q-PCR时引物设计问题

如来的观音

据说，实时定量引物设计时产物长度最好控制在80-150bp间较为合适，有这种说法吗？

不倒翁

是的 Rules:
$ }1 d- _7 ]; l3 x$ x3 n1.        Amplicon size should be ranged from 90bp to 180bp;
2 I% Y- I4 V7 Z. |- V' A: s: ^8 o2.        Oligo length should be ranged from 17 to 20bp, normally;. i, s! N) u! Q( g7 b" E  B. `- T
3.        Ideally, the TM value should be 60℃, but 59℃ to 61℃ is acceptable;" n) ^: I( d+ J" q( [
4.        The TM value of one pair primers should not be different at more than 1℃
. h: q* `$ C  L0 }5.        GC content should be 45% to 55%
- W" [( G. Z* P2 @/ T6.        The oligo designed should be located in different exons.
, j6 N- u5 b  @8 J2 [: l

不倒翁

是的 Rules:
$ p% N4 _+ C$ G- ]9 t9 I- c& T1.        Amplicon size should be ranged from 90bp to 180bp;
5 T7 W7 q& J6 O" J  r7 m3 q2.        Oligo length should be ranged from 17 to 20bp, normally;
8 B/ @9 a2 D3 T3.        Ideally, the TM value should be 60℃, but 59℃ to 61℃ is acceptable;% s& ~3 y( j: q9 b& t" @# H
4.        The TM value of one pair primers should not be different at more than 1℃
  Q3 {/ g( V) f0 m5.        GC content should be 45% to 55%
2 y1 n8 Q/ K' h0 i/ W( v, D/ T) _6.        The oligo designed should be located in different exons./ v2 `" ~& T/ g! N# r9 ]4 q% Z# f

miRNA

现在公司的酶都很NB，所以，可以将范围扩大到80-250，有同学用400，他说也可以...
8 p& x( f7 H7 l' W祝你好运...

casc007

用SYBR等不饱和染料时是这样的，用饱和染料就无所谓了，但是也还是建议越小越好，体系比较好把握

casc007

回复 miRNA 的帖子
7 R2 s6 V. I: F( V- [: H' I) K7 S' @0 b0 G+ T! p  I
这个大小决定因素不在于酶，而是染料

daviddow

shi

lazyworm

应该是不超过250bp，我刚开始做时用了个500多的竟然p出来了，不过还是小一点的好P。当然设计引物时也不能太小，如果和引物二聚体差不多大的话不好区分。

nankou2008

这个是有的 主要是为了扩增曲线好看稳定 太大的话
. c. E% \+ H* M8 y. F$ z7 h# W仪器公司工程师有过介绍的, l- a' }: g# x5 M
我们当时说是70-250bp

刘艳85

最好是这个片段长度，若是太长也可以批出，但是可能有的结果就不那么可靠了吧