TESS-转录因子预测之利器

runsong

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3 ~) q, a( t# t- A
这是一个预测转录因子在DNA序列上结合位点的网络工具，可以预测与启动子区域结合的转录因子。
& l( \" I: D' ]- D7 d我是在 tonyp0720 的介绍下用了这个网站，虽然刚刚入门，但感觉不错，希望与大家分享，也在此抛砖引玉，望老手不吝赐教，同辈交流切磋。
1 T/ K. |; O- k0 P" k" ]5 f  JTESS是宾夕法尼亚大学的转录因子搜索系统  网址：http://www.cbil.upenn.edu/cgi-bin/tess/tess  ! Q' k0 U/ |2 f( \! g0 m  j' j
最简单的用法如下
8 X7 s4 A% w0 K& Y如图1：打开网址后，点击 site search
7 A9 E  b1 Y6 i8 [6 W8 |6 w如图2：我是以CMV启动子为例说明用法，在2-1上输入序列名称；2-2上输入CMV启动子的序列；2-3中是网站保存预测结果的时间；2-4中输入你的邮箱地址，预测结果是发送到你的邮箱中的。点击 submit
6 t4 M. Q# o* a8 n2 q$ S如图3：之后的界面，此时预测结果已发送到你的邮箱中，如图4.有两个链接，第一个打开网站上的结果，第二个是结果的excel版本。
& M/ ~7 w, \5 P! a' N8 d" K如图5：打开链接的界面，是预测结果的基本信息。我们一般最关心的结果在  Poisson Significance ，点击它，界面如图6。上面就列出了与CMV启动子结合的转录因子。) ~8 t4 f$ ^3 |5 J+ r( P1 o, N

) P0 B0 N) Q( ~0 W. K其实网站上还有很多功能，我只会这么一点。详细用法可见附件文章。

军医

好东西

fhysqweqwe

希望有用

goodboy

好东西是好东西，之前用过，导出的结果太多了，很难取舍，如果要做的话建议用两个启动子分析软件相互印证。

pharmacology

好东西啊！TESS怎么选择它最有效的TF.

biotly

好东西~

snsjw

回复 runsong 的帖子* E0 o1 b% U+ ^$ q4 z3 o8 a
0 a- [1 Z7 x; D$ Q
如何解读结果呢？分数多少算是高呢？

开明陆吾

我顶顶顶~

gmcsf

回复 pharmacology 的帖子/ z0 B0 [* u5 C9 k" H1 j) [
  O& }4 O# |6 s
是啊 TESS可以查看哪些TF是activation or inhibition吗 怎么查看的

gmcsf

回复 runsong 的帖子& q. f( r$ [1 X0 W, r+ R

5 i* @, Z2 w! [; [请问下TESS能预测哪些TF是正调控还是负调控么？如果能怎么看？