高GC和复杂二级结构为什么可能会导致PCR失败？

heiguzi1988

原理分别是什么？谢谢！

zxcv12345

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0 f. }4 K+ u5 ~1 k, n& G# Q" o/ n7 L. F; Y; l$ F
高GC造成DNA双链打不开，造成PCR失败

w343989328

高GC使DNA双链结合力过大，变性不足无法形成单链。! {5 ?+ y& {# @4 P. f/ O/ M$ w0 e
复杂二级结构使引物无法结合母链。

meister

A-T 双键，G-C三键，键能高，ＤＮＡ结合紧密。- n$ o! D4 H8 m3 t5 l1 u
复杂的二级结构你指的是什么？

cronos0910

G-C3个氢键，使DNA更稳定，在高温下也不容易形成单股，嗜高温的archaea就含有高比例的G-C  ]. m  h' J( y5 E5 H  K! l5 s$ F
3 i& \1 w; {* @4 X
但是G-C跟二级结构无关
7 E8 S" H8 G) W1 N9 x1 ?& o; w& L, o( D
二级结构有折叠性使DNA分子更为稳定，在高温时，只会使部分打开，而造成PCR无法进行

phdyhm

这是很正常的事情，G-C三键，键能较A-T 双键更高，二级机构的情况就更复杂了，包括不仅通过折叠使分子变得稳定，也可与周围形成其他的键，所以高GC和复杂二级结构很可能导致PCR失败。
/ n- u7 B9 B& |; J# _( A我曾经就进行过一次PCR,必须加DMOS（注意，微毒，戴手套），可以使复杂二级结构打开，效果还不错。而且这种产物转化时也要高温加热，这还是打电话问人家生物公司问来的密不外传的经验。