设计测序引物有什么要求？sense primer和antisense primer 都是要成对吗？

军医

primer 5设计时要选sense primer 和antisense primer或 both ，这有什么区别吗？

亮亮燕燕

引物设计原则.pdf (459.13 KB)

2011-3-19 09:28 上传

请用IE浏览器下载
参考
下载积分: 威望 -2 , 包包 -5

军医

回复 亮亮燕燕 的帖子$ Q* P  n5 |. z8 ^: K5 D$ `* D" v
+ C* l! {7 g- x- f, ~2 X# {3 o( U! i
这是一般PCR引物的要求，我是想问测序引物的要求，与普通引物的不同。

亮亮燕燕

不太明白，你测序是自己测吗？我们都是送的公司去测的，一般片段1000bp以下，就选择正向测，给人家正向引物就行了，你想反向测就给人家反向引物就行了。一般片段比较大我们才用双向测通的这种。不知道你们是怎么测的？

军医

回复 亮亮燕燕 的帖子
. H& d" n/ S. p7 c: Q3 o, T- O" N+ J6 U' k8 ^
我不是PCR扩出的片段，而是合成的片段，所以没有上下游PCR引物，载体上的通用引物不符合我的要求，所以要在通用引物的上游重新设计测序引物。

亮亮燕燕

序列知道吗？知道的话再设计一对！不知道的话！嗯。。。你的序列是保守的吗？是的话应该也能设计一对吧！不会序列一点不知道吧！

军医

回复 亮亮燕燕 的帖子
, u( c" [0 j! r5 K2 r2 T: v! o% g3 [" g; c. @6 ?% E0 s
当然知道了，没设计过测序引物，所以在设计之前要问问和测序引物有什么不同的要求。

亮亮燕燕

哦！应该没有特别的要求吧！我们平常测序不也是自带引物吗？

王乾

任何PCR引物都需要成对纯在的，因为PCR的过程始终是以DNA单链为模板，以其中的一条引物为其实，沿着5‘到3’的方向进行的，设想一下如果只是一条引物，那么生成的DNA产物长度将没有限制，换句话说就是无限长，所以引物设计时一定是根据你产物的情况来确定引物的位置，设计一对引物对着P,这样才能得到想要的产物。

狮子头人

回复 王乾 的帖子5 w8 W3 j0 ^; W$ m  a  _

- I9 P$ y$ K) h/ k) u不会是无限长吧？
3 ?; u* `1 N) a1 i( a只不过是扩增效率变得很慢而已？不知道您同意不！