求设计引物

jennyshy

有一个基因在NCBI上没有全长的mRNA序列，只能找到部分CDS序列，设计了好几次了，PCR的结果都有杂条带……该基因家族同源性挺高的
( S" H* b0 X/ y8 ~, e0 h" w" P* u+ c
麻烦哪位高手帮忙设计一条引物，引物要求片段最好不要太长。; p- O5 U8 Q: S# r7 I9 v
8 J) v" d9 e  x  _: U) U' R. F4 e
NCBI上CDS序列链接http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/EU862290.1
% }7 a) c( b* a( p8 U4 u4 O' G7 }; s5 N1 z0 o# a; H
大鼠SOX3
. p6 p- r8 C6 |  q% r  n* ]+ E* P. U3 y0 ?  R
非常感谢……

wangzhiqi86

回复 jennyshy 的帖子
! g7 Z4 ^" F; E9 R
+ G  C  Q1 U4 Q5 A% I: c这里有几个引物，你看看吧

wangzhiqi86

回复 wangzhiqi86 的帖子
9 v( i4 D1 R( ~/ Y
$ q8 D5 H/ ~1 ?0 w3 @么有了？

cellbuddies

不是引物的问题，你的模板GC rich，建议用LA Taq+GC buffer 2

cellbuddies

试着设计了一下，产物GC含量高达72%，估计你的引物可以用，用GC rich的条件吧

jennyshy

回复 wangzhiqi86 的帖子
, G9 u" b5 ?7 ^' S% c) i
8 S' @9 u' |3 e: t7 v! Q& q非常感谢……我试试。
2 f( s1 J& d% p/ N0 \- n
* Q" b# l. ?- p8 P* [

jennyshy

回复 cellbuddies 的帖子
8 b3 S: F8 [; x  Z& B& t" g! }8 B, {( f. o8 o
GC rich什么意思？是设计引物特殊情况？

cellbuddies

模板GC含量高，比如你的基因GC含量高达70%，这很不常见，在95度变性时，双链不会打开，需要特殊条件，比如TAKARA的LA Taq+GC buffer 2。

jennyshy

回复 cellbuddies 的帖子
' b" z* m' w$ h: h
8 Z" W7 E, ]/ N刚才查到了，订购了。非常感谢你的帮助。
6 ]# w/ ?8 P% }; `
! F: k# F1 H' O# y% ]

jennyshy

回复 jennyshy 的帖子5 v2 `& X3 o, k9 b5 M
! c: q/ X6 R( Q" O2 t
再请教一个问题，用GC rich条件会减少杂条带吗？
0 Q! t2 S, j* `0 M4 y& a1 k8 C' W! H3 l4 H- X