诺奖得主、iPS细胞之父山中伸弥论文遭质疑(ZT)

ppcl2

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1 I: t# E5 i1 A( I, @  y% t
$ O- }0 H' Z4 m% K诱导体细胞重编程。

wf78365421

人红是非多

FreeCell

ppcl2 发表于 2014-4-29 09:32 - D' z) X& P. x2 d5 I
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3 B1 k3 Y5 v6 A/ [/ H
- B: W/ t7 w+ I# Y& k; u/ a# c诱导体细胞重编程。

7 v& o. U8 m0 @“细胞重编程”只是技术和手段，不是理论，% N4 z8 ]. R' g" `
记得颁发诺贝尔奖的理由是“拨回生命时钟，改写了教科书”，到底iPS有何理论呢？

wxl87

有人说是质疑IPS了吗？

FreeCell

回复 wxl87 的帖子. f; X  N% q) T9 ~8 P  r! A

' ]2 p0 P3 S8 |7 _$ W$ }不管有没有iPS技术，全能干细胞都在那里

cyperus

下面给大家看看日本方面的报道。以下文字来自日经新闻。' X8 r1 l# a, d8 y
http://news.tbs.co.jp/newseye/tbs_newseye2187740.html, @& l" t; m+ S

3 n  L+ r- Y; n, p# \+ iｉＰＳ細胞の作成でノーベル賞を受賞した京都大学の山中伸弥教授。１４年前に発表した論文に不正があるのではないかとインターネット上で指摘されたことについて緊急の会見を開き、「論文の内容が正しいことに疑いはない」と説明しました。2 Y# h& J* y8 |

. F2 \  k, A* k* w5 ]" M% e 　「日本の研究に対する信頼が揺らいでいる状況で、このようなご報告をしなければならないことを心よりおわび申し上げます」（京都大学 ｉＰＳ細胞研究所 山中伸弥 教授）
( c1 D, Y7 ~! L0 w- l& Y5 B( f  a2 v! B" m$ ?: t2 Y: Y  t1 Z
　問題が指摘されたのは山中教授が２０００年にドイツの学術誌に投稿した論文です。「２つの画像データが似ていて、コピーしたのではないか」などとインターネット上で指摘されていました。2 V- t4 v0 o% R; a  |  M
) L5 Q1 ]8 Y% e( r; [. A2 Y
　これを受けてｉＰＳ細胞研究所が１年かけて調査をした結果、「データに切り貼りした痕跡はない。論文の内容が再現されていることが確認できる」などとして、「論文が正しいことに疑いはない」と結論付けました。
: D" O$ s7 k0 M, `; J$ o- F" y3 b7 T( S
　「論文の報告内容については一点の曇りもございません。全て現在も再現している研究であり、細胞も複数の細胞株を寄託し、どなたでも使っていただける状態です」（京都大学 ｉＰＳ細胞研究所 山中伸弥 教授）
+ S6 j6 m+ Q2 j& I9 s5 y5 r- S6 K
　この論文は山中教授と複数の協力者により行われた研究。山中教授は段ボール５箱分の実験ノートを提出しましたが、論文に使われている元データが記載された協力者のノートや資料は保管されていませんでした。& ?, o/ i$ A! B& G; g( [' I3 n9 `/ J; ]
9 f: V9 ?. y) I' d9 ?
　「論文に使っている生データが 資料から発見できないことは研究者として、心より反省しおわび申し上げます」（京都大学 ｉＰＳ細胞研究所 山中伸弥 教授）
. ]  U9 J$ n: c  P( ]$ |, j
: W% \5 G! m4 Y) W, ?　専門家は・・・2 R" g# s% j  k" T' Z+ g6 K4 i$ q; E
　「山中教授の不正はないと思う 。基本的には彼（山中教授）のノートにきっちりと裏付けられていれば大きな問題はないと思う」（東京大学 医科学研究所 上昌広 特任教授）
; x7 z/ b; t/ {! b- @, X  R# a) ~4 J; C5 I% D/ t7 J  V" u
　さらに上教授は、アメリカの医療の研究開発の司令塔の役割を果たしているＮＩＨ＝国立衛生研究所を例に出し、次のように指摘しました。* w- _0 W* j8 f: k. U% G

