TESS-转录因子预测之利器

runsong

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4 ~- A' P% J* |
这是一个预测转录因子在DNA序列上结合位点的网络工具，可以预测与启动子区域结合的转录因子。
) @' G5 T( v5 |9 V我是在 tonyp0720 的介绍下用了这个网站，虽然刚刚入门，但感觉不错，希望与大家分享，也在此抛砖引玉，望老手不吝赐教，同辈交流切磋。
$ @+ |6 r3 Y, l$ `  RTESS是宾夕法尼亚大学的转录因子搜索系统  网址：http://www.cbil.upenn.edu/cgi-bin/tess/tess  , Q& q/ t* d0 r/ u% B3 t( M
最简单的用法如下
7 h1 a: c) Y# D: E. g: p' i如图1：打开网址后，点击 site search! ?$ M* ~6 b$ ~7 p
如图2：我是以CMV启动子为例说明用法，在2-1上输入序列名称；2-2上输入CMV启动子的序列；2-3中是网站保存预测结果的时间；2-4中输入你的邮箱地址，预测结果是发送到你的邮箱中的。点击 submit4 c8 ]/ |# {1 |; x
如图3：之后的界面，此时预测结果已发送到你的邮箱中，如图4.有两个链接，第一个打开网站上的结果，第二个是结果的excel版本。) j0 J* l$ K9 d) f" m+ w
如图5：打开链接的界面，是预测结果的基本信息。我们一般最关心的结果在  Poisson Significance ，点击它，界面如图6。上面就列出了与CMV启动子结合的转录因子。* M7 f, B4 S" X- J9 P" F' z

. ?' U0 B' |! [! v7 Y' `其实网站上还有很多功能，我只会这么一点。详细用法可见附件文章。

军医

好东西

fhysqweqwe

希望有用

goodboy

好东西是好东西，之前用过，导出的结果太多了，很难取舍，如果要做的话建议用两个启动子分析软件相互印证。

pharmacology

好东西啊！TESS怎么选择它最有效的TF.

biotly

好东西~

snsjw

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5 L7 n+ E/ D$ F/ }$ Y/ k: j4 S- u# O  e9 h' r, F* |) D6 }
如何解读结果呢？分数多少算是高呢？

开明陆吾

我顶顶顶~

gmcsf

回复 pharmacology 的帖子" i# j, b* ^3 ^

  Z2 x7 E3 ~" q3 L( G! V3 s5 G是啊 TESS可以查看哪些TF是activation or inhibition吗 怎么查看的

gmcsf

回复 runsong 的帖子* m% ^0 }8 q  ]4 G) Y
  `+ b, R" \3 L
请问下TESS能预测哪些TF是正调控还是负调控么？如果能怎么看？