iPSC感慨（我现在有点Chaos）

Tivah

我是2013年开始接触somatic cell reprogramming的。之前的publication只是大致浏览了一下，之后才开始认真看。( h' \, z# `$ y- T* V3 b9 I
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还是先感慨进展。12年能发Cell stem cell的，拖到13年就要发Stem cells了。从一开始的ES/iPS comparation, disease modeling, iPS from various species, immuno/onco-genesis, genome abnormality, direct lineage transformation到mechanism, efficiency, reprogramming methods, extent of rejuvenation, more mature disease modeling and direct lineage transformation...之后的路线会主要向着哪些方向走呢？从phenotype走到concept，大概”实力/务实派“还是会从concept再走回phenotype？
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不是很支持Yamanaka提的超大规模药物筛选。即使不算诱导产生iPS的过程，human细胞诱导之前和诱导之后那几个月的培养要是上了规模……就算日本人玩命，这玩的可不止是命-_-||我说血清会涨价啊。（请允许我做一个邪恶的表情）
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重编程的机理……这个不说啥了。不过也算是分两种吧，一种是用自己筛出来的东西做，一种是“to recapitulate the canonical function of a defined molecule in reprogramming system"。但即使前者，如果只focus到reprogramming本身上，也已经不大容易做出很attractive的东西了。并且，”重编程机理“这个说法本身，也有点不靠谱（虽然，怎么说，这个结论-或者说意识-是通过很多比较靠谱的研究得来的）。
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9 g4 A. D) I3 V/ m( E8 S我现在是比较偏好于看到更focus的paper，比如丁盛的肝脏相关的，或者做生殖细胞的，或者通过仔细研究一个谱系发生的表达谱变化，然后做直接转分化的……总之是对某一类细胞或者谱系特别了解积淀又比较深的。也不为什么，就是感觉这类的study看起来比较踏实点。
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  J1 n. r7 ~6 A& D. E5 L) Z另外就是令人耳目一新的……唉我不说小保了。我的心好像重编程到D6就被扔液氮里冻着了，估计复苏之后也找不回感觉了……" c& k* y7 y2 v. m3 S

+ b- q: U. i6 f  B……好吧，这样。

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照现在的趋势，iPS这是要走下神坛啊！

abgg

回复 Tivah 的帖子
4 w; v  \( x% K! ^" K+ Y9 }
" }$ q, J5 x/ Y# O) D+ c- |iPS致瘤性、免疫原性和表观组缺陷，这些都是iPS用于临床之前绕不过去的坎儿，不够赚眼球，应该不太会有多少人去做吧。

Tivah

回复 zhen022 的帖子
4 {- d4 O; v' q- q4 D# ~5 X- Z" v6 k! }: v; p: k" J8 L
我鼓励自己说这就像是初恋失败，受伤了之后就成长了。路还很长啊。

zhen022

“我的心好像重编程到D6就被扔液氮里冻着了，估计复苏之后也找不回感觉了”，卤煮已经悲痛欲绝啊:lol

tpwang

回复 Tivah 的帖子: u4 g# d; A# f0 H& x* G

) D, H9 P; {+ W' ?0 ~多说一句。现在研究生出好成果然后找工作的压力很理解，但出好成果确实不应该是读研究生阶段的主要目的。
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拿个博士学位无非是通过了一个门槛，能够继续在本领域往前混，即便你是在顶级lab，跟着顶尖老板也是如此。不巧你搞了个不错的文章，也不能保证你就沿着坦途走下去了，而且都未必是坦途。) \0 k3 E0 L' B, o4 o

& Z/ x& k* d; G还是不要太急功近利。

Tivah

回复 markllq 的帖子" b8 C" y  ?0 s* W8 D

- p# f2 ]! s; }: e' b”最初什么都不懂的时候你觉得最有意思的问题就是最好的课题，真能跟着感觉而能不受其他的束缚那就对了。“$ O: y/ t0 B# d9 W

6 w% k- z: l  t, e同意啊！一开始跟着师姐做进化，那时是真的相信自己做的东西很有意义的，做的时候，心里充满底气（我就不说那种微妙的自豪感了）。做物理的一货在希格斯波色子结果公布前夕说的好，”如果你都不相信会发生什么，那就真的什么也不会发生了“。
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我相信我找得回这种感觉。玩个游戏都能上瘾通宵刷装备呢。那可是除了一堆代码代表的等级和装备啥都不给我。（猥琐地笑，这个论坛表情都太正经了）