; ]8 W0 K8 f$ t2 @　「アメリカのＮＩＨ（＝国立衛生研究所）の研究不正の時効は６年間。１４年前のノートが、一部の人のがなかったのは特に不自然ではない」（東京大学医科学研究所 上昌広 特任教授）" I. `  j1 y* Q' x8 j7 [
（28日22:41）
# A8 @% E: A1 t7 t% J4 j

cyperus

添附山中老师当年的论文

Tivah

/ P' b1 W, l! @# j6 }# {+ d
3 d* ?/ x* z) q0 C2 F3 |[quote]tpwang 发表于 2014-4-29 07:38 9 \8 w9 K. ~$ ^. b
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, h# }2 W1 |  L9 X
9 h5 M- a0 \3 e* D+ f: u+ |1 {) w; [4 I3 }; ?
出错的是之前的paper不是iPS。不过你说的“目前的机理研究还仅仅是在门外瞎摸阶段，比如跷跷板理论。其次，相关的，要能够找到大规模利用的途径，各种提高效率的尝试属于这一类努力。”
+ `$ a6 F. F' @6 k- _' y* F7 S& X, l9 D4 W' U6 \1 ~
这么直白，哈哈。机理不都在自圆其说么，谁挑自己不喜欢的硬钉子碰了去。至于提高效率……鼠我先不说（尤其是直接彻底敲掉基因的），人的话，前期培养1个月+诱导iPS 1个月+挑克隆纯化1个周+诱导分化，体系扩增2-3个月，大规模玩下来也太浪漫了。（我没做过人的，只是凭感觉说说，只是到现在连稍微固定的criteria都没啊）能扩大到工业规模生产的哺乳动物细胞系，也就那么几个。
7 N1 k5 J$ O9 P$ B/ p3 f# [4 G3 C, w: A: ?1 j/ h
至于疾病模型，我也不好说什么，毕竟癌症初始筛药也是用的离体细胞系。不准是不准，从lab到bench绝大部分都被腰斩了，可是我不清楚有没有特别好的方法。也许做结构的能提高精确度，但我不很了解。至于iPS，我觉得在前期提供指导方面是有一些用的，毕竟不提SCNT的话，在能获得帕金森等疾病患者的病理组织类似的细胞上有些用处（虽然这是两三年前的老生常谈），筛药也许不靠谱，作用是有的。只是太把它当回事满口称赞就是另一回事了。Yamanaka最近的review我不怎么喜欢就是这个原因。
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* G5 v" ]' b7 o8 }1 h* }至于你说的iPS是不是“假象”，我不大考虑这些。我只关心这个细胞有什么用，就好像单倍体ES一样，我不在乎“它产生的机理”（没人会玩这个吧），但是能用就行。我不喜欢的是现在iPS无论在临床还是基础研究上都有那么点鸡肋。

Tivah

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. M% k( \. w; P4 k( U5 c$ Z
' e/ u0 ^# }+ ~+ M2 Z& ^, Z这个很常见吧……先看到phenotype再提出concept，很多时候是phenotype-driven research。弄得跟先打赢了再演讲一样，赢得话语权就可以说。我昨天还不得不看了一篇很不喜欢的paper，里边列举了一大堆phenotype，最后结论导出这个基因是“oncogene”。。。。这是在玩啊。还13年的paper呢。1 y+ u# s7 J0 m

" r. U9 H& D" ]: S) Y! X$ I7 V+ H什么时候能弄到跟物理一样，提个假说于是花上几百万美元造个仪器来证实或证伪这个假说……好吧我做一下梦。有些-omic相关的生物信息学和数学模型分析之后再加上点实验的paper有些喜欢。不过希望做得更强力点。我有时随便看看Science和Nature上那些做细胞开关的，看起来挺有趣，看下去看不懂-_-||

sdwzg119

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4 u2 E8 E) Y4 J  h& h
我认为：其实从山中伸弥获得诺贝尔奖的时候就能看出来了，当时的奖励的是整个细胞核重新编程研究领域，就是很长时间已经就摸索，含有完全基因的细胞是否能回到全能型的时刻；
+ ]9 A" n% _& b; L8 l' n) J! r; d( U, i, [/ b& N0 z0 I% c
而iPS技术呢，正是一个让人震惊的发现，震惊之处在于可以用如此简要的方法使体细胞恢复全能性。我认为iPS的意义就在这里，就是获得全能性出乎意料的简单。
& A, p& Q" }4 A# L# k* [5 R/ a  y3 x- ]# G# g1 W6 ~. g