求设计引物

jennyshy

有一个基因在NCBI上没有全长的mRNA序列，只能找到部分CDS序列，设计了好几次了，PCR的结果都有杂条带……该基因家族同源性挺高的
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- ?1 Q) R1 w) O# C9 K/ r, g麻烦哪位高手帮忙设计一条引物，引物要求片段最好不要太长。
+ d. F& P1 m2 I8 E5 B! y7 y4 b
2 `8 n% T9 A) S! ~' cNCBI上CDS序列链接http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/EU862290.1
. q6 E0 ^- F9 ?6 U' h
$ M4 p+ k& q' }0 X' S3 k& X/ X- Q4 |大鼠SOX3
$ ~9 C: h2 c; C# V0 F' @# i+ K, a
. l; w3 e# o2 L非常感谢……

wangzhiqi86

回复 jennyshy 的帖子5 t! ~8 H: @" b; l8 i& s* j

& F% O  I3 Y* g( O9 b这里有几个引物，你看看吧

wangzhiqi86

回复 wangzhiqi86 的帖子3 g2 J. x5 `5 P/ L5 ]. f+ j. c

* J$ p- O$ s. r2 i; w( P  c: x3 J么有了？

cellbuddies

不是引物的问题，你的模板GC rich，建议用LA Taq+GC buffer 2

cellbuddies

试着设计了一下，产物GC含量高达72%，估计你的引物可以用，用GC rich的条件吧

jennyshy

回复 wangzhiqi86 的帖子* q% B! R. t6 S

& Y# \" U% h( Q& R1 k% m非常感谢……我试试。/ F. u  ]9 U% u4 I( a/ u8 X
6 H3 ~/ v* C+ n/ k, P

jennyshy

回复 cellbuddies 的帖子7 J  R4 L; P# U

+ E: X- O" p: ~8 jGC rich什么意思？是设计引物特殊情况？

cellbuddies

模板GC含量高，比如你的基因GC含量高达70%，这很不常见，在95度变性时，双链不会打开，需要特殊条件，比如TAKARA的LA Taq+GC buffer 2。

jennyshy

回复 cellbuddies 的帖子
$ B; d8 g1 @+ h1 D" `
' d/ V: ~1 H/ i刚才查到了，订购了。非常感谢你的帮助。
+ x) p: D' h: p1 T3 ]( ?: n/ r/ d5 p. [. V1 C; z

jennyshy

回复 jennyshy 的帖子, g" H/ O8 h* m2 p: y* x, l7 E( G6 j. i: ?
  ~$ |6 a+ D: t) U& K) t) v3 i' O
再请教一个问题，用GC rich条件会减少杂条带吗？+ a2 P8 J9 u9 Z" I
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