求设计引物

jennyshy

有一个基因在NCBI上没有全长的mRNA序列，只能找到部分CDS序列，设计了好几次了，PCR的结果都有杂条带……该基因家族同源性挺高的
6 e. O  [$ w- l2 |- k
9 \6 T, K3 q' I麻烦哪位高手帮忙设计一条引物，引物要求片段最好不要太长。
9 a6 c6 f( X/ J. A; D
2 B& l8 m4 z1 d; UNCBI上CDS序列链接http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/EU862290.1# Z# j) z' H1 [2 H" @! u

3 E) D( v0 O4 `0 V$ n, y大鼠SOX38 I) q* {4 p; H
6 K  a. \; M+ _* t/ V! @
非常感谢……

cellbuddies

我想看看你的引物怎么样

cellbuddies

普通条件下的产物就不会有了，LA PCR会提高特异性

jennyshy

回复 jennyshy 的帖子  A5 [/ c* p. X, r

! N* }9 I. _! b; n4 V* T再请教一个问题，用GC rich条件会减少杂条带吗？2 A) T, K0 N" i. ^; Z  B8 t& Y

2 T$ q/ Z) a" u# [+ D* e! B4 w1 g

jennyshy

回复 cellbuddies 的帖子, @, \7 V0 A& o6 `% h9 L

! _( }+ s) `5 N8 L1 b& B6 k: Y7 f刚才查到了，订购了。非常感谢你的帮助。, g" h# a/ \8 q2 e+ W, H5 c
' I/ }/ h$ I4 x9 x, _, _

cellbuddies

模板GC含量高，比如你的基因GC含量高达70%，这很不常见，在95度变性时，双链不会打开，需要特殊条件，比如TAKARA的LA Taq+GC buffer 2。

jennyshy

回复 cellbuddies 的帖子
& i, c' `- p3 f* u/ v0 A
. W$ Z' q! c5 A0 |$ OGC rich什么意思？是设计引物特殊情况？

jennyshy

回复 wangzhiqi86 的帖子
. P4 k- a! r* I/ K  ]3 @
9 o/ @5 J* a# x非常感谢……我试试。
; O& y  |# F- f7 F* Z  w6 H3 @6 {+ {. a* a8 z% {1 i

cellbuddies

试着设计了一下，产物GC含量高达72%，估计你的引物可以用，用GC rich的条件吧

cellbuddies

不是引物的问题，你的模板GC rich，建议用LA Taq+GC buffer 2