TESS-转录因子预测之利器

runsong

" Y! O* [! h5 ], `5 ~. r2 C3 q
  B/ I/ R- t! [+ B* g
这是一个预测转录因子在DNA序列上结合位点的网络工具，可以预测与启动子区域结合的转录因子。
  \+ ^- m& j" w, _我是在 tonyp0720 的介绍下用了这个网站，虽然刚刚入门，但感觉不错，希望与大家分享，也在此抛砖引玉，望老手不吝赐教，同辈交流切磋。
+ `, w/ h$ o" d, sTESS是宾夕法尼亚大学的转录因子搜索系统  网址：http://www.cbil.upenn.edu/cgi-bin/tess/tess  / {8 e* z4 J1 y! W
最简单的用法如下2 w! V' M3 z' g! ]! r* t3 ~
如图1：打开网址后，点击 site search( K5 H' d3 d3 ]. }; R
如图2：我是以CMV启动子为例说明用法，在2-1上输入序列名称；2-2上输入CMV启动子的序列；2-3中是网站保存预测结果的时间；2-4中输入你的邮箱地址，预测结果是发送到你的邮箱中的。点击 submit
5 ]: b# G; T* \" Q8 S' j如图3：之后的界面，此时预测结果已发送到你的邮箱中，如图4.有两个链接，第一个打开网站上的结果，第二个是结果的excel版本。" l. O! U3 b) s
如图5：打开链接的界面，是预测结果的基本信息。我们一般最关心的结果在  Poisson Significance ，点击它，界面如图6。上面就列出了与CMV启动子结合的转录因子。
0 _* S, V9 g6 `8 d$ D
7 O) _% V/ V1 b: F& z$ j其实网站上还有很多功能，我只会这么一点。详细用法可见附件文章。

军医

好东西

fhysqweqwe

希望有用

goodboy

好东西是好东西，之前用过，导出的结果太多了，很难取舍，如果要做的话建议用两个启动子分析软件相互印证。

pharmacology

好东西啊！TESS怎么选择它最有效的TF.

biotly

好东西~

snsjw

回复 runsong 的帖子
0 c8 x" K& E# s+ p  J* f. j  {* l6 O+ f4 H
如何解读结果呢？分数多少算是高呢？

开明陆吾

我顶顶顶~

gmcsf

回复 pharmacology 的帖子* f, P7 t( Y7 S. h9 w

! p- _. ?4 `' m  i是啊 TESS可以查看哪些TF是activation or inhibition吗 怎么查看的

gmcsf

回复 runsong 的帖子+ h/ ]5 C+ \' O
5 ]2 k" v+ @1 s, Z7 v: O
请问下TESS能预测哪些TF是正调控还是负调控么？如果能怎么看？