TESS-转录因子预测之利器

runsong

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这是一个预测转录因子在DNA序列上结合位点的网络工具，可以预测与启动子区域结合的转录因子。6 _1 _0 I; r0 R5 b9 a$ Z
我是在 tonyp0720 的介绍下用了这个网站，虽然刚刚入门，但感觉不错，希望与大家分享，也在此抛砖引玉，望老手不吝赐教，同辈交流切磋。8 ]- D: a! l; r; I( r
TESS是宾夕法尼亚大学的转录因子搜索系统  网址：http://www.cbil.upenn.edu/cgi-bin/tess/tess  
/ w* [5 D/ K7 u$ q4 A0 @最简单的用法如下
: v+ M" L, y& u  ]! T4 R2 T; [如图1：打开网址后，点击 site search0 s" T- r3 U9 X* ~% O
如图2：我是以CMV启动子为例说明用法，在2-1上输入序列名称；2-2上输入CMV启动子的序列；2-3中是网站保存预测结果的时间；2-4中输入你的邮箱地址，预测结果是发送到你的邮箱中的。点击 submit
2 d+ O& f7 A5 w* ]# s7 c+ E如图3：之后的界面，此时预测结果已发送到你的邮箱中，如图4.有两个链接，第一个打开网站上的结果，第二个是结果的excel版本。
4 L) n3 ]' I: O' \5 Y如图5：打开链接的界面，是预测结果的基本信息。我们一般最关心的结果在  Poisson Significance ，点击它，界面如图6。上面就列出了与CMV启动子结合的转录因子。
0 T( \, p2 }; g( `0 z2 d* i4 Q- T2 d& n3 D. o" z/ F' i2 j
其实网站上还有很多功能，我只会这么一点。详细用法可见附件文章。

军医

好东西

fhysqweqwe

希望有用

goodboy

好东西是好东西，之前用过，导出的结果太多了，很难取舍，如果要做的话建议用两个启动子分析软件相互印证。

pharmacology

好东西啊！TESS怎么选择它最有效的TF.

biotly

好东西~

snsjw

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+ j5 p7 v0 z4 i2 T4 ?# M9 Q/ e# }7 y5 s8 j+ h* G; d! |
如何解读结果呢？分数多少算是高呢？

开明陆吾

我顶顶顶~

gmcsf

回复 pharmacology 的帖子  j/ M5 ?: r$ X9 p& N

7 ?& p6 R/ ^; z6 K/ {& w) }) k是啊 TESS可以查看哪些TF是activation or inhibition吗 怎么查看的

gmcsf

回复 runsong 的帖子! J3 q+ ?7 w+ w  A' ~+ M* [/ m
% F% V! R1 ]. ^" H/ U
请问下TESS能预测哪些TF是正调控还是负调控么？如果能怎么看？