Tivah

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回复 Andyhigh 的帖子
' K4 H% W0 `3 Y9 o8 s% x$ h- s
0 X! n& n& s; `) h  |呃，我没说清……我的意思是，phenotype比如Yamanaka最初的鼠iPS的paper，有这么种细胞；或者加个什么分子敲个什么分子，有这么个高效率。玩concept的比如lineage specifier，我有这么个概念，我认为这个促进重编程，看，我有表型支持。（当然两者相辅相成，只不过说的方式和偏重点不一样）
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! |, {4 q0 ?( x' Y0 x转分化或者iPS分化，我的确不是很清楚。微感觉坑人，但模糊感觉还可以。不满意的是，比如都是分化成hepatocyte吧，先出来个A paper，说我分化成hepato-like cells，看，有abc三种酶都很好；第二年，再发个B paper，说我们做的hepatocell，有abc三种酶都很好，并且A paper中不好的d酶，我们的细胞也很好。……但这个A paper里是不会说的。有时候我会认为，对相应的领域应该强制要求展示一些数据，或者至少做出什么限制，而不是想说什么就说什么，想不说就不说。我说转分化或者iPS分化有意思是觉得这个如果用来做疾病机理，倒是不错。（但是像你说的那样，优势在逐渐被取代，但劣势却盖不住。Cell Stem Cell上那篇用成人细胞SCNT获得ES的那篇，就把iPS迄今一直标榜的能够获得成人的难获得的病理组织的优势给说下去了）
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至于做机理的，呃，问题是即使他们想做downstream work，做啥？我还真想把一直用来形容reprogramming的stoichasitc给换成chaos呢-_-||  iPS现在定位略尴尬啊。如果一个“机理研究”弄到加不加Vc铺不铺feeder都有影响，那影响力自然是大打折扣了。

Tivah

回复 tpwang 的帖子
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6 I1 A+ Z" s. w/ `“机会提供了什么可干的，要干到极致，一定会有收获。”这句话很同意。有感觉之后，那种“神秘又朦胧”的感觉没有了，激情也和开始盲目的激情不一样了，虽然走的路和之前想的不一样，但看得是更清了。不过是有点讽刺的是，非得自己走到那一步，才能感悟到那一步；别人说都是没用的，自己还是得重复走一遍那个阶段，花费那么一个阶段的时间才罢休。1 e) j# Q; P5 w3 C* f8 j8 ]
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只不过，有时不得不为自己想做的，走上一大圈的迂回路。有些迂回是奋斗所必须经过的，但还有一些是出于无奈了。有一个师姐，研一的时候老板让她养金鱼，她就养。但是一直有绿藻，金鱼身上长绿毛。她告诉老板，老板让她网上查，她查了是用高锰酸钾泡。于是基本整个研一的时间，她就在用不同浓度梯度的高锰酸钾泡金鱼，工作报告内容就是这周又用多少浓度高锰酸钾处理，有多少金鱼死了多少没长绿毛……研一快结束了，老板告诉她，不用养金鱼了，不用了。于是金鱼扔了%……￥#&@……*……￥#
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高中报专业的时候我想的还是拿个照相机跟在斑马屁股后面跑呢。现在是想找个不是在玩的老板，做个能让自己有些sense of belonging的课题。

Andyhigh

Tivah 发表于 2014-4-28 15:45
8 E9 J2 z# i8 M! \0 @回复 Andyhigh 的帖子3 _. q$ _6 v- s" P1 B% g

: n' b# _7 D2 }混乱……我用这个词只是这么想的。

5 o$ l2 u' L+ K( x* ~
基本明白楼主的观点，后面回复的有点多啊！！！
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我跟你也差不多：12年9月份进的实验室，开始接触iPS cells，刚开始半年都不是很清楚iPS cells为何物，之后才开始认真研究iPS。" }9 A: o. j( L) y3 ]8 J

