请教查询两个基因序列

xuhaoxiao

我想查询C56BL/6小鼠的MHC 2 的A基因alpha和beta链的mRNA序列(I-Aalpha,I-Abeta), 折腾了半天没找到。
4 F/ l8 e- O7 u5 r1 V( L不知哪位高人有没有？

farmer

标记

上海过客

多态性 可能是通过  不同剪 切方式 来的 。
) b2 @  D  l. }
5 T/ ^4 b+ ]  H+ u' i# f注意 NC 开头的  号码 ，和 NM 开头的 号码  。  看看 提供的信息 。
/ h  J6 X# C! s+ Q* [3 D2 E% N% w  A9 g  B3 I& b+ w  V' ^* d' f
  NM  开头的 号码 里 有 外显子的信息 ，可能会提供 可变剪切的 信息 。

xuhaoxiao

回复 5# hndxws ; R+ \& O; u/ H6 z( a2 ^
谢谢，我要查找的是MHCII的基因A,就是I-A或者说H-2A.& w$ ]. [7 r' _! K( O
你给我的是MHCI的K基因。
3 o. Y+ i9 k4 ^  I还是谢谢你。! S# Z9 E% N5 x) t) U1 |6 |9 c
MHC有多态性。

hndxws

首先进入NCBI输入基因名称（英文的）mus MHC 2，选择类型Gene。会出现新的窗口。一般选择第一个。这是搜索结果
( u- P( v& Y! q6 y5 d- t" |mRNA and Protein(s)
4 I: x9 W3 @2 N+ ?1.NM_001001892.2 → NP_001001892.2  H-2 class I histocompatibility antigen, K-W28 alpha chain isoform 1
* a8 _2 h8 i8 C+ f' ~: }7 i; ?/ a, r! P) L6 w" W4 n1 {3 U
4 {1 k% D2 B, r9 Q
Source sequence(s)AK153419,BP757296 $ i8 g& |/ l, N6 d) r# g5 ~
UniProtKB/Swiss-ProtP01901 ! S2 s$ b6 g1 L0 G2 h* m1 g
UniProtKB/TrEMBLQ7JJ15
' ~8 ]6 ~+ M* h( z; eRelated EnsemblENSMUSP00000025181, ENSMUSP00000040558, ENSMUSP00000084436, ENSMUSP00000109950, ENSMUST00000025181, ENSMUST00000046131, ENSMUST00000087189, ENSMUST00000114311; Q* r5 m! s6 t7 `. P+ X
Conserved Domains (3) summarycd07698  y$ P% X6 w" D- C% E& H6 I
Location:204 – 296
' |& R$ t8 i) CBlast Score: 352IgC_MHC_I_alpha3; Class I major histocompatibility complex (MHC) alpha chain immunoglobulin domain.pfam001293 A* ?! u7 H# y3 n: g
Location:22 – 200
+ x4 C! N3 C. m9 q: F. {* uBlast Score: 913MHC_I; Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2.pfam06623
  X0 Y- A5 \: |# e$ h- I' _Location:334 – 359
% ~& N- F7 ~) w0 J% n2 P3 dBlast Score: 119MHC_I_C; MHC_I C-terminus.1 }* b# m$ t9 K
4 j3 v* j& x  \: ]

/ p+ z6 H- A/ r7 T8 x) ]3 g1 n这是结果的链接，有两个，看看是否是你需要的。
$ _3 f6 A: Q9 q/ i. Zhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_001001892.2# ~/ I& Y  ~9 w2 c% T
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/NP_001001892.2
- t' t5 u- s) |# A4 ?  `8 u, ]2 a; \. z: G* y( {
另外，你这方面的能力需要培养一下，很基本的，多练习练习。

xuhaoxiao

回复 3# lixiaodong   M6 f/ J1 O6 K2 x5 R, a+ C
C57是b haplotype,这个事k.
: b! P: ~" p; M5 K: `: W谢谢

