重磅:生物学家必备知识-RPKM和RMA的定量关系

Tlexander

小编发现生物学家特别关系基因的表达情况，但一般而言目前的表达数据主要有两种（芯片和测序），芯片数据采用的是RMA值表示表达的高低，但是测序数据常常采用RPKM表示。问题来了，那么RMA和PPKM在数值上的经验关系如何呢？$ Q9 K- n* |. b( }
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根据经验：  L. N' B* z) v% N3 x/ i

+ ~, _# d6 o- J0<RPKM<0.1被认为是不表达，& F' z2 h5 G3 @) d9 d& ^
0.1<RPKM<1被认为是非常低表达，) z, k- K$ G4 W6 h# X
1<RPKM<10被认为是低表达，, Y  x1 J1 O5 R( ~0 u
10<RPKM<100被认为是中等表达" F: d" T% t4 _1 p  C4 \2 L. x& f( [; i! l
100<RPKM<1000被认为是中高表达4 n" J& `/ n" T: J6 E- v$ ^
1000<RPKM 被认为是高表达0 h5 f9 w9 o& A; f( h) F& h8 |

. I& X, ~4 B4 K( W: z现在清楚怎么解读测序数据的表达结果了吧，再举个例子：) y$ l0 S3 e# G& l( d. v5 ~
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如图所示的这个基因UBQLN2 在大脑中呈现明显的高表达，在其他组织中是中高表达。在刚刚发表的Cell文章中，显示UBQLN2的功能缺失直接导致老年痴呆症，如此以来，大家就都明白了吧。; n/ y! b. b. \/ F3 A( O! ?

$ w' j; a6 c" K# a- Y, m转自微信号：表观遗传学快讯. G; o3 j8 P* y" o- p- @
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