基因扩增不出来

微笑流滢

这个基因是高GC还有一些重复序列，该如何扩增呢？我现在只需要扩增这个基因的2000bp就可以了，但是一直扩不出来。也买了公司的适合于扩增高GC的酶，这个酶有自己的PCR程序，98° 10s，68°2min,扩增30Cycles 我试了试，还是啥都没有，我就用常规的PCR程序试了试，还是不行，崩溃。求教

xuyang0317

你看看你的样品是不是有问题，样品质量也是影响PCR结果的一个因素，试试将样品再提纯下。

luomengwu

可以试试touchdownPCR，会耗时久一点，但是如果引物什么的没有问题是可以p出来的，如果touchdown不可以建议换引物模板等，若是touchdown有条带则考虑温度问题

gondobar

看看你的基因是不是极易形成发卡结构，易形成发卡结构的特别难扩增，我遇到过。

微笑流滢

回复 xuyang0317 的帖子: l# X5 F( m9 _* S: R) r% a! [

4 }5 C, y) V$ C8 j8 k. ]; V: W扩增其他基因都没有问题，怀疑应该就是基因本身的问题，如果纯化是怎么纯化呀

微笑流滢

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# i/ B' r' U& Q- H3 P/ W/ p
$ E6 j; r# _) r4 R" l* i6 n+ l! x那后来是怎么解决的呢？

微笑流滢

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  b$ l& t6 U& ]0 M" Q: ~9 s
; T6 D3 r" I. m+ \: ]$ ^3 j你好，Touchdown只是提高特异性吧？如果本身就没有条带的话，是不是没必要做这个呢？

gondobar

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( M* \0 a2 Q$ Y6 U8 {" i9 G- P: m3 s: r+ L; I+ u. r1 \
因为我们做SNP，最后换酶切位点，从新设计引物扩的，折腾一个半月。

luomengwu

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; M4 Q/ }7 l7 i9 C8 g4 ]% t8 l  J) A: ?7 h
是的，本身确定无条带确实没必要做，我之前回复的意思是，你要先确定是本身确实没有条带还是特异性低导致的没有条带（因为您之前只是用的一个条件）。。。

dollar777

1、重新设计引物看看，比如短点; m4 }! _' i1 W# U4 J+ ]1 O
2、复性/延伸温度延长点试试
5 G6 p; X6 D8 e) k! L( W0 n3、换酶吧