请教查询两个基因序列

xuhaoxiao

我想查询C56BL/6小鼠的MHC 2 的A基因alpha和beta链的mRNA序列(I-Aalpha,I-Abeta), 折腾了半天没找到。
9 g/ b, {) H) p1 l* G不知哪位高人有没有？

lixiaodong

看看这个是不是，如不是C57/B6,自己Blast一下基因组。
  C2 f" c9 G( Z( w( ELOCUS       MUSMHIAKA                978 bp    mRNA    linear   ROD 27-APR-1993
0 t. j9 M. q# g5 L* GDEFINITION  Mouse MHC class II H2-I-A-alpha gene (k haplotype), complete cds.
9 E/ B1 f/ ]# @1 f5 b* {ACCESSION   M219311 F" n5 N5 x. N1 z4 m- |2 S8 I. f, b
VERSION     M21931.1  GI:199493$ U( h. o" F; y' Z5 x

9 o9 D, t, g* v8 x7 k1 gcagagacct cccggagacc aggatgccgc gcagcagagc tctgattctg ggggtcctcg. W4 }+ ~( E9 I$ K: z
       61 ccctgaccac catgctcagc ctctgcggag gtgaagacga cattgaggcc gaccacgtag
- u9 X0 h) K9 N2 N% l      121 gctcctatgg tataactgta tatcagtctc ctggagacat tggccagtac acatttgaat" {+ K% V9 k! R- x5 Y  r; Y3 V
      181 ttgatggtga tgagttgttc tatgtggact tggataagaa ggagactgtc tggatgcttc
3 u6 w& w: S7 b# X  E" w      241 ctgagtttgc tcaactgaga agatttgagc cccaaggtgg actgcaaaac atagctacag. U* T2 ]! j) L3 r$ A
      301 gaaaacacaa cttggaaatc ttgactaaga ggtcaaattc caccccagct accaatgagg& S9 i4 k$ `7 A# I& j
      361 ctcctcaagc gactgtgttc cccaagtctc ctgtgctgct gggtcagccc aacaccctta
) z: [/ @9 ]- i. C. G) j      421 tctgctttgt ggacaacatc ttccctcctg tgatcaacat cacatggctc agaaatagca; D, y& G) |4 A  s* {5 M
      481 agtcagtcac agacggcgtt tatgaaacca gcttcttcgt caaccgtgac tattccttcc
, d1 @' x5 l" m0 k1 N4 g      541 acaagctgtc ttatctcacc ttcatccctt ctgacgatga catttatgac tgcaaggtgg, r- N4 D# k+ [" s! ~, ?
      601 agcactgggg cctggaggag ccggttctga aacactggga acctgagatt ccagccccca
8 x% P& `" n9 O( _7 B      661 tgtcagagct gacagagact gtggtgtgtg ccctggggtt gtctgtgggc cttgtgggca
- ~& x1 t. o3 r      721 tcgtggtggg caccatcttc atcattcaag gcctgcgatc aggtggcacc tccagacacc/ o% \" I; ?4 c: W$ Z: _
      781 cagggccttt atgagtcaca ccctggaaag gaaggcgtgt gtccctcttc atggaagaag& g: s. k7 b0 S$ ~5 Z( j
      841 tggtgtgctg ggtgacctgg cacagtgtgt tttctggacc aatttatggt gttctttttc& I3 j) Y1 \* H4 g( B
      901 ttcttcaagt gacccccaac ttgcttttcc cttggccctg aggctgtccc tctcacagct
1 |* ?* x' ^: F) I% J) r      961 cacacaccct tggaattc3 I+ C/ l% s2 ~3 P
//

