那位大侠会看甲基化的结果图啊？

zmm

如题。就是我有一张oct4甲基化的结果图。有白圈和黑圈，分别代表什么啊？

yaolinzhang

黑的代表甲基化，白的代表没有发生甲基化

zmm

这是一张oct4基因甲基化的图片，您帮我解释一下呗？

yaolinzhang

你好像把图贴反了

ying

Oct4基因的promoter区有若干个CpG位点，这些位点有可能是甲基化的，也有可能是没有甲基化的。一个圈就代表一个CpG位点，这个圈黑色就代表这个位点是甲基化的，白色就代表是没有甲基化的。
* [- Y# H* L  r# R& F你这个图只怕是MEF和iPS标反了。MEF的Oct-4的promoter应该是高度甲基化的，应该是像下面那个图吧。

yaolinzhang

总之，对于oc4,ips甲基化毫无疑问少于MEF

ying

这些圈的顺序，是严格按照promoter从上游到下游的CpG位点的位置排列的。第几个圈是黑的，就代表pormoter上对应那个位置是甲基化的。

yaolinzhang

请问你的甲基化是怎么做的？

ying

每一行的圈，代表一个测序反应所测出来的序列的情况。你的图每一个实验组有5行，说明MEF和iPS分别测了5个克隆，进行了5次测序反应。前者大部分位点都没有甲基化，意味着这个实验组的细胞的Oct4基因很可能是活跃转录的。后者大部分是甲基化的，意味着这个实验组的细胞的Oct-4基因很可能是沉默的。
0 N  E! C. t" Z之所以要测MEF和iPS的Oct-4基因的promoter的甲基化状况，是因为MEF的Oct-4基因一般是沉默的，其promoter一般是高度甲基化的。当被成功诱导成iPS之后，Oct4应该会活跃转录，其promoter应该去甲基化变成低甲基化状态。Oct4是一个干细胞的Marker基因，可以作为某某细胞干性是否强的参考指标之一。

zhlqlkpc

横向是CpG或CpG岛个数，纵向是重复实验次数。