求教引物比对的问题

ind6562

大家好，我拿公司帮我设计的引物在BLAST上比对发现有“Self complementarity”和“Self 3' complementarity”这两栏，应该是跟引物之间和自身是否互补有关的吧？请问这两个值各应该在哪些范围引物才可以用？5 }) n6 J! B; ]0 U1 M# k
补充一下，我要做的是RT-qPCR。

mzaq2006

应该指的是引物二聚体，对于Self 3' complementarity，配对碱基小于等于4bp吧。当然配对越少越好。可以根据自由能去判断，比如使用PP5.0设计引物，最后在使用NCBI比对引物特异性。

killjap

楼主还是自己学习一下引物设计更保险。现在引物设计软件功能强大，自己设计可以更全面了解。有时候生物公司的产品也不一定可靠。0 x4 Q4 p) M% |4 \' @  r
比如引物二聚体，软件或blast均可（自己找找也行）比对一下。