TESS-转录因子预测之利器

runsong

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这是一个预测转录因子在DNA序列上结合位点的网络工具，可以预测与启动子区域结合的转录因子。" n& {6 X$ B: |1 g! T
我是在 tonyp0720 的介绍下用了这个网站，虽然刚刚入门，但感觉不错，希望与大家分享，也在此抛砖引玉，望老手不吝赐教，同辈交流切磋。0 q. R+ Q, E' V! [. k! j
TESS是宾夕法尼亚大学的转录因子搜索系统  网址：http://www.cbil.upenn.edu/cgi-bin/tess/tess  
! J, z& l$ w: Z) I  q最简单的用法如下: L2 B9 |6 p+ Q6 x8 Y4 t
如图1：打开网址后，点击 site search, U1 b& ~8 o/ x" \0 U
如图2：我是以CMV启动子为例说明用法，在2-1上输入序列名称；2-2上输入CMV启动子的序列；2-3中是网站保存预测结果的时间；2-4中输入你的邮箱地址，预测结果是发送到你的邮箱中的。点击 submit
: k8 W9 T8 M( f如图3：之后的界面，此时预测结果已发送到你的邮箱中，如图4.有两个链接，第一个打开网站上的结果，第二个是结果的excel版本。
1 q" \8 ]' g0 F: o" `0 R; |如图5：打开链接的界面，是预测结果的基本信息。我们一般最关心的结果在  Poisson Significance ，点击它，界面如图6。上面就列出了与CMV启动子结合的转录因子。3 ]* D0 _% ]% {: g! `
7 z& j5 A3 B- o! w+ i; Q$ ?& ^8 C
其实网站上还有很多功能，我只会这么一点。详细用法可见附件文章。

军医

好东西

fhysqweqwe

希望有用

goodboy

好东西是好东西，之前用过，导出的结果太多了，很难取舍，如果要做的话建议用两个启动子分析软件相互印证。

pharmacology

好东西啊！TESS怎么选择它最有效的TF.

biotly

好东西~

snsjw

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. {- c8 v) `( A' c( J  P0 Q  V- E" R. H  L: {" }9 ]
如何解读结果呢？分数多少算是高呢？

开明陆吾

我顶顶顶~

gmcsf

回复 pharmacology 的帖子$ N# G& ~8 x5 F) V+ I! E  M+ c

- X1 s9 \* W) B* ]" y是啊 TESS可以查看哪些TF是activation or inhibition吗 怎么查看的

gmcsf

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& L" ^! D: k* x  C1 Z1 L  J2 M8 W) ]5 i( I% P) c. {
请问下TESS能预测哪些TF是正调控还是负调控么？如果能怎么看？