请教mi-RNA茎环法设计引物

runsong

预用stem-loop法做RT设计micRNA引物，网上和文献里找到了两个版本的，不太一致。6 ]1 T2 t+ o  [" x+ k) [* P9 }
版本一：查到以mir-145为例的帖子
, N' _0 w; _% k. U! G( D2 r) P              反转录茎环引物固定的序列为：5，-CTCAACTGGTGTCGTGGAGTCGGCAATTCAGTTGAG-3，再在后面加上目的miRNA成熟体从后面数八个碱基的反向互补序列。
; l, H6 ^9 A7 ]7 g8 c1 t9 F8 V              PCR正向引物固定的序列为：ACACTCCAGCTGGG，在这个序列后加上于成熟体除后面六个外剩下的碱基序列。& z4 K4 C" u- v- v3 b1 I6 ]  \
        PCR反向引物为：TGGTGTCGTGGAGTCG" \' a4 C1 t5 O# T/ l" d; |- @
版本二：应用似乎更加广泛
$ h5 Y# V9 X" i+ t5 X$ j              反转录茎环引物固定的序列为：5-GTCGTATCCAGTGCAGGGTCCGAGGTATTCGCACTGGATACGAC-3，再在后面加上目的miRNA成熟体从后面数六个碱基的反向互补序列。5 n1 l) t! J# D, s

6 P- B" f! M% N! R( K              PCR正向引物固定的序列叙述含糊，多为成熟体去除后面2-8个碱基而剩下的序列。
# B9 k: V1 j$ D3 T" c5 B              PCR反向引物为：GTGCAGGGTCCGAGGT2 A, Y0 A5 |$ D+ ]4 [% v9 ]
困惑ing...
. z9 K! M5 G) l* o9 T" R* A  x  l+ K
这两个系统原理一样，不知有何优劣。
+ o6 b- Z7 q, D
# v; w# Z1 w6 c5 f( ~( s, @

mckf111

昨天才订购的第二种方法 下周应该有结果 你可以两个都合成试试 都是短引物 不贵
; ?* `4 h) [% x7 b3 h" m另外 请参考这篇文章method中我的标注部分4 B  R6 ]8 x& l) z( w: i4 {
09-07-引物在其中刘云婧MicroRNA-9 inhibits ovarian cancer cell growth through reg.pdf (506.72 KB)

2011-4-13 20:46 上传

请用IE浏览器下载
下载积分: 威望 -2 , 包包 -5

runsong

预用stem-loop法做RT设计micRNA引物，网上和文献里找到了两个版本的，不太一致。$ r' I% Z8 o* Z
版本一：查到以mir-145为例的帖子6 {; c+ l8 I& f0 f4 |2 d' P" m0 v
              反转录茎环引物固定的序列为：5，-CTCAACTGGTGTCGTGGAGTCGGCAATTCAGTTGAG-3，再在后面加上目的miRNA成熟体从后面数八个碱基的反向互补序列。4 m% H0 U& ^9 l
              PCR正向引物固定的序列为：ACACTCCAGCTGGG，在这个序列后加上于成熟体除后面六个外剩下的碱基序列。
+ s" ]' A  H# Q" T1 k# Q) c        PCR反向引物为：TGGTGTCGTGGAGTCG
* d" I/ G# V  U5 p1 p版本二：应用似乎更加广泛
' {' w) w( U' O2 P              反转录茎环引物固定的序列为：5-GTCGTATCCAGTGCAGGGTCCGAGGTATTCGCACTGGATACGAC-3，再在后面加上目的miRNA成熟体从后面数六个碱基的反向互补序列。
" c+ A& F  {  l% V              PCR正向引物固定的序列叙述含糊，多为成熟体去除后面2-8个碱基而剩下的序列。# f8 Y2 _4 ~2 H  c: ~! L
              PCR反向引物为：GTGCAGGGTCCGAGGT
+ M# B/ N& Z7 L0 h4 W* u% q, ]: q4 Q困惑ing...* j" a( X, j& W4 x, s! m

- u1 A0 \, V4 A1 }* G这两个系统原理一样，不知有何优劣。
# T, E2 h- M5 G' k
  J) c" h6 h  f) {1 E

runsong

自己顶

runsong

悬赏没人要？！) Z* X: _/ j9 X7 N: b

xuyq706

我们实验室用的第二种方法，一个学姐告诉我的。至于各种方法的优劣，不清楚。

tanguixiang

有很多做小RNA荧光定量检测的公司技术手册上有很好很详细的技术介绍，可以到相关网站上去看看

mckf111

回复 mckf111 的帖子
! x, E9 p8 P" |9 B2 r9 d4 q0 B2 D. j: j2 T8 U8 p* x8 `  H2 d
我用第二种方法 已将miR扩出 但U6没有扩出 因为我在文献给出的引物基础上修改了一点 现在重购引物准备再把U6弄出来

runsong

回复 mckf111 的帖子
: Z- L3 u# E8 F4 M; k) \/ U2 j8 c7 E" x( W2 l4 ~
可以用5s，要是你还没解决的话我把序列发给你

runsong

回复 mckf111 的帖子- g; F0 D8 W+ P& J( H; O

! z1 ^6 S: o6 o/ [$ m# G第二种方法上游引物的通用序列是啥？