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[请教] 请问国内哪家公司的microRNA筛选芯片比较好 [复制链接]

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包包
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楼主
发表于 2010-11-18 16:32 |只看该作者 |倒序浏览 |打印
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最近需要做细胞的microRNA筛选,想向有经验的老师和朋友请教一下国内哪家公司的microRNA芯片比较好,谢谢大家

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包包
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沙发
发表于 2010-11-18 20:14 |只看该作者
MiRNA芯片, i2 w3 W+ |3 K: S! S1 f
Exiqon
+ l" ]4 o- i. Y8 a2 {# D, N1 ^microRNA人,小鼠,大鼠芯片
% o. _: t4 C5 I7 g" B/ e: x$ a* 覆盖miRBase 数据库人,小鼠,大鼠三物种全部microRNA,人(约847条),小鼠(约609条),大鼠(约351条)
+ q/ S2 S: l' Z+ h* 覆盖与上述三物种相关的所有病毒的microRNA% b: b6 j* \. k7 H$ G
* 428个Exiqon特有的miRPlusTM捕获探针,提供miRBase 数据库之外的microRNA预测信息。miRPlusTM捕获探针对microRNA预测的准确性高,在现有的miRBase 数据库中,有30%的microRNA与miRPlusTM探针所预测的序列一致
) o: L2 \7 _1 J* 芯片内超过1700个miRNA捕获探针,并且每个探针重复4次
; C: N% h3 C) `4 U* 8个阴性对照探针,26个小核RNA阳性对照探针
, Q4 V7 |* Q0 P+ k& z
" `6 j; U+ @: a; J- w; DmicroRNA全物种芯片( @3 H4 o/ m, h% T; X- N) M
* 覆盖的miRBase数据库内除人,大鼠,小鼠及其相关病毒之外的全部物种(包括脊椎动物,无脊椎动物,植物,病毒等)的所有microRNA - N% b) [9 e# n, y) |: g; ~- p+ p
* 芯片内超过2500个miRNA捕获探针,并且每个探针重复4次4 I, f% H3 b9 v: X
* 8个阴性对照,26个小核RNA阳性对照探针
# F5 r; j& z1 E5 u
- d* ^- V+ g. D$ r0 @' [( Y联川
' L  q+ t" R8 J6 M. l2 _" K
100% Sanger microRNA 14.0版探针信息 4 ^5 U* U9 j, m) y0 a# K0 B9 j4 j
全球首家提供最新Sanger 14.0版microRNA微阵列检测服务。我们的标准microRNA微阵列芯片可对最新版数据库报道的包括人、大鼠、小鼠、斑马鱼、鸡、猪、水稻、玉米、拟南芥、病毒等在内的所有单个物种或是同类物种组,如哺乳动物、植物等,microRNA进行检测,并提供完整的数据分析。  
6 u% D- e% y' s1 T
* x7 v: \- w& g( o/ n  c1 v2 B高度灵活的探针序列  - X" f; `5 A; E' \( u+ J5 k4 O
基于创新的&microaraflo® 芯片合成技术(原位合成),我们能够完全按照您的要求进行阵列合成。在我们的标准   microRNA微阵列上,您可以免费添加100条定制序列探针(长度≤25nt)。我们也提供完全定制微阵列服务,满足您进行预测序列验证,新型small RNA发现等研究的需求。 / \% `8 h2 j; j/ b$ L. q

