请教mi-RNA茎环法设计引物

runsong

预用stem-loop法做RT设计micRNA引物，网上和文献里找到了两个版本的，不太一致。: `+ U& L+ B3 ~7 }, C
版本一：查到以mir-145为例的帖子9 g- j2 V' J' D6 x  P4 \5 R3 U
              反转录茎环引物固定的序列为：5，-CTCAACTGGTGTCGTGGAGTCGGCAATTCAGTTGAG-3，再在后面加上目的miRNA成熟体从后面数八个碱基的反向互补序列。
: }0 C/ v* b# j" i* Y) P# |, X+ C5 u              PCR正向引物固定的序列为：ACACTCCAGCTGGG，在这个序列后加上于成熟体除后面六个外剩下的碱基序列。0 a; K  Y/ }3 O" D
        PCR反向引物为：TGGTGTCGTGGAGTCG' H- s+ l8 W4 a
版本二：应用似乎更加广泛
( @+ X- E- z1 B* Y& v  G              反转录茎环引物固定的序列为：5-GTCGTATCCAGTGCAGGGTCCGAGGTATTCGCACTGGATACGAC-3，再在后面加上目的miRNA成熟体从后面数六个碱基的反向互补序列。! h3 Z# {% X# X' c/ i
  y9 K! p+ n0 P2 z# p
              PCR正向引物固定的序列叙述含糊，多为成熟体去除后面2-8个碱基而剩下的序列。$ L  R- V- R) r4 w
              PCR反向引物为：GTGCAGGGTCCGAGGT7 R) ~9 @* [+ K: S# L
困惑ing...1 ~& D* d0 X0 e5 [4 k# @9 H$ V
: f- E7 H- @7 Z! |2 P% b
这两个系统原理一样，不知有何优劣。
) Q2 V3 X- A  X7 E2 O* @6 S. Z  Q3 M

mckf111

昨天才订购的第二种方法 下周应该有结果 你可以两个都合成试试 都是短引物 不贵
0 J4 x8 `1 D+ r9 z8 W另外 请参考这篇文章method中我的标注部分) a4 }% G1 t. l. f" y" U  c1 M0 }  Q
09-07-引物在其中刘云婧MicroRNA-9 inhibits ovarian cancer cell growth through reg.pdf (506.72 KB)

2011-4-13 20:46 上传

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runsong

预用stem-loop法做RT设计micRNA引物，网上和文献里找到了两个版本的，不太一致。. x3 V' F7 l( P
版本一：查到以mir-145为例的帖子2 M6 U" ~" X% K8 u, L- V  |3 L
              反转录茎环引物固定的序列为：5，-CTCAACTGGTGTCGTGGAGTCGGCAATTCAGTTGAG-3，再在后面加上目的miRNA成熟体从后面数八个碱基的反向互补序列。3 ^  X! E  }& d5 D6 X) o; ^, |; B# k
              PCR正向引物固定的序列为：ACACTCCAGCTGGG，在这个序列后加上于成熟体除后面六个外剩下的碱基序列。
' ]9 y! m/ A7 @( ~        PCR反向引物为：TGGTGTCGTGGAGTCG
' d% s9 ?. x, o- d) M9 N! t3 M版本二：应用似乎更加广泛( i7 M9 o1 s7 u2 |+ a, P, n
              反转录茎环引物固定的序列为：5-GTCGTATCCAGTGCAGGGTCCGAGGTATTCGCACTGGATACGAC-3，再在后面加上目的miRNA成熟体从后面数六个碱基的反向互补序列。' t: d0 L  t+ A6 _) T. l
              PCR正向引物固定的序列叙述含糊，多为成熟体去除后面2-8个碱基而剩下的序列。
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困惑ing.../ I( o7 {" Z! N( Y& x- L

: ^  C: j/ h0 {5 u这两个系统原理一样，不知有何优劣。$ \" b9 K5 W9 i

& ?. c! o' v, H* ^8 h; c

runsong

自己顶

runsong

悬赏没人要？！
. l0 z# h; d, ?( I

xuyq706

我们实验室用的第二种方法，一个学姐告诉我的。至于各种方法的优劣，不清楚。

tanguixiang

有很多做小RNA荧光定量检测的公司技术手册上有很好很详细的技术介绍，可以到相关网站上去看看

mckf111

回复 mckf111 的帖子1 a9 l& ]  a# x1 k% M. _7 h. P) p

4 M- D/ s! {6 |: ?* I; O/ E我用第二种方法 已将miR扩出 但U6没有扩出 因为我在文献给出的引物基础上修改了一点 现在重购引物准备再把U6弄出来

runsong

回复 mckf111 的帖子
* O" T, q9 p) E! K: N. z. `6 ]- d' p
可以用5s，要是你还没解决的话我把序列发给你

runsong

回复 mckf111 的帖子
+ c- g  j6 N( R# D3 C1 N# p1 k
4 z0 p/ X" n( C7 c4 A第二种方法上游引物的通用序列是啥？