ K5 Z$ G+ O* o, ^. b; ?/ b: \, W- K/ V
         当然如果你不想让你的载体在表达miRNA的同时也表达GFP的话,你说的方法也可以。6 T  J! q) z/ Z; e) U) r2 E' g
' B/ O& O6 Q6 n/ U5 P9 N% z
       而且就你说的,如果不加终止密码子,还可能会产生融合蛋白(由GFP和pri-miRNA编码的小蛋白融合)。
+ X/ m8 c  o0 o
0 z8 {: O9 i. t! @        所以,你为什么不考虑直接加上终止密码子呢?希望我讲明白了。
; t* B; q) d, U1 f- ?8 G; P: M/ I5 r) [# d
      2. 如果加入终止密码子的话,GFP和miRNA的表达比例可能不会低于1:1。
+ s* K+ `& {. t/ l8 f; t. {  C' P+ V5 r; u  X
          因为1条mRNA链未必只翻译成一条多肽链,有时mRNA可能多次翻译。(比如人泌乳时酪蛋白的翻译)。
8 Z; B( A4 Y, y+ l7 g" y" v    ; _! z( _( a: F" [% ?
          GFP mRNA链会被翻译几次不好说。但是与miRNA比的话,至少也是1:1.! z: Z( n- i& q5 X# C
    : Y( \# `7 F3 }4 o8 j
       3. pri-miRNA克隆长度有没有硬性规定,我还没有看到文献。一般来说前后各延伸100nt应该是可以的。1 W; _% I7 ?: f' u
        ) t5 {8 E( \) h5 Y- k
            不过你最好看看你具体要研究的miRNA的文献,看看他们构建时前后各取了多长。
& ~8 W, C; O- E
5 X0 ~, l, X: Y( @7 C            或者看看你的miRNA是位于基因的什么位置?它是独立的基因表达?或者是某个基因的内含子?  
$ v4 P5 O7 p9 j6 x5 {7 b3 a& P) N4 x7 }* o: G$ c" c4 ?% Q
: L5 ~2 |9 n2 n3 ~0 C
         4. 我目前没有这方面已经发表的文章。
; \" Y$ Y% A0 B3 O  ) t0 O# F' v4 R, D; ]/ e/ i0 L
             但是我们构建的miRNA表达载体,在转染细胞后,real-time PCR都能检测到成熟miRNA的表达。& N* K3 U3 X/ b1 S! d' N

% m3 {( |  h& a; E( ?5 L3 {# R- F; Y8 a
            最后,也祝你实验顺利,天天开心。
- O  q( m8 z, l/ W. T9 Y0 ^
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8楼
发表于 2011-1-13 21:19 |只看该作者
回复 深海寂寞鱼 的帖子3 i2 `: W+ u/ w- k/ n: X3 F3 |2 D

# D9 X* T+ N. s6 m- U- X我画的这幅图有错误吗
2 _: w: s+ V' Z/ b4 f6 A) `

pEGFP-C1-34C示意.JPG (72.7 KB, 下载次数: 923)

pEGFP-C1-34C示意.JPG

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9楼
发表于 2011-1-14 22:39 |只看该作者
回复 runsong 的帖子9 W( x. x4 Y2 \+ T- H2 j

- {5 g* l7 N. R1 q4 \呵呵 , runsong兄,你绝对是个天才。; _" n- t% ~6 g7 ?0 B3 Y8 _

. i& j5 \0 X* d我也很喜欢画图来说明问题4 {. Z. ^! x: h) @
4 k% f: B* j6 M3 y" m
不过跟你一比,我差的就太远了。! I9 Q3 H# Y7 }' l
9 W; T/ {, r1 Z% Q! ?  P: d
你的图怎么画,教教我啊。2 Y, \: i* [. \* y0 k
" w* y+ Q- S' y2 l$ W5 M/ `
貌似你要做miRNA-34 ?   呵呵。。。。。好像文章不少啊。还有个miRNA-21在肿瘤方向的文章也不少。

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10楼
发表于 2011-1-14 22:51 |只看该作者
回复 深海寂寞鱼 的帖子6 R- i5 U4 g- t* F/ Q& X) N
; @4 P' ?* b1 v+ Q
载体图是用clone maneger画的  其他一切操作用的都是PPT或PS  
5 p5 i7 S% t4 G& Z3 [我是土八路,信手涂鸦
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