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[请教] 最近在做Western Blot(WB),遇到一些问题,想请教下大家   [复制链接]

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楼主
发表于 2013-5-23 23:03 |只看该作者 |倒序浏览 |打印
本人最近的试验遇到一些问题,望各位战友能多提宝贵意见。2 y6 v; V% B$ F

5 m4 l2 i) u4 K* I! s自己想获得几种目的蛋白(四因子OSKM蛋白),做一些蛋白的功能试验。正在用pET-28a表达系统(一种常见的成熟的原核表达系统)表达目的蛋白(OSKM),前期已成功获得了pET28a+目的蛋白基因 的质粒,转化到BL21感受态中,经IPTG诱导表达后,想验证诱导表达是否成功了,遂做了一个Western Blot。由于第一次做WB,走了不少弯路。结果和过程如下:
/ t2 l7 @  ]+ {3 N5 }. a: ]- o$ k. `) w1 |
1.蛋白的提取:第一次发现提取的菌体过多,裂解液加的不是很多,可能存在裂解不充分的可能。第二次减少了菌液的用量,加了足够的裂解液,进行了充分的裂解。
# p3 ?5 m8 [* h  d                         备注:裂解液是碧云天的,主要是用来裂解细 胞的,后期考虑用超声波裂解的方法。裂解液中加入了PMSF& H1 z# F! \& d3 s/ R. k# s
                          疑问:裂解后的菌液,经离心取上清,发现上清很清亮。裂解的整个过程中也没有发现粘稠状的液体,这正常嘛,不是说可能有DNA嘛???* A8 T$ Z+ A$ D# _& B
2.蛋白的变性:加入蛋白上样缓冲液,并在沸水浴中加入5分钟。2 V8 y. F: W/ V/ }
                         疑问:我看有些地方是加热10分钟,想问下这个可影响后面的结果???
, L. Y) _4 [4 Z* ^3 b, O" ?  O3.SDS-PAGE:首先对上述样品跑了一个SDS-PAGE,进行考马斯亮蓝染色。染色的结果发现有很多的条带,在蛋白预染Marker附近,也发现了与目的基因蛋白差不多的条带(只能说   差不多,真正的大小有一些偏差) 由于没有纯化,所以条带比较多。
9 v% F: t5 C0 K/ x) G+ R 1 u5 V& h0 l7 @  E+ Z) X: f
于是对蛋白样品做了后续的WB,发现没有目的条带。于是在师兄的建议下,首先用内参跑western blot,又出了新的问题。内参用的是Tublin
& G" ~7 S0 Q& o! I2 G7 P1. 蛋白的提取:首先获取iPS细胞,用上述方法进行裂解  变性。
/ R! Z$ a3 ]. w5 b, a2.SDS-PAGE电泳:条件浓缩胶 80v  分离胶 120v 恒压,由于考虑到考马斯亮蓝的不可逆性,就想后期做立春红染色,来检测转膜效率。2 m- C9 W0 T3 F3 f4 |. C
3.转膜条件:恒流:120mA(有点不记得了,回去查下,应该差不多) 能 确保在4度下进行  转膜1.5h-2h。结果:发现蛋白预览Marker转到PVDF膜上了,并且很漂亮(亮度 和 各个带之间的距离  及 形状)) K; P9 k. ?  ~" s' Q' e
4.丽春红染色:用丽春红 染色 发现 无条带,fuck!咨询了一些人,也不知道具体原因,建议往后做3 F4 S0 d( X) R' z0 `: U
5.将丽春红洗干净后,封闭 4度过夜8 P+ p/ a% Y+ Q4 v: H
6.一抗孵育  二抗孵育  暗示中ECL发光试剂显色,发现无结果,··· ···  失败!
1 a$ A8 H' A0 ^, B; g: j7同时自己也验证了下二抗和发光底物:将发光试剂A和B,各1ml等体积混合,在暗室中加入1ui的二抗,发现有明显的荧光,证明二抗和发光试剂应该都没有问题: E$ X( _. b9 u

