TESS-转录因子预测之利器

runsong

. R) p, y; O$ b  X
' W8 E" d+ C1 U- e0 I2 _2 e( a这是一个预测转录因子在DNA序列上结合位点的网络工具，可以预测与启动子区域结合的转录因子。
; k$ A5 C  s# }, p# v我是在 tonyp0720 的介绍下用了这个网站，虽然刚刚入门，但感觉不错，希望与大家分享，也在此抛砖引玉，望老手不吝赐教，同辈交流切磋。
1 u7 r9 u3 N( I8 Q% u# o6 M5 }8 nTESS是宾夕法尼亚大学的转录因子搜索系统  网址：http://www.cbil.upenn.edu/cgi-bin/tess/tess  
* {& ]7 S) \/ I2 F* h最简单的用法如下
2 d4 J% S' I  y- p/ ]如图1：打开网址后，点击 site search
- _5 p; k; u# H( ~, x0 t' Q; r9 \( g如图2：我是以CMV启动子为例说明用法，在2-1上输入序列名称；2-2上输入CMV启动子的序列；2-3中是网站保存预测结果的时间；2-4中输入你的邮箱地址，预测结果是发送到你的邮箱中的。点击 submit& N- {3 M5 i( G4 Q7 v" U
如图3：之后的界面，此时预测结果已发送到你的邮箱中，如图4.有两个链接，第一个打开网站上的结果，第二个是结果的excel版本。
: r! K2 [9 Z+ q" k- n如图5：打开链接的界面，是预测结果的基本信息。我们一般最关心的结果在  Poisson Significance ，点击它，界面如图6。上面就列出了与CMV启动子结合的转录因子。
; j: ^& F+ b3 i9 g$ ~" U- K2 q- n3 I7 K' t7 h' L
其实网站上还有很多功能，我只会这么一点。详细用法可见附件文章。

军医

好东西

fhysqweqwe

希望有用

goodboy

好东西是好东西，之前用过，导出的结果太多了，很难取舍，如果要做的话建议用两个启动子分析软件相互印证。

pharmacology

好东西啊！TESS怎么选择它最有效的TF.

biotly

好东西~

snsjw

回复 runsong 的帖子4 ~! N: h4 d5 k; @4 D" C5 D6 b- h. Z
, i1 D9 C, U8 r+ Z$ W8 L
如何解读结果呢？分数多少算是高呢？

开明陆吾

我顶顶顶~

gmcsf

回复 pharmacology 的帖子+ \# K  B: x% B) R4 X* t

3 @& m& O5 |) D3 e/ m+ a/ N8 S是啊 TESS可以查看哪些TF是activation or inhibition吗 怎么查看的

gmcsf

回复 runsong 的帖子& G* ]: u! u* V& s' K, j4 }

2 m" T1 s" ?$ z% M# x+ h) r1 M请问下TESS能预测哪些TF是正调控还是负调控么？如果能怎么看？