一个基因有多个转录本怎么设计引物？

ind6562

在NCBI上查到我的目的基因有多个transcript variant ，我要做realtime PCR检测该基因的表达变化，请问大家设计引物时应该怎样设计？是每个转录本各设计一个引物呢，还是只设计一个具有同源序列、能扩增出所有转录本的引物呢？第二种方式对所有基因都可行吗（即是说一定可以设计出这样的引物吗）？请指教，谢谢！

jhu132llh

只要P那个你需要的转录本的表达量就可以了吧/ u7 O% `( e0 X+ k: r8 E7 }  L- @' C
其他的转录本和你没有多大关系呀

ind6562

回复 jhu132llh 的帖子- X: j& k1 w3 q; z: r
1 i, b  x0 i0 _6 N; v" H# f
不知道哪个转录本有用啊。。。感觉是每个都有用

jhu132llh

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, W  u/ C9 H5 g1 ^! A  W8 x: A4 J" O7 X, S4 m6 X6 Z
最好是先确定哪些转录本对你有用再设计引物
, \6 E2 x$ T) ~9 \2 [设计引物的时候最好是针对特异的转录本设计引物，只检测他的转录才有意义

chentian820

针对转录本的共有区域进行设计即可。如果要看各个转录本的表达量，就分开设计。但得提醒你的是，有的基因会有多个转录本，其中一些是可以翻译出蛋白的，而另一些是非编码的。如果出现这种情况就得分开设计。万一分开设计不可行的话，就得做western。

lxy07

你要是想看某个基因的整体表达情况，就要让所有的转录本都表达，设计一个具有同源序列、能扩增出所有转录本的引物，我就是这么做的。

wang3033

一般剪接都发生在基因的中后部区域，你可以设计扩增基因的5’端区域，只要100-200bp即可，  _3 V( Q7 s- c
这部分是所有转录本的共有区域。

safflower

设计一个具有同源序列、能扩增出所有转录本的引物。即先比对各个转录本的同源序列，再利用同源序列设计引物。在你不清楚哪个转录本有用的情况下，这是最好的方法。

mzaq2006

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- S7 ~4 g. D1 U# ^' Z2 `5 w
1 i' z( f5 @; \8 F( Z如何判断一个基因的转录本是翻译蛋白的，而其他转录本是不翻译出蛋白呢？还有就是，每个基因的转录本应该都是NM开头的，而且这些NM开头的转录本不都有一个CDS吗，难道有这个区域也有可能不翻译蛋白吗？

mzaq2006

回复 wang3033 的帖子9 ~- N" p5 T2 z5 V$ ~9 J0 |& p

9 I2 W' A' c% H( Z/ w7 c% a你好，你说的5端区域具体是指5UTR吗？一个基因有多个转录本，这些转录本序列不都是mRNA吗，不是都已经经过可变剪接了吗？我只要在同源区任意位置设计出合适的引物不就可以了吗？希望能得到你的解答，谢谢。