请教大家一个关于甲基化的问题

thinktank

大家好，请教大家一个问题，比如说我要研究一段启动子（包含CG位点）上特定位点甲基化状态与否与转录活性的关系的话，怎么获得这种特定位点甲基化和非甲基化的的序列？谢谢大家！！

weiyepan

测定甲基化与否可以使用二代测序，或者用化学修饰去甲基化然后做DNA足迹。: f, ?7 F6 L) s" e- F! I
如果研究甲基化对转录的影响可以参考这个文献用TALE-TET1的方法：0 X) ]0 K8 I, x0 z2 R
Targeted DNA demethylation and activation of endogenous genes using programmable TALE-TET1 fusion proteins
. ?, n# H  b7 `, bNat Biotechnol. 2013 Dec;31(12):1137-42. doi: 10.1038/nbt.2726. Epub 2013 Oct 9
3 i. p' v  U" \' U) E. {% a! ?4 d

watchen198891

不好意思手滑点错了

芦苇浅

我认为你可以直接在细胞系里边建立检测转录活性的系统，比如在你要研究的启动子后边插入GFP。因为甲基化是针对whole genome的，体外研究的话很难得到位点特异性的甲基化状态。你可以使用NEB的M.SssI甲基化酶将CpG 位点都甲基化处理。

thinktank

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5 u5 z% x" G  z. u% C) p) l# u( j8 G
"体外研究的话很难得到位点特异性的甲基化状态",我也是意识到这个问题，所以想请教你们相关问题，谢谢啊！

thinktank

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# j& r3 k+ |; P- X0 `1 H我的意思是，体外研究的话很难得到位点特异性的甲基化状态对转录的影响，先看看这篇文章，谢谢！

thinktank

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8 Y; g- j% Z3 b我的意思是，体外研究的话很难得到位点特异性的甲基化状态对转录的影响，先看看这篇文章，谢谢！

yuanyecat

你可以通过Pyrosequencing来测定甲基化