跑胶出现三条带？

gxbzjznn

P基因跑胶SOX2居然出现三条带？大家帮我分析一下我的这张电泳图毛病（任何毛病的地方都可以），欢迎批评指导

thinktank

楼主没有交代清楚问题。

thinktank

最下面的一条带是引物二聚体，中间的可能是非特异性扩增。

baby00000003

50bp的是dimer吧，更前端的那个，猜不出

lgfffancy

最小的那个是引物二聚体

king8

同意thinktank的说法，最下面的条带是引物二聚体，中间的是非特异性扩增

nichifanlema2

回复 gxbzjznn 的帖子9 K* Y8 E. O; I0 r/ E4 |, H

' C7 \7 b" u6 |8 x# n中间的是引物二聚体，因为在50左右，你的引物大概是20-30bp吧，最小面的应该是你的引物单链，说明你PCR的时候引物浓度太大，导致引物染色和二聚体特别明显。建议降低PCR时引物浓度。; q# s; H+ i% I
marker还是挺不错的，是哪个品牌的？

云飘过的思念

8 w0 W, i! t5 \; H: f; {4 \2 A6 ~# N
: t& W/ H$ R/ _% r4 b条带的问题相信楼上的各位老师已经帮您分析得很清楚了，我不再多说，对于胶染法个人认为不需要像这样过曝光，这样的话会提升了背景值，若染料为EB的话会发现在紫外下仍有染料的部分呈现粉红色，反观整体胶的轮廓不难发现下沿的轮廓不清晰，这样的曝光强度会对某些成像分析定量有影响，建议楼主能够看清条带及非特异情况和二聚体的强度为准尽量的降低背景值的干扰，依靠分析软件标定的定量条带亮度对样品浓度进行定量分析。# `* A2 w0 v2 C- W: p0 |
略有拙见，各位勿喷啊

gxbzjznn

回复 nichifanlema2 的帖子. T: N3 a+ [( Y/ u

/ c+ d6 D) L5 a, f/ X我也觉得中间是引物二聚体 但是我做的其他基因就没有这种情况

gxbzjznn

回复 thinktank 的帖子/ a; \7 j. k- Z! P
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不可能是特异性扩增吧？因为片段差距很大啊 我的product length 是200bp  中间还有最下面的都在50bp以下  另外请问一下 你们设计引物的时候看Self complementarity 以及Self 3' complementarity的值么？他们跟TM值以及GC含量之间有冲突时该如何选择？有优先选择顺序码？谢谢