; j! @- }( N* `- [微流体微阵列平台  8 L9 F$ n: p) z
创新的μParaflo® 技术将高通量并联合成技术,微流体技术以及数字光化学合成定制阵列技术融为一体。凭借此项技术,我们可提供双色标记微阵列芯片(2个样品/芯片)和单色标记微阵列芯片(1个样品/芯片)以满足您不同的研究需求。不仅如此,运用这一领先的微阵列平台,我们可为您提供相比于传统点样阵列更为可靠更为优异的实验结果。
% z/ ~( X# l; p: L( D4 F4 O
9 P9 E; {2 l- P5 v& @严格的质量控制标准 $ d; V$ ?  h! [6 L9 z6 v# b9 _
运用μParaflo® 技术进行原位合成芯片,可确保合成高质量的探针,并可进行高严谨性的过程控制。运用此项技术获取的微阵列实验数据是高度可信并且是可重复的。您可采用Real-time PCR和Northern Blot进行验证。
' d' D" E: K# g% m& ~" k8 L' ^4 W& J; V- B
高质量的数据结果 ( s1 Z+ F# x9 h9 t$ \
我们的阵列平台性能优异,噪音信号被控制在极低的水平,因而可揭示出样品中真实的生物学差异。我们服务的客户已发表了大量的高水平文章。截至目前,客户已发表73篇论文,其中Nature4篇,Science1篇。 + k, j8 t" e; D3 k, N0 J
0 Y7 @, e: C2 L+ b+ H
高效经济的“一站式”解决方案 & c0 N8 c% Q. T" g
全方位的microRNA表达谱分析服务包括从总RNA到数据报告的一站式服务,为你节省大量的时间、精力和实验材料。% x) L3 h0 `4 \; G: I

' _& g8 J' I5 c4 N2 d, L--------------------------------------------------------------------------------
7 b; U2 ?/ F' @9 d2 |8 N/ g
& i6 L( p2 j2 r$ |$ J6 O# t* V3 o# f2009年3月9日,Sanger microRNA数据库(miRBase)升级至14.0版。
  A9 d$ x2 ^" v3 b3 i5 @6 k, K8 h( |/ m7 l/ J# e& R% F
2009年9月15日,Sanger microRNA序列数据库(miRBase)升级至14.0版。随着1580条新的成熟miR和miR*序列的加入,miRBase数据库中收录的microRNA序列信息已超过10,000条。新版本共收录10,581条成熟miRNA序列信息,通过验证的microRNA发夹前体从9,539条增至10,883条,共涵盖115个物种。
0 C, y8 r  l- L( Z; l0 Z; e$ P2 b, Q3 A; S
新增microRNA序列主要集中在以下物种:6 ?, I8 J9 Q1 W# e0 F

, t4 m$ \% n. \. a! f1 h6 |% ?1. 模式生物-Homo sapiens (人,新增15条,共721条),Mus musculus (小鼠,新增32条,共579条),Rattus norvegicus (大鼠,新增39,共286条),Danio rerio (斑马鱼,新增24条,共360条),Drosophila melanogaster (黑腹果蝇,新增5条,共152条),Bombyx mori (家蚕,新增36条,共91条),Caenorhabditis elegans (秀丽隐杆线虫,新增19条,共174条),Arabidopsis thaliana (拟南芥,新增3条,共190条) ! A/ K$ W; U. @( }# Y
) x4 |3 g4 M- Y, _& H( x
2. 重要的农业作物(共新增280条miR序列):Arabidopsis thaliana (拟南芥),Glycine max (大豆),Oryza sativa (水稻),Zea mays (玉米),Sorghum bicolor (高粱),Medicago truncatula (蒺藜苜蓿) 7 z% C) m5 G9 Y9 w6 U% ]/ |
' ?) W; H/ C' e' q9 \
3. 病毒(新增30条miR序列)
, I6 |& {# P. h) `
; E2 a2 p/ \" A/ G除此之外,新版microRNA数据库第一次报道了10个物种的microRNA信息,它们是:Equus caballus (野马),Daphnia pulex (蚤状溞),Phaseolus vulgaris (菜豆),Malus domestica (苹果),Brachypodium distachyon (二穗短柄草),Aquilegia coerulea (洛矶山耧斗菜),Populus euphratica (胡杨),Herpes B virus (乙型疱疹病毒), Infectious laryngotracheitis virus (传染性喉气管炎病毒),Herpesvirus of turkeys (火鸡疱疹病毒)。' V% l+ W' t& `& `

0 R+ U% U/ a1 m) v% {# m: q- W: zAffymetrix
  O" o/ p: J, yAffymetrix miRNA芯片在一张芯片上覆盖了多个物种,包括拟南芥、水稻、玉米等重要植物模式生物,序列信息源于sanger miRNA数据库v11.0及小分子RNA/ ~8 @; g, T( B  G/ {; E: r' i

