TESS-转录因子预测之利器

runsong

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/ |; s7 f3 M( x这是一个预测转录因子在DNA序列上结合位点的网络工具，可以预测与启动子区域结合的转录因子。! }, L, w' a( [: I
我是在 tonyp0720 的介绍下用了这个网站，虽然刚刚入门，但感觉不错，希望与大家分享，也在此抛砖引玉，望老手不吝赐教，同辈交流切磋。
7 e' T) I% P  g) z) YTESS是宾夕法尼亚大学的转录因子搜索系统  网址：http://www.cbil.upenn.edu/cgi-bin/tess/tess  
9 _# E! Q7 b) Q7 i8 j0 l  P最简单的用法如下( w- v: G: [+ R9 c' v0 F- T
如图1：打开网址后，点击 site search
( o+ v) @: }" h2 u如图2：我是以CMV启动子为例说明用法，在2-1上输入序列名称；2-2上输入CMV启动子的序列；2-3中是网站保存预测结果的时间；2-4中输入你的邮箱地址，预测结果是发送到你的邮箱中的。点击 submit
2 `+ L5 y  e+ w# y% x) e如图3：之后的界面，此时预测结果已发送到你的邮箱中，如图4.有两个链接，第一个打开网站上的结果，第二个是结果的excel版本。
5 U1 P7 x1 y. y' m6 l4 ]如图5：打开链接的界面，是预测结果的基本信息。我们一般最关心的结果在  Poisson Significance ，点击它，界面如图6。上面就列出了与CMV启动子结合的转录因子。
, e3 i$ N' a3 ~2 d: z' E' u9 v4 X, }/ n' ]5 y( R  ?( H
其实网站上还有很多功能，我只会这么一点。详细用法可见附件文章。

植物怪人

回复 goodboy 的帖子
8 Q) i' S# m* B2 v5 l9 W; J" }1 S$ ?* d3 e  ]. }
谢谢楼主

Casey_Wan

回复 86964109 的帖子, z/ f* D/ R' R) s# h9 m" \
8 I2 C7 i, c3 h, W1 N
好的，谢谢你！

86964109

回复 Casey_Wan 的帖子
4 v. l) I& X0 ]; M7 y* b' J  @
8 q( V; u& S/ T- D- A页面右上方不是有个download么，点进去试试吧，具体的我也没用过，在线预测的话还可以用TF search网站的http://www.cbrc.jp/research/db/TFSEARCH.html

Casey_Wan

回复 86964109 的帖子
5 X7 [- ]9 r& _: s4 i! j# Q" J4 B+ k9 }, ?5 R
数据包如何下载和使用呢？还可以预测吗？

Casey_Wan

数据包下载了之后，不知道应该如何使用，头疼？

86964109

该服务器在线预测功能已经关闭了，貌似数据包还可以下载

wenzhi1120

是不是还需要注册？

细胞海洋

回复 wangkunvslufei 的帖子
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wangkunvslufei

你好，能得包包么