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[请教] 请问国内哪家公司的microRNA筛选芯片比较好 [复制链接]

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楼主
发表于 2010-11-18 16:32 |只看该作者 |正序浏览 |打印
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最近需要做细胞的microRNA筛选,想向有经验的老师和朋友请教一下国内哪家公司的microRNA芯片比较好,谢谢大家

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7楼
发表于 2010-11-18 20:42 |只看该作者
MI.jpg
( a% K/ l; G$ h5 u左边是12样本的,右边是96样本的,中间的不知道是什么。

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地板
发表于 2010-11-18 20:38 |只看该作者
是的,目前96样本的好像停产了,12样本的还能做。
+ M0 @( w1 m; k# h  @其实,miRNA现在都流行测序

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报纸
发表于 2010-11-18 20:29 |只看该作者
多谢了,上面提到的这些芯片应该都是很可靠的吧。
2 W7 o( ]% L  }0 b* |% Y麻烦再问一下,“Illumina microRNA表达谱基因芯片的样本数量为12或96个样”,是说一张芯片测12或96个样本吗?

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板凳
发表于 2010-11-18 20:18 |只看该作者
头痛呢,郁闷

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藤椅
发表于 2010-11-18 20:17 |只看该作者
我正在做miRNA芯片,想了解什么,联系我
$ G# R3 @# U# `8 F2 C. H+ h9 y. @) @QQ7844286

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沙发
发表于 2010-11-18 20:14 |只看该作者
MiRNA芯片
( ]' ?+ E1 a0 K) |& |7 u& r" i+ ~) MExiqon
1 E6 M; e$ i1 e' X5 |2 K2 zmicroRNA人,小鼠,大鼠芯片# a  t  g' n& V, }1 L, K. C/ x
* 覆盖miRBase 数据库人,小鼠,大鼠三物种全部microRNA,人(约847条),小鼠(约609条),大鼠(约351条)1 Y# J0 M6 B# M
* 覆盖与上述三物种相关的所有病毒的microRNA: M' F# w5 ]# A' v, V" B
* 428个Exiqon特有的miRPlusTM捕获探针,提供miRBase 数据库之外的microRNA预测信息。miRPlusTM捕获探针对microRNA预测的准确性高,在现有的miRBase 数据库中,有30%的microRNA与miRPlusTM探针所预测的序列一致
) w+ O6 f# G* [+ v, @9 r9 i* 芯片内超过1700个miRNA捕获探针,并且每个探针重复4次9 Z( Z! _0 b- @4 y
* 8个阴性对照探针,26个小核RNA阳性对照探针# o* T3 T9 v! {) _- E7 x

