关于Splinkerette PCR的一些疑惑

jiabiaohu

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splinkerette  你好，看了你推荐的那篇文章，很详尽，有个问题想请教下，在这篇文章中，splinkerette 接头连接后，还有一步EcoRV酶切的过程，但是LZ的没有，当然分析来说两种方法都可以，但具体到结果上会有什么差别咯？

splinkerette

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1 @$ ^# V, D( l. {& @6 e' `* z9 V平时合成的普通引物，两头都是OH，我估计文章中所提到的不磷酸化，应该也是指5‘端的。不过这些个问题操作起来都不需要考虑的，直接把序列发过去合成就可以了

splinkerette

回复 jiabiaohu 的帖子4 Z, x# }# I% r2 V
+ ]2 \; _+ ?' W' y  w
具体到结果上的差别我就也不清楚了，EcoRV 的酶切应该就是为了简化PCR的反应体系吧，或许能减少一些非特异性的反应。如果在你针对于“Transposable Elements”设计的下游引物之后有合适的酶切位点的话，我建议还是不妨一试。 不过至少我做的时候省略了那一步，也能出实验结果

jiabiaohu

回复 splinkerette 的帖子% \  v. C1 [: [  L3 O

4 I. m% o( i* W% h' u5 s我这个下游没有合适的酶切位点，所以方法可能和你的差不多咯~~~~ 能不能提供点详尽的资料（比如接头合成，具体实验步骤之类）咯~~~~虽然那篇文章很详尽，但还是怕出差错~~~另外，看到一篇protocol说Splinkerette PCR容易出非特异性带，不知道你的实验结果怎么样？8 z7 @6 Y) h5 Z* ^5 y6 X) \
就等着这个结果毕业了，盼回复啊~~~~先谢过了。如果不建议的话，是否可以加QQ聊咯？我的QQ 348580917

jiabiaohu

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8 J5 u. E) p- T1 j) M: s7 h
$ k3 D: n9 \' s& r2 U附件中是其他一些基于Splinkerette PCR 的改进方法~~ Isolation of Genomic Insertion Sites of Proviruses using Splinkerette-PCR based .doc (383.5 KB)

2011-3-17 12:23 上传

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jiabiaohu

回复 splinkerette 的帖子
+ d, b, S! |& o- ?" p. h4 A! R( K) \" M$ w. v3 @5 P$ i
合成的接头5端要加接头不？急~~~~谢谢·~

splinkerette

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" E+ w4 ^0 X6 Q" Y9 ~0 ]& u% U$ N6 ~5 |& ?3 B$ k
不好意思，我没有太看明白你的问题

jiabiaohu

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+ q5 ^' s+ e. q& p1 g! f6 X4 J' w4 Y- _, H7 u2 W
呵呵，不好意思咯，打错了，问题是“合成的接头5端要不要磷酸化”，后来查到了，好像是说不用磷酸化的，对吗？

splinkerette

回复 jiabiaohu 的帖子4 Z' O2 j& ^; j5 G) R
6 _' m/ u7 x+ P9 [
对的，像我之前说的那样，类似于合成引物那样，直接送出去合成就OK了

jiabiaohu

回复 splinkerette 的帖子; y  l3 z8 r7 l# M9 _5 Z( Z

+ l" u: p' Q* L, j9 ?6 s; Z0 I好的，谢谢咯~~