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查看: 53040\|回复: 3	go [请教] 21bp的shRNA序列转换成19bp的shRNA或者siRNA序列 [复制链接]

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优秀会员帅哥研究员小小研究员

楼主

发表于 2015-4-1 00:07 |只看该作者 |倒序浏览 |打印

求教各位了，如题。: y) Z7 |2 m9 Y% i: t; c% H
我有已经确认针对靶基因knockdown效率很高的shRNA序列，长度是21bp，最初是用够构建pLKO.1慢病毒载体的。
但是现在我想通过瞬转19bp的siRNA方式来敲低该基因表达，或者构建19bp的shRNA序列的pSUPER载体，然后通过电转方式敲低该基因表达。那么我可以直接通过删减上面的shRNA序列来做完19bp的siRNA或者shRNA序列吗？+ Y7 ?2 o6 g/ @: k
如果可以，有哪些在线工具可以用？有没有相关的参考文献？

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金话筒优秀会员

沙发

发表于 2015-4-1 10:22 |只看该作者

19bp不进入DICER途径，效率比较低。如果硬是要设计，可以参考这个文献。

BTN_A_05392RV01_O_4582a.pdf

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金话筒优秀会员

藤椅

发表于 2015-4-1 14:44 |只看该作者

不行，因为删减之后可能会出现新的错配什么的，所以必须重新设计，即使删减也要有用软件检验的

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板凳

发表于 2015-4-9 17:16 |只看该作者

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如果有21bp的sirna，不知道能不能转变成shrna来用，如果可以应该要去掉最后面两个T吧。。。。

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