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楼主: 熊猫猫
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[请教] 求原因。PCR怎么会多跑出一个条带?有图......   [复制链接]

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发表于 2011-6-26 22:47 |只看该作者
下次做个对照,不加模板,就知道了,你这个应该就是引物二聚体,二聚体大小一般在这附近
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发表于 2011-6-27 09:26 |只看该作者
不会是引物二聚体,引物二聚体是最前沿那条带,图中有,只是很淡
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发表于 2011-6-27 11:38 |只看该作者
看你上面的帖子,你这个应该是做的RT-PCR, 你图上这5个泳道是不同的离子浓度吗?
. U3 B9 c" T4 ]" R* ]建议你做如下实验:1.,下次做PCR的时候建议你在做样品的同时,加一个水对照,就是样品组加DNA, 对照组不加DNA, 用H2O代替,这样就能知道是不是污染了。电泳结果显示如果水对照组没有条带,则进行下面的2;如果水对照组有条带,则说明你做PCR的时候污染了其他DNA,找到污染源,重新做。2. 如果对照组没有条带,而样品组在不同的离子浓度下还出现了这么亮的非特异性杂带,那应该是你的引物设计有问题,建议重新设计一对引物试试。
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发表于 2011-6-27 12:55 |只看该作者
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正常有三条带5s、18s、28s,28s为18s的2倍左右,你的图不好说建议在跑一次
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发表于 2011-6-28 11:37 |只看该作者
首先楼主的问题就不对,这绝对不是多跑出一条带,而是你PCR扩增的问题,另外,你应该是217bp的长度吧?写错了,呵呵!+ E/ t7 H, \9 U
另外看你8楼地回复,貌似你做的RT-PCR,如果是这样的话,有多条带也比较正常,毕竟mRNA可能存在多种形式的剪切或者不同转录起始位点,
7 v- `  w# p& C建议你优化下引物,或者尝试nest-PCR!
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发表于 2011-6-28 11:38 |只看该作者
回复 jun8013 的帖子% }2 g0 ?0 b5 |7 F* u# n
5 T; j2 f7 q! Y4 B: Z8 z% `
这绝对不会是引物二聚体!

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发表于 2011-6-28 19:13 |只看该作者
回复 熊猫猫 的帖子
, D* M! v8 B% Q7 x3 h  v
" q# l& g/ J4 J: d* s, _+ L- s1. 不会是引物二聚体,分子量有点大
2 P3 A+ A# o1 h. j2.应该用blast检测一下引物的特异性, 很可能是引物不特异。
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发表于 2011-6-28 19:20 |只看该作者
回复 熊猫猫 的帖子
6 d" z- [. m3 J% L1 s! |+ F- M; G9 b4 s" i3 t: ]$ n9 N9 c8 c
1. 不会是引物二聚体,分子量有点大* x- R- F( q% E4 B7 ?- ]9 C
2.应该用blast检测一下引物的特异性, 很可能是引物不特异。

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发表于 2011-6-28 21:54 |只看该作者
回复 zhangyan813 的帖子
' K4 A7 u: K8 ^0 l: H" Y4 F8 r1 M( U
您好,谢谢您和大家的帮助5 u" d: I3 W5 i* Y
这是我第一次跑RT-PCR,所以这张图上五个泳道的浓度是一样的,只是PCR时的退火温度不一样。: E, ^" `6 }( s6 `
以前跑过RT-PCR的师兄也觉得是DNA污染,因为引物比对的特异性还是很好的。今天重新RT和PCR了,退火温度设置得要高一些,还是有杂带,只是没上次得亮和明显了。
1 L3 H8 q+ [8 g& t; ^( G下次就按照你的步骤试试哈,但会不会是在提取RNA的时候就被DNA污染了呢?如果这样的话,有没有办法检测RNA中被DNA污染了?
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发表于 2011-6-29 11:26 |只看该作者
估计是引物设计的原因。可以P出来不同的基因
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