  E  q* D' T: ?2 H; UmicroRNA全物种芯片
3 ^' s3 B3 i" v9 X* 覆盖的miRBase数据库内除人,大鼠,小鼠及其相关病毒之外的全部物种(包括脊椎动物,无脊椎动物,植物,病毒等)的所有microRNA
: M8 P/ T: W/ q# ]* 芯片内超过2500个miRNA捕获探针,并且每个探针重复4次
# }& _  F( y2 H5 {) R: O1 V* 8个阴性对照,26个小核RNA阳性对照探针# ?7 }  s; Q6 C: A- n' g
0 S& l5 y& B6 n/ s
联川$ O8 l( |  H( }& X: J* k$ ?
100% Sanger microRNA 14.0版探针信息
1 M% g4 }9 p' G全球首家提供最新Sanger 14.0版microRNA微阵列检测服务。我们的标准microRNA微阵列芯片可对最新版数据库报道的包括人、大鼠、小鼠、斑马鱼、鸡、猪、水稻、玉米、拟南芥、病毒等在内的所有单个物种或是同类物种组,如哺乳动物、植物等,microRNA进行检测,并提供完整的数据分析。  
5 o% P9 N6 n& A! v- X' j7 K  J4 C* D2 l; F
高度灵活的探针序列  9 H+ G) z) h2 Y) l, k1 y7 I: _) e* N
基于创新的&microaraflo® 芯片合成技术(原位合成),我们能够完全按照您的要求进行阵列合成。在我们的标准   microRNA微阵列上,您可以免费添加100条定制序列探针(长度≤25nt)。我们也提供完全定制微阵列服务,满足您进行预测序列验证,新型small RNA发现等研究的需求。
- \5 L/ K" [8 L" L6 t
/ ~7 ^$ ~4 X9 o/ x微流体微阵列平台  : B+ ]' k1 ?" v  l, j3 c" B7 Q+ b
创新的μParaflo® 技术将高通量并联合成技术,微流体技术以及数字光化学合成定制阵列技术融为一体。凭借此项技术,我们可提供双色标记微阵列芯片(2个样品/芯片)和单色标记微阵列芯片(1个样品/芯片)以满足您不同的研究需求。不仅如此,运用这一领先的微阵列平台,我们可为您提供相比于传统点样阵列更为可靠更为优异的实验结果。 : r3 |" R4 g6 U  g8 ]  m0 E
/ ]1 r8 Z, l; ]8 B5 Y0 k
严格的质量控制标准 : E* @, ~+ f7 L, F# O. C
运用μParaflo® 技术进行原位合成芯片,可确保合成高质量的探针,并可进行高严谨性的过程控制。运用此项技术获取的微阵列实验数据是高度可信并且是可重复的。您可采用Real-time PCR和Northern Blot进行验证。
  Z4 O" W+ n, Z4 c# R, ]$ d! ?: l+ N
高质量的数据结果 ! V7 u) q4 Y; Q5 r! _8 U, x$ P* S
我们的阵列平台性能优异,噪音信号被控制在极低的水平,因而可揭示出样品中真实的生物学差异。我们服务的客户已发表了大量的高水平文章。截至目前,客户已发表73篇论文,其中Nature4篇,Science1篇。
' I& G% Y% e7 I& p) o4 u9 I. {' E8 k: I1 ^8 V) ^
高效经济的“一站式”解决方案 , R4 O; ]. z! d/ w- p
全方位的microRNA表达谱分析服务包括从总RNA到数据报告的一站式服务,为你节省大量的时间、精力和实验材料。
3 q$ I* t7 s" ]0 R0 v: V0 Z( N. f2 ^0 V/ m5 p' }* e- C
--------------------------------------------------------------------------------. M2 m4 p4 @# j: i' n' d

) q/ G# v$ r1 v' @# U  L2009年3月9日,Sanger microRNA数据库(miRBase)升级至14.0版。6 {7 _$ N. U  O7 f3 z, Q: X* T

4 Z% G  I/ k! Y- k% i/ I2009年9月15日,Sanger microRNA序列数据库(miRBase)升级至14.0版。随着1580条新的成熟miR和miR*序列的加入,miRBase数据库中收录的microRNA序列信息已超过10,000条。新版本共收录10,581条成熟miRNA序列信息,通过验证的microRNA发夹前体从9,539条增至10,883条,共涵盖115个物种。 : _6 M. D4 T/ |/ v
& l5 R. q6 L- Y+ H5 I3 l+ x" [  Q
新增microRNA序列主要集中在以下物种:' R( v( S2 V" r, I  d2 c- a* S

) Q. [* S/ C# q# n: S% [1. 模式生物-Homo sapiens (人,新增15条,共721条),Mus musculus (小鼠,新增32条,共579条),Rattus norvegicus (大鼠,新增39,共286条),Danio rerio (斑马鱼,新增24条,共360条),Drosophila melanogaster (黑腹果蝇,新增5条,共152条),Bombyx mori (家蚕,新增36条,共91条),Caenorhabditis elegans (秀丽隐杆线虫,新增19条,共174条),Arabidopsis thaliana (拟南芥,新增3条,共190条) 4 d* _. Q7 d' s/ Q# S6 c

