ChIP-qPCR引物设计问题

zhenhua

小弟最近准备做ChIP-qPCR。+ g. C( Y, Q, {: O) u
请问各位有什么ChIP-qPCR引物设计的相关资料？
3 W4 {' X5 c% s2 a5 x一般是在蛋白结合位点的什么地方设计比较好呢？设计多少个比较好呢？
0 C5 k3 L) G) t0 x5 R

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没有什么特别的资料，使用Vector NTI软件可以。一般PCR片段150bp左右（根据RT-PCR设备的要求），引物19bp长，在蛋白和DNA结合位点以及两侧均需设计多个引物，RT-PCR应出现峰值（蛋白结合处峰值最高），两侧逐渐减低。对照引物设计一般在蛋白DNA结合位点远侧1000bp以上，最好设计三条，取3对对照的平均值进行比较更好。但我建议参考有关文献设计对照引物，以使背景最低。如所附文献及该实验室的多篇相关文献。

ceming

我只知道能扩增出来就行，肯定设计的片段要能涵盖你想要证明的转录因子的识别序列，另外设计的时候可以参照一般的q-PCR引物设计原则，我都用Beacon Designer设计。简单说就是你先找出你想看的基因的promoter的进化保守区（这样比较保险啦），然后分析上面是否有你想要的转录因子的结合位点，直接搜就可以了，如果有多个重复的当然更好，选取其中某一段，比如离翻译起始区近的，设计引物。# z5 b3 j, [9 a6 q" e$ U

ceming

一般扩增片段长度100bp足够了，注意blast看特异性- @8 A0 U: ^# b- `
如果你是在做探索，建议多设计几种，至少每个结合位点都要有针对的扩增，对吧

ndwzf

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; v' D# L) ^. h5 Z3 N- z0 [8 {, k& t- N& u6 P' r' [: T
您好：
: n0 R0 v7 Q  U/ [; L      请教一个Chip的问题。我检测组蛋白修饰对基因表达的影响。但是最后设计pcr引物时不知针对哪一段序列设计。据说启动子在上游2000 bp到下游 200 bp之间，但具体针对那一段序列设计呢？2 s/ f9 x" h9 E; M2 h
不胜感激！

zhaoxiaoming

木有包包

chromera

包包不够的飘过

lansedecao505

谢谢分享