求设计引物

jennyshy

有一个基因在NCBI上没有全长的mRNA序列，只能找到部分CDS序列，设计了好几次了，PCR的结果都有杂条带……该基因家族同源性挺高的2 S& a! j5 q& J7 I, f3 Y+ o' x0 E
4 f0 x" v7 a& e
麻烦哪位高手帮忙设计一条引物，引物要求片段最好不要太长。0 ^4 z( r( U1 Z
# a4 p6 j: H9 @
NCBI上CDS序列链接http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/EU862290.1
7 Z+ ]: m: T$ V# Y3 w* z+ n; H. }
9 R- F0 u$ Z- J0 h4 Q1 T' S大鼠SOX3
4 ]1 J  T* U( S0 c- _* e" a! A
* w1 D/ }) R0 b: @" A2 u" |非常感谢……

wangzhiqi86

回复 jennyshy 的帖子4 H( A" W7 q) B2 e8 M* x
. m' u# S/ g3 _* u' X- E$ w
这里有几个引物，你看看吧

wangzhiqi86

回复 wangzhiqi86 的帖子
% A& F/ I( o  [' q
+ o/ c. g. e* c9 P, i* v! S) h么有了？

cellbuddies

不是引物的问题，你的模板GC rich，建议用LA Taq+GC buffer 2

cellbuddies

试着设计了一下，产物GC含量高达72%，估计你的引物可以用，用GC rich的条件吧

jennyshy

回复 wangzhiqi86 的帖子2 i; o4 `0 s% F# u' A+ z4 V7 \

: i4 C8 x2 W# ^; t1 j3 y非常感谢……我试试。  [, d5 l# L' G, _

* U; {1 v6 z) I

jennyshy

回复 cellbuddies 的帖子
) |$ ~+ J% F$ ~& q  q& \$ t) R8 a+ P6 z
GC rich什么意思？是设计引物特殊情况？

cellbuddies

模板GC含量高，比如你的基因GC含量高达70%，这很不常见，在95度变性时，双链不会打开，需要特殊条件，比如TAKARA的LA Taq+GC buffer 2。

jennyshy

回复 cellbuddies 的帖子: x9 X9 ~3 z  C' z5 S# p( n
; u6 ]$ K1 d% j; r- o) \
刚才查到了，订购了。非常感谢你的帮助。) b! T6 b% d- [0 K* g
% l+ R* B! M) o+ g3 Y

jennyshy

回复 jennyshy 的帖子$ b6 Y- l" H' s7 `% I, \% x3 ^

! `7 D/ g& H( h, t( T4 \2 _2 m再请教一个问题，用GC rich条件会减少杂条带吗？
* A6 Q+ m$ l& O$ f7 C% }8 ^0 ~% x8 ]4 J; o