2 ~- m) N& @' V+ m4 M; b$ ^* z安捷伦8 m( X5 A+ z1 |5 h& H% n# r$ g) t  G* e
Agilent microRNA芯片技术特点
4 u' A: a" v7 y. _
' ]3 S; ~) n1 a8 w1、唯一能区分成熟miRNA和miRNA前体的芯片平台;
. {! a/ L4 s! j, V" F/ K/ B0 `/ u2、无需分离miRNA,直接用Total RNA 进行实验;
; d2 P0 ~+ p% q2 ]3、只需100ng的Total RNA 即可用来进行标记实验(不含质检所消耗的量), 避 免了分离、富集、放大等过程带来的影响;
0 F7 \% ?& c* L7 s4 Y( R4、样品适用范围广:组织、血清、血浆、FFPE、冰冻切片组织、脱落细胞等均可进行实验;   e" [' h+ c" `, B( v* T
5、高特异性:特殊的专利探针设计能区别一个碱基的差异;
% R8 N! i: s) a. Z6、高灵敏度:检测丰度跨4个log,最高可达6个log,只要存在6000个拷贝的分子就可以检出; ' R4 m& h  R' ]' t! N
7、数据来源于Sanger 13.0版本,并方便及时更新; 2 _: |) @6 L* A# T4 V( `8 i
8、人、大鼠、小鼠之外的物种,可以方便的通过earray进行个性化定制。% F% ?$ k2 G0 {( e: m( m4 ?

9 R2 q* [, h! o1 W% @* [Illumina
: o' K4 }7 W6 V0 v4 _9 v' W
Illumina microRNA表达谱基因芯片特点:
$ p! F% t# n% e( k6 e8 x*样本量低:单次反应仅需200ng总RNA;4 k( G; k$ b" ?. z" i' d' E& Y5 X
*高通量:一次可进行12个样本或者96个样本的芯片试验;% ]; g5 E' ~$ n: l$ X
*最低检出限度:1*104分子;) D6 f2 O3 Y& m* r- p% _& @
*表达差异检测范围:≤1.3倍;
4 O% [5 k+ Z$ e*通量范围:〉2.5logs;5 [4 B& F1 l& `  t1 K$ @3 c
*重复性指标:R2≥0.97。
+ S6 p9 g& k3 _; w                                     人microRNA基因芯片                                                    小鼠microRNA基因芯片
* k% G9 B& D" y8 z6 e  d& O  ymicroRNA 基因数量           1146个基因                                                                 656个基因
+ |( L. K. D2 U' x- b信息来源                          sanger miRBase,V 12.0.Febraury 2007 release               sanger miRBase,V 12.0.Febraury 2007 release: E% H8 x3 j. V
样本数量                          12或96个样本                                                              12或96个样本5 h/ {0 O. u- B! ^
芯片重复性                        ≥97%                                                                       ≥97%
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藤椅
发表于 2010-11-18 20:17 |只看该作者
我正在做miRNA芯片,想了解什么,联系我
& A0 [! ^  z! g7 S" Q; w! ?8 I- \QQ7844286

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板凳
发表于 2010-11-18 20:18 |只看该作者
头痛呢,郁闷

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报纸
发表于 2010-11-18 20:29 |只看该作者
多谢了,上面提到的这些芯片应该都是很可靠的吧。
3 v6 L5 q! @3 w2 Y; J0 `" ]麻烦再问一下,“Illumina microRNA表达谱基因芯片的样本数量为12或96个样”,是说一张芯片测12或96个样本吗?

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地板
发表于 2010-11-18 20:38 |只看该作者
是的,目前96样本的好像停产了,12样本的还能做。
% Y, l* c8 N( {8 g+ ]其实,miRNA现在都流行测序

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7楼
发表于 2010-11-18 20:42 |只看该作者
MI.jpg
6 O4 d  O# n1 c, H2 x# T2 n5 {左边是12样本的,右边是96样本的,中间的不知道是什么。
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