lixiaodong

这个不全，自己再BLAST一下吧。/ Z$ a1 g# }. V9 n# n1 P
LOCUS       MUSMHIAKB                740 bp    mRNA    linear   ROD 27-APR-1993
: f! `. @4 ^! p; d0 PDEFINITION  Mouse MHC class II H2-I-A-beta gene (k haplotype), 3' end.
1 L) g2 \& y+ t/ t9 @7 w/ `ACCESSION   M21932
; w+ J7 s& I+ A# U4 `( o$ g, F' vVERSION     M21932.1  GI:1994955 V$ S3 O3 g5 d, m* g; x% H; N+ O
        1 ggcatttcgt gcaccagttc cagcccttct gctacttcac caacgggacg cagcgcatac
" ^7 g3 |6 f$ ~+ w' I$ n8 ~       61 ggcttgtgat cagatacatc tacaaccggg aggagtacgt gcgcttcgac agcgacgtgg
( S5 B- {( L# z! m+ x( b2 {2 y+ Y/ L      121 gcgagtaccg cgcggtgacc gagctggggc ggccagacgc cgagtactgg aataagcagt4 T/ [( t" q/ k( C8 Z! j! h+ q* T+ M1 a
      181 acctggagcg aacgcgggcc gagctggaca cggtgtgcag acacaactac gagaagacgg1 Y' `2 F3 y8 a! L- R, C
      241 agacccccac ctccctgcgg cggcttgaac agcccagtgt cgtcatctcc ctgtccagga' G# ~/ [6 m2 F! ?
      301 cagaggccct caaccaccac aacacgctgg tctgctcagt gacagatttc tacccagcca9 K# W" c' N  e6 K! M
      361 agatcaaagt gcgctggttc cggaatggcc aggaggagac ggtgggggtc tcgtccacac
* Z: P; Y; z6 e0 H6 M5 M( D9 g% h      421 agcttattag gaatggggac tggaccttcc aggtcctggt catgctggag atgacccctc( b6 d' T- @) W# m: ?2 t: u! C
      481 ggcggggaga ggtctacacc tgccatgtgg agcatcccag cctgaagagt cccatcaccg
" ^; P6 K  n: ~# S      541 tggagtggcg ggcacagtcc gagtctgccc ggagcaagat gttgagcggc atcggtggct
3 f3 p1 H4 Y& G/ s1 r4 P: G( v! x1 f      601 gcgtgcttgg ggtgatcttc ctcgggcttg gccttttcat ccgtcacagg agtcagaaag2 X  f" ?+ Y9 f' k4 S3 X+ M' O4 f( h
      661 gacctcgagg ccctcctcca gcaggactcc tgcagtgact cagagtgttt tgactcagtt- c- t3 B% X* _8 R( ?
      721 gactgtctca gactgtaagg

lixiaodong

看看这个是不是，如不是C57/B6,自己Blast一下基因组。7 i) {9 u! d' ?
LOCUS       MUSMHIAKA                978 bp    mRNA    linear   ROD 27-APR-1993
) P: R/ {5 k( T. P7 M$ j1 b. g3 R( zDEFINITION  Mouse MHC class II H2-I-A-alpha gene (k haplotype), complete cds.
3 j( G/ o2 Y! \% L) \- ^1 lACCESSION   M21931
8 b) \+ q. C0 S1 N( xVERSION     M21931.1  GI:199493
. r' l/ I' _/ t& U  A0 x8 o
/ m1 g' t2 H; r) `* S+ o2 ?- x* b1 gcagagacct cccggagacc aggatgccgc gcagcagagc tctgattctg ggggtcctcg
$ P( z/ C8 W$ T       61 ccctgaccac catgctcagc ctctgcggag gtgaagacga cattgaggcc gaccacgtag
* l9 _6 w- I; R2 X' k      121 gctcctatgg tataactgta tatcagtctc ctggagacat tggccagtac acatttgaat
$ b) k' k0 C; B      181 ttgatggtga tgagttgttc tatgtggact tggataagaa ggagactgtc tggatgcttc+ b- D+ e$ X+ i, |. \& r
      241 ctgagtttgc tcaactgaga agatttgagc cccaaggtgg actgcaaaac atagctacag% J1 g$ l1 n" p6 |0 u
      301 gaaaacacaa cttggaaatc ttgactaaga ggtcaaattc caccccagct accaatgagg
. }& a; b; a* `* P. I) o1 `2 F* V      361 ctcctcaagc gactgtgttc cccaagtctc ctgtgctgct gggtcagccc aacaccctta
* \+ ?' ]& h# d  ]6 B      421 tctgctttgt ggacaacatc ttccctcctg tgatcaacat cacatggctc agaaatagca
$ V3 r# q, N5 ^1 A/ F      481 agtcagtcac agacggcgtt tatgaaacca gcttcttcgt caaccgtgac tattccttcc. y# m! g2 M+ k6 \2 Z$ }* x7 `
      541 acaagctgtc ttatctcacc ttcatccctt ctgacgatga catttatgac tgcaaggtgg
9 u, z$ L9 s% H' w! n1 W" R      601 agcactgggg cctggaggag ccggttctga aacactggga acctgagatt ccagccccca
) n- p/ r# X3 |' J! \      661 tgtcagagct gacagagact gtggtgtgtg ccctggggtt gtctgtgggc cttgtgggca# S. ~7 E* [" w! r
      721 tcgtggtggg caccatcttc atcattcaag gcctgcgatc aggtggcacc tccagacacc. O! U/ {2 O% H
      781 cagggccttt atgagtcaca ccctggaaag gaaggcgtgt gtccctcttc atggaagaag1 K0 n- [4 P$ `* M$ v' M( e
      841 tggtgtgctg ggtgacctgg cacagtgtgt tttctggacc aatttatggt gttctttttc' B# `" l6 n  k
      901 ttcttcaagt gacccccaac ttgcttttcc cttggccctg aggctgtccc tctcacagct
1 z& u' \8 f: l+ P' q4 Q      961 cacacaccct tggaattc
6 Z' w% c. m- L# \//