请教大家一个关于甲基化的问题

thinktank

大家好，请教大家一个问题，比如说我要研究一段启动子（包含CG位点）上特定位点甲基化状态与否与转录活性的关系的话，怎么获得这种特定位点甲基化和非甲基化的的序列？谢谢大家！！

weiyepan

测定甲基化与否可以使用二代测序，或者用化学修饰去甲基化然后做DNA足迹。! r- A' `* N6 b4 l1 q' S
如果研究甲基化对转录的影响可以参考这个文献用TALE-TET1的方法：' E. @3 T* q7 j/ d
Targeted DNA demethylation and activation of endogenous genes using programmable TALE-TET1 fusion proteins$ b" q' m6 o# N/ ^, I
Nat Biotechnol. 2013 Dec;31(12):1137-42. doi: 10.1038/nbt.2726. Epub 2013 Oct 9& h/ A. w3 X+ `2 L: P! N; k0 I& H

watchen198891

不好意思手滑点错了

芦苇浅

我认为你可以直接在细胞系里边建立检测转录活性的系统，比如在你要研究的启动子后边插入GFP。因为甲基化是针对whole genome的，体外研究的话很难得到位点特异性的甲基化状态。你可以使用NEB的M.SssI甲基化酶将CpG 位点都甲基化处理。

thinktank

回复 芦苇浅 的帖子7 i8 N+ x; Q6 X+ a$ D2 V2 ?

. ?! G, p) D- |# D. E  w& j"体外研究的话很难得到位点特异性的甲基化状态",我也是意识到这个问题，所以想请教你们相关问题，谢谢啊！

thinktank

回复 weiyepan 的帖子. k. c( {6 `- H) g$ I0 j- _
; b. C2 T# t7 Q" a2 \5 e3 ]
我的意思是，体外研究的话很难得到位点特异性的甲基化状态对转录的影响，先看看这篇文章，谢谢！

thinktank

回复 weiyepan 的帖子$ G5 B8 L$ \) _3 C
! ], S, ?  `9 R" H3 T
我的意思是，体外研究的话很难得到位点特异性的甲基化状态对转录的影响，先看看这篇文章，谢谢！

yuanyecat

你可以通过Pyrosequencing来测定甲基化