TESS-转录因子预测之利器

runsong

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8 J3 `$ ?  Y6 X% c
这是一个预测转录因子在DNA序列上结合位点的网络工具，可以预测与启动子区域结合的转录因子。
# ]) }  J9 F. L( ]6 e我是在 tonyp0720 的介绍下用了这个网站，虽然刚刚入门，但感觉不错，希望与大家分享，也在此抛砖引玉，望老手不吝赐教，同辈交流切磋。
6 u" t, O8 J" _( P; N7 W8 {7 o5 fTESS是宾夕法尼亚大学的转录因子搜索系统  网址：http://www.cbil.upenn.edu/cgi-bin/tess/tess  
5 O, N' m. p" F  @最简单的用法如下' j: p( ]  n) \7 H
如图1：打开网址后，点击 site search
- W5 w% j) D. L% H7 n4 O  ?如图2：我是以CMV启动子为例说明用法，在2-1上输入序列名称；2-2上输入CMV启动子的序列；2-3中是网站保存预测结果的时间；2-4中输入你的邮箱地址，预测结果是发送到你的邮箱中的。点击 submit
1 i# q0 Q+ }  n( D, I' b如图3：之后的界面，此时预测结果已发送到你的邮箱中，如图4.有两个链接，第一个打开网站上的结果，第二个是结果的excel版本。
& o; h8 J. _3 }- E) |, T9 x如图5：打开链接的界面，是预测结果的基本信息。我们一般最关心的结果在  Poisson Significance ，点击它，界面如图6。上面就列出了与CMV启动子结合的转录因子。( D8 _# Y! J2 n+ z$ J& p# Z
# U9 t! w1 B' n2 d
其实网站上还有很多功能，我只会这么一点。详细用法可见附件文章。

军医

好东西

fhysqweqwe

希望有用

goodboy

好东西是好东西，之前用过，导出的结果太多了，很难取舍，如果要做的话建议用两个启动子分析软件相互印证。

pharmacology

好东西啊！TESS怎么选择它最有效的TF.

biotly

好东西~

snsjw

回复 runsong 的帖子
/ L- m  s+ j0 v# z6 J- N! x5 i! \& R: ~. P, E. a9 H% ^
如何解读结果呢？分数多少算是高呢？

开明陆吾

我顶顶顶~

gmcsf

回复 pharmacology 的帖子8 `1 \! P5 ~8 X$ Q0 D
0 y3 o. i  i: p/ R; u/ y: d" D
是啊 TESS可以查看哪些TF是activation or inhibition吗 怎么查看的

gmcsf

回复 runsong 的帖子9 d8 L* {: k# [7 `% K4 T# P0 t

8 z& H/ L# T1 R+ n& p1 S4 x( |6 e请问下TESS能预测哪些TF是正调控还是负调控么？如果能怎么看？