求设计引物

jennyshy

有一个基因在NCBI上没有全长的mRNA序列，只能找到部分CDS序列，设计了好几次了，PCR的结果都有杂条带……该基因家族同源性挺高的
; h: l( [2 w" R  J! V
6 t/ U' q0 h- g0 r* S麻烦哪位高手帮忙设计一条引物，引物要求片段最好不要太长。
9 x( M" G! l) H, k( j( r' W1 }4 n6 ]( D& a) ?( D
NCBI上CDS序列链接http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/EU862290.1$ }8 C0 b! _) f, i9 a8 v: V

5 E2 }" G& [4 O  S大鼠SOX3
7 [, G6 e* I) ]$ M
  G4 ?8 @* o0 e( u非常感谢……

wangzhiqi86

回复 jennyshy 的帖子1 \4 s4 X3 B  x6 G! K

) R( h3 p% U7 B$ ~( ]这里有几个引物，你看看吧

wangzhiqi86

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0 q' I8 Z9 L7 P- l# G4 R
* G$ l" h( Q& W+ F7 _- P么有了？

cellbuddies

不是引物的问题，你的模板GC rich，建议用LA Taq+GC buffer 2

cellbuddies

试着设计了一下，产物GC含量高达72%，估计你的引物可以用，用GC rich的条件吧

jennyshy

回复 wangzhiqi86 的帖子. m0 w% @: u8 G  c
3 j0 e3 p( u3 p  g
非常感谢……我试试。
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jennyshy

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9 I' ?! m9 Q) Z- t2 ^: Z. [/ o+ {0 H# P& |) e; ?/ Y
GC rich什么意思？是设计引物特殊情况？

cellbuddies

模板GC含量高，比如你的基因GC含量高达70%，这很不常见，在95度变性时，双链不会打开，需要特殊条件，比如TAKARA的LA Taq+GC buffer 2。

jennyshy

回复 cellbuddies 的帖子" O5 W; m/ X/ j1 Y. u! _* j
# [& u9 n" f! T0 O/ z
刚才查到了，订购了。非常感谢你的帮助。
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jennyshy

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6 Y& r1 I) ?* f/ `# `
) \0 ]. A- f" U9 @* Y- Z! l再请教一个问题，用GC rich条件会减少杂条带吗？
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