lixiaodong

这个不全，自己再BLAST一下吧。7 b% n3 X: m, a! I$ C
LOCUS       MUSMHIAKB                740 bp    mRNA    linear   ROD 27-APR-19937 A; A- w; v' ?6 ^( q
DEFINITION  Mouse MHC class II H2-I-A-beta gene (k haplotype), 3' end.9 P6 x( B% A: u  e4 b: H
ACCESSION   M21932  `' ^  Q* T/ w7 q: F' D. d
VERSION     M21932.1  GI:1994952 Y# ^6 M+ W& Z3 i7 P- e
        1 ggcatttcgt gcaccagttc cagcccttct gctacttcac caacgggacg cagcgcatac/ k2 F$ X9 S7 q" `
       61 ggcttgtgat cagatacatc tacaaccggg aggagtacgt gcgcttcgac agcgacgtgg
! @& t$ f2 R9 Y  G0 v0 @      121 gcgagtaccg cgcggtgacc gagctggggc ggccagacgc cgagtactgg aataagcagt
3 v6 V# q  H. {7 l  X      181 acctggagcg aacgcgggcc gagctggaca cggtgtgcag acacaactac gagaagacgg
6 Y. J* s$ ~3 z      241 agacccccac ctccctgcgg cggcttgaac agcccagtgt cgtcatctcc ctgtccagga
: q$ y, [4 j. E5 w      301 cagaggccct caaccaccac aacacgctgg tctgctcagt gacagatttc tacccagcca
3 `* Y0 Q* ~9 {6 N      361 agatcaaagt gcgctggttc cggaatggcc aggaggagac ggtgggggtc tcgtccacac+ ?& j% O9 v- K
      421 agcttattag gaatggggac tggaccttcc aggtcctggt catgctggag atgacccctc
' u* u- \8 h0 I9 }: ]      481 ggcggggaga ggtctacacc tgccatgtgg agcatcccag cctgaagagt cccatcaccg( r# _+ l- y. {- |2 x) C& u
      541 tggagtggcg ggcacagtcc gagtctgccc ggagcaagat gttgagcggc atcggtggct  K/ {5 `% E1 o- B
      601 gcgtgcttgg ggtgatcttc ctcgggcttg gccttttcat ccgtcacagg agtcagaaag
; U. e0 v- s7 O$ A, P9 c      661 gacctcgagg ccctcctcca gcaggactcc tgcagtgact cagagtgttt tgactcagtt* H) x. p5 G7 h
      721 gactgtctca gactgtaagg

xuhaoxiao

回复 3# lixiaodong
  w# {  }1 f' E  V. n. F8 `+ f C57是b haplotype,这个事k.* e: ?8 B# u4 D% c, W/ Y
谢谢

hndxws

首先进入NCBI输入基因名称（英文的）mus MHC 2，选择类型Gene。会出现新的窗口。一般选择第一个。这是搜索结果1 V9 V) P1 n, g) p- p
mRNA and Protein(s)
- }, b* J+ c) G( i1.NM_001001892.2 → NP_001001892.2  H-2 class I histocompatibility antigen, K-W28 alpha chain isoform 1& `4 ~: }) p4 _; b4 a5 S
4 c$ ?, j6 r5 I& Y, F4 \
- I1 x, j9 W. r
Source sequence(s)AK153419,BP757296
% Q# |; G: f7 B6 X( |) [4 [UniProtKB/Swiss-ProtP01901
" q$ }9 s7 m1 p. O. UUniProtKB/TrEMBLQ7JJ15 $ G: q! T, E. F9 s7 S
Related EnsemblENSMUSP00000025181, ENSMUSP00000040558, ENSMUSP00000084436, ENSMUSP00000109950, ENSMUST00000025181, ENSMUST00000046131, ENSMUST00000087189, ENSMUST000001143115 B4 q0 s6 J% d; P. u
Conserved Domains (3) summarycd07698
2 ^) \7 O5 U  ALocation:204 – 296+ c* c* f: Y, B; \, ^- v" B+ l
Blast Score: 352IgC_MHC_I_alpha3; Class I major histocompatibility complex (MHC) alpha chain immunoglobulin domain.pfam00129: ^- S& s0 n3 i- V# Q5 v1 a* p
Location:22 – 200  H  \$ G/ Q! D
Blast Score: 913MHC_I; Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2.pfam06623
, L" T4 o' y: cLocation:334 – 359' E' a# m( r. e4 K2 m- u
Blast Score: 119MHC_I_C; MHC_I C-terminus.
; x5 [7 X0 N5 d: @7 Q: _  ^8 v5 J/ h: Q. d& z/ p- n9 y3 ~
" @! X9 T# c+ W7 u6 y
这是结果的链接，有两个，看看是否是你需要的。. d) k8 `$ `! b( e# f
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_001001892.22 Q: z5 e2 Q; x4 n, n0 z: k
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/NP_001001892.2. @7 l0 V& w) i. B

& @; r# G) x7 |$ r- l( h1 h) B$ U另外，你这方面的能力需要培养一下，很基本的，多练习练习。

xuhaoxiao

回复 5# hndxws 5 b$ a$ G, l6 f0 r5 X+ W# D* H
谢谢，我要查找的是MHCII的基因A,就是I-A或者说H-2A.
! g8 {( d9 x+ J8 y* @5 {/ [你给我的是MHCI的K基因。
# V7 ^3 J  I9 ~+ R: B$ m4 N) T还是谢谢你。
  |" p: K) Y2 b# ~# C0 h$ dMHC有多态性。

上海过客

多态性 可能是通过  不同剪 切方式 来的 。3 U4 f$ u7 p3 H1 ^0 z4 f
2 {5 X- H$ q! v. e) z
注意 NC 开头的  号码 ，和 NM 开头的 号码  。  看看 提供的信息 。; V9 ?: |5 R/ R  G
( H* Z' U2 K/ S( _2 V- ~  g
  NM  开头的 号码 里 有 外显子的信息 ，可能会提供 可变剪切的 信息 。

farmer

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