- G: F* A3 n) F/ ^# d2. 重要的农业作物(共新增280条miR序列):Arabidopsis thaliana (拟南芥),Glycine max (大豆),Oryza sativa (水稻),Zea mays (玉米),Sorghum bicolor (高粱),Medicago truncatula (蒺藜苜蓿)
. ^0 N. r* Y! {. |/ n* @% n- p/ N2 ?9 n; v. }8 j, ?( K# U
3. 病毒(新增30条miR序列)
! ]( f5 A4 }; V- b
; e' t% W8 h& V1 h: j. A除此之外,新版microRNA数据库第一次报道了10个物种的microRNA信息,它们是:Equus caballus (野马),Daphnia pulex (蚤状溞),Phaseolus vulgaris (菜豆),Malus domestica (苹果),Brachypodium distachyon (二穗短柄草),Aquilegia coerulea (洛矶山耧斗菜),Populus euphratica (胡杨),Herpes B virus (乙型疱疹病毒), Infectious laryngotracheitis virus (传染性喉气管炎病毒),Herpesvirus of turkeys (火鸡疱疹病毒)。
& y, r. M. ]2 s# w- y7 {5 O$ @1 |& R
7 [- O, K+ O  P& P: N- \Affymetrix3 Z4 n5 @, g; n
Affymetrix miRNA芯片在一张芯片上覆盖了多个物种,包括拟南芥、水稻、玉米等重要植物模式生物,序列信息源于sanger miRNA数据库v11.0及小分子RNA% y: F9 K0 X1 W" F3 P/ R# b
% Z! g- z. b5 e4 ]+ Y) J
安捷伦" D% C, D9 Z6 r6 W" M
Agilent microRNA芯片技术特点
0 D$ q/ U' L3 n$ Y# E" u( S* A( \4 b3 p$ [6 V; R* l
1、唯一能区分成熟miRNA和miRNA前体的芯片平台;
* p: P8 L0 m. f2 D: W' Q! E+ _1 x2、无需分离miRNA,直接用Total RNA 进行实验;
- x" `5 z3 v* E; t, ]3、只需100ng的Total RNA 即可用来进行标记实验(不含质检所消耗的量), 避 免了分离、富集、放大等过程带来的影响;
; I( k9 T: |1 ^3 c$ c  l6 F1 v4、样品适用范围广:组织、血清、血浆、FFPE、冰冻切片组织、脱落细胞等均可进行实验; ; h$ F+ \$ j  T
5、高特异性:特殊的专利探针设计能区别一个碱基的差异; 0 w- x2 m/ Q1 g. D
6、高灵敏度:检测丰度跨4个log,最高可达6个log,只要存在6000个拷贝的分子就可以检出;
" R3 q# }, y$ N8 x7、数据来源于Sanger 13.0版本,并方便及时更新;
, Y1 b" |9 D$ h- X. N5 K9 V) T# m1 e$ d8、人、大鼠、小鼠之外的物种,可以方便的通过earray进行个性化定制。
, }! N$ K" U+ P9 x8 e* `# J) S5 |, U9 _, y6 F
Illumina* Z  K1 [  }; L' H# b
Illumina microRNA表达谱基因芯片特点:
( Z7 o* v' U& t, ?0 n3 Q*样本量低:单次反应仅需200ng总RNA;
( P7 |7 c3 a: _/ ]*高通量:一次可进行12个样本或者96个样本的芯片试验;
$ n/ G! Q+ V% _; x) t( e*最低检出限度:1*104分子;
$ d9 k4 _) C- t6 A4 y) X/ ?( G*表达差异检测范围:≤1.3倍;
& J( t3 D1 j' ^3 F* c, k*通量范围:〉2.5logs;2 ?% f  b7 J( _! T% `5 a# F, m
*重复性指标:R2≥0.97。) }% F  A8 [  V- V
                                     人microRNA基因芯片                                                    小鼠microRNA基因芯片
5 g& I  U" ]/ d( PmicroRNA 基因数量           1146个基因                                                                 656个基因" n% W( Q1 m5 |
信息来源                          sanger miRBase,V 12.0.Febraury 2007 release               sanger miRBase,V 12.0.Febraury 2007 release+ G0 P2 E4 i7 O
样本数量                          12或96个样本                                                              12或96个样本
4 T$ v( m# S3 N5 L* ~芯片重复性                        ≥97%                                                                       ≥97%
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