重磅:生物学家必备知识-RPKM和RMA的定量关系

Tlexander

小编发现生物学家特别关系基因的表达情况，但一般而言目前的表达数据主要有两种（芯片和测序），芯片数据采用的是RMA值表示表达的高低，但是测序数据常常采用RPKM表示。问题来了，那么RMA和PPKM在数值上的经验关系如何呢？
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& N9 p/ z1 u, S& B4 O" W根据经验：
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3 }( Z7 F8 }. Y6 L  |2 v% Z& X) C0<RPKM<0.1被认为是不表达，  ~% R/ t2 D$ A1 |' R6 R6 K
0.1<RPKM<1被认为是非常低表达，
( f! k; }1 v2 ]& W6 a1<RPKM<10被认为是低表达，
; b3 U6 J' k+ i* K- p1 Y( k10<RPKM<100被认为是中等表达
6 C5 E% Q. j9 g  A' E: @100<RPKM<1000被认为是中高表达3 x  P9 E% n; m: f6 k
1000<RPKM 被认为是高表达
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现在清楚怎么解读测序数据的表达结果了吧，再举个例子：0 k4 L1 B# h2 J8 |

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如图所示的这个基因UBQLN2 在大脑中呈现明显的高表达，在其他组织中是中高表达。在刚刚发表的Cell文章中，显示UBQLN2的功能缺失直接导致老年痴呆症，如此以来，大家就都明白了吧。7 k  B- m# }6 p; g5 [8 `2 s

9 U! i" |0 x" V  S5 q% _* t转自微信号：表观遗传学快讯
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