TESS-转录因子预测之利器

runsong

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这是一个预测转录因子在DNA序列上结合位点的网络工具，可以预测与启动子区域结合的转录因子。) W4 H* P3 v. }' J1 g) q. l5 V
我是在 tonyp0720 的介绍下用了这个网站，虽然刚刚入门，但感觉不错，希望与大家分享，也在此抛砖引玉，望老手不吝赐教，同辈交流切磋。( ]0 ?# U2 F$ k2 o$ ?, u
TESS是宾夕法尼亚大学的转录因子搜索系统  网址：http://www.cbil.upenn.edu/cgi-bin/tess/tess  9 j: `3 D. Q- |+ ~/ z, h% Z% D: m1 T
最简单的用法如下4 L7 N  ~# z8 y# j1 U/ m0 b- s5 t
如图1：打开网址后，点击 site search
, e4 p5 Z6 j1 H, G. b7 z如图2：我是以CMV启动子为例说明用法，在2-1上输入序列名称；2-2上输入CMV启动子的序列；2-3中是网站保存预测结果的时间；2-4中输入你的邮箱地址，预测结果是发送到你的邮箱中的。点击 submit+ a8 F  J$ s( {: v0 U8 `  C& K
如图3：之后的界面，此时预测结果已发送到你的邮箱中，如图4.有两个链接，第一个打开网站上的结果，第二个是结果的excel版本。9 p- o" |5 i/ n/ A4 X! s/ ]- f
如图5：打开链接的界面，是预测结果的基本信息。我们一般最关心的结果在  Poisson Significance ，点击它，界面如图6。上面就列出了与CMV启动子结合的转录因子。
: E! k- H' X) p( v$ C
- r5 o& {% u# N3 t+ p6 Y其实网站上还有很多功能，我只会这么一点。详细用法可见附件文章。

军医

好东西

fhysqweqwe

希望有用

goodboy

好东西是好东西，之前用过，导出的结果太多了，很难取舍，如果要做的话建议用两个启动子分析软件相互印证。

pharmacology

好东西啊！TESS怎么选择它最有效的TF.

biotly

好东西~

snsjw

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& [( }5 B% L7 Q# l$ O如何解读结果呢？分数多少算是高呢？

开明陆吾

我顶顶顶~

gmcsf

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9 h7 m5 q9 w# `1 s9 P/ n- b4 S) C6 I. t2 U# X" h+ A5 J3 w
是啊 TESS可以查看哪些TF是activation or inhibition吗 怎么查看的

gmcsf

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. v0 T+ [2 ~8 ?3 e/ E$ h9 R. I; \! O+ ~. H' V/ C. N* W
请问下TESS能预测哪些TF是正调控还是负调控么？如果能怎么看？