5 H) Z1 _1 s0 a' o对于你所说的进展，“12年能发Cell stem cell的，拖到13年就要发Stem cells了”，感觉这种现象不只仅仅存在与iPS 领域吧，很多科学研究都存在这一问题；个人认为，对于iPS cell的发展方向或者未来，其分化、细胞治疗、药物筛选，疾病模型等还是其主导路线，当然同时应该加强其机制研究；当前该领域存在的问题是遇到了瓶颈，不知道下一步的具体计划该何去何从了，此外不是很明白你文中 phenotype 和 concept 的含义，求指教，有想关文献是最好了！！！' S) {3 d" l( m+ x3 T& @

: Q/ {; A1 k# @" D. b关于重编程机制，自己最近还想总结下，以便与大家分享下（但一直没有付诸实践，感觉太多太大）；对于你所说的“用自己筛出来的东西做”不是很明白，是指其他新的转录因子或小分子化合物嘛，亦或指在细胞中高表达某个癌细胞中的某个基因？？？现在感觉做iPS 很难出attractive的工作了，可能是这几年研究的太多所导致的吧，大家也可以提供下好的idea，大家一起讨论讨论
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对于转分化自己只有一个概念，从你认为这类的study看起来比较踏实，就能推断出你对iPS 的工作感觉有点Chaos了，呵呵！！！ 我想问下，这是不是有种可能，你对转分化不是很了解或了解的不如iPS透彻呢，所以觉得这个工作更踏实呢？9 M- {4 ?( f* V" `) ^

0 Q  ^& {/ t& s$ c; y分享下我的经历或看法吧：
$ ~( Q3 J" G) A; o# t3 Y/ b自我介绍下哈，我是做重组蛋白诱导猪iPSCs相关工作的；首先，从一开始对iPS 的一无所知；- \0 n1 J# z9 f/ b& u9 x. h# |
然后读了一些综述和研究性论文，慢慢感觉这项技术很牛，很有意义，也是一个蕴含巨大利益的产业，对自己的研究也充满了兴趣（解决iPS 安全性）和信心；
9 [( m3 ~! W7 Q' G( ]2 _其次，在经过一些阅读 写作的积累，发现自己对iPS的剖析也不一样了，发现其中有太多的问题需要攻克，如安全 效率（诱导时间和获取时间），无一个公认的鉴定指标（五花八门的指标），机制不清；此外，此时还出现了很多灌水的文章，都在说自己发明一种新方法，找打了一种新的因子或小分子化合物，发现了什么信号通道在其机制中扮演了重要作用；但一个很奇怪的现象就是 相关工作做完后就停止了，没有相关的下游工作，如09年两篇蛋白诱导iPS，10年12年mRNA诱导的iPS，13年用小分子化合物获取iPS，今年的小保用stap方法获取的iPS，好像都没有下游的工作，这是为什么呢？所以这也慢慢地改变了自己的看法，科研，中国的科研，研究生的科研，感觉也没什么太大的意思，自己有点迷茫了！！！- b! e/ b! o& l9 ]. x- x. i9 ?6 Z
此外，自己的工作也遇到了一些“问题”，如猪iPS（增值能力强，可进行长期的复杂基因操作）最终目的是，获取转基因修饰的猪（体细胞传代次数有限，不好进行细胞筛选），但随着基因打靶技术的发展，这个优势慢慢地不存在了，最致命的是在做核移植时，发现用SCNT（体细胞核移植）技术获得的合子发育潜能或囊胚的质量，均高于iPS细胞，所以有点感觉像搬起石头砸自己脚的感觉，而究其原因则可能是重编程过程中的损害，如染色特异常，突变，外源基因的持续表达，所以工作的意义大打折扣。预测下自己将来写文章，可能要灌水了，说自己的方法可能改善这种缺陷，如囊胚的质量有些许提高，嘿嘿）。: |* N8 o2 ]/ j* w
最后，最近参加了一个偏重于生长或实际应用的培训班。感觉实验室（学界）和企业（业界）所做的东西，或所用的方法存在较大的差距，学界和业界存在较大的 “沟”；所以目前还是调整心态，好好完成自己手头的工作，尽量使其perfect，让两者的差距尽量小点，方便以后的就业，能力运行的话也对社会的进步做出一份自己的贡献吧。 沉稳！！！ 个人认为iPS的方向还是需要其市场及利益来推动和决定的！！！6 l8 G4 C6 P+ V