2 w% U# J- i4 N3 I; H  N+ Z9 {# f实验结果:目的蛋白就不说了,内参的western 也没做出来,都做了一个月了!唉,效率有点低
  {- S# _' D0 M5 m6 [3 Y
0 f: c& s% Q4 `/ ~+ v; f7 S不知道在哪出问题了,有点长,有点乱!感谢那些仔细看完帖子的,更感谢那些给出意见的4 Y4 Z9 w9 N( A& [3 _9 u9 j1 Q4 Q3 N
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沙发
发表于 2013-5-23 23:22 |只看该作者
同时,也分享下自己找的一些资料吧 上海之江公司-western blot方案.pdf (233.69 KB) WesternBlot讲座2012.pdf (20.32 MB) Western-Blot操作流程.pdf (214.51 KB) ECL-western blot 发光说明书.pdf (147.95 KB) abcam-protocols-book-chinese.pdf (7.39 MB) ) n5 c7 g9 Y( j; ~! S' r1 g
/ g9 z/ e4 Q$ ?/ G
现在发现有几个都没有认真看,嘿嘿!
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细胞海洋 + 5 + 20 极好资料

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藤椅
发表于 2013-5-24 08:20 |只看该作者
咋没人回复呢  

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板凳
发表于 2013-5-24 10:30 |只看该作者
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我的蛋白是在100°C水浴10分钟的,如果处理时间不够或者上样缓冲液量少,会使蛋白解聚效果差,目的条带释放不出来。而且我转膜时用的270mA呢,你是不是电流小了点,我的蛋白是65KD左右。仅供参考
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报纸
发表于 2013-5-24 10:45 |只看该作者
回复 加贝 的帖子8 z7 N6 ]+ k9 u  `' Z% X7 j
( x# o- |+ |" _
下次想把沸水浴的时间改成10min,上样缓冲液是按照样品量的多少来决定的。我的目的蛋白是40-50KD左右,电流比较小,是为了防止产热过大。Marker转到膜上去了,这能否说明这个转膜的过程没问题呐?
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地板
发表于 2013-5-24 11:05 |只看该作者
回复 Andyhigh 的帖子
9 c# N" X( M2 K  n# m5 j" i( d3 l( G: P6 w
如果连内参都显不出来的话,那可能是在提蛋白的过程中蛋白降解了  marker能转过去说明转膜应该没什么问题。可以在提取蛋白时在冰上进行,4℃离心收集蛋白上清
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发表于 2013-5-24 11:05 |只看该作者
回复 Andyhigh 的帖子
2 v# N& `2 n" ?* p+ U
# Y; l1 T" c6 f9 i如果连内参都显不出来的话,那可能是在提蛋白的过程中蛋白降解了  marker能转过去说明转膜应该没什么问题。可以在提取蛋白时在冰上进行,4℃离心收集蛋白上清

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发表于 2013-5-24 11:42 |只看该作者
回复 yangcy-smile 的帖子
7 ^6 d4 b! T2 F/ a1 d* K- a- _. j! V, J+ Y: h* a9 H
现在自己也怀疑,可能是蛋白降解了。之前,提取蛋白时没有在冰上操作,也没有严格按4度离心操作。谢谢啊
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发表于 2013-5-24 15:47 |只看该作者
既然用丽春红 染色 发现 无条带,说明问题不在抗体等下游步骤 ,很大可能性是蛋白,不知道你用哪个kit提的,提完之后有没有做bradford侧一下浓度
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发表于 2013-5-24 17:37 |只看该作者
樓主,最近我也在做相似的實驗,其實你有沒有先試過用sds-page和comassian blue染色來比較诱导前和诱导後細菌蛋白成份的不同?如果你那蛋白有表達的話,gel上應該會有一條額外的條帶。你不如先試一下來確認那蛋白究竟有沒有表達,如果沒有表達的話,western沒有成功也是正常。
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