请教mi-RNA茎环法设计引物

runsong

预用stem-loop法做RT设计micRNA引物，网上和文献里找到了两个版本的，不太一致。) a6 M5 Z0 u5 T; e4 s7 t
版本一：查到以mir-145为例的帖子
$ [- a4 v; g4 {$ F& P              反转录茎环引物固定的序列为：5，-CTCAACTGGTGTCGTGGAGTCGGCAATTCAGTTGAG-3，再在后面加上目的miRNA成熟体从后面数八个碱基的反向互补序列。7 K  Z8 E4 _, O4 Z; c: I, n
              PCR正向引物固定的序列为：ACACTCCAGCTGGG，在这个序列后加上于成熟体除后面六个外剩下的碱基序列。
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              反转录茎环引物固定的序列为：5-GTCGTATCCAGTGCAGGGTCCGAGGTATTCGCACTGGATACGAC-3，再在后面加上目的miRNA成熟体从后面数六个碱基的反向互补序列。
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              PCR正向引物固定的序列叙述含糊，多为成熟体去除后面2-8个碱基而剩下的序列。5 A( E1 B8 R: u
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mckf111

昨天才订购的第二种方法 下周应该有结果 你可以两个都合成试试 都是短引物 不贵6 d9 f2 V2 @! y% K) O% @" `
另外 请参考这篇文章method中我的标注部分( ~* M  O- n  @7 C$ }0 \
09-07-引物在其中刘云婧MicroRNA-9 inhibits ovarian cancer cell growth through reg.pdf (506.72 KB)

2011-4-13 20:46 上传

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runsong

预用stem-loop法做RT设计micRNA引物，网上和文献里找到了两个版本的，不太一致。
6 a) E2 j# I: k+ l) I4 R版本一：查到以mir-145为例的帖子
7 k! n' ]; z5 Z2 f+ @9 `& O              反转录茎环引物固定的序列为：5，-CTCAACTGGTGTCGTGGAGTCGGCAATTCAGTTGAG-3，再在后面加上目的miRNA成熟体从后面数八个碱基的反向互补序列。
3 r2 V, }8 V' L' D4 g2 Q& q; D              PCR正向引物固定的序列为：ACACTCCAGCTGGG，在这个序列后加上于成熟体除后面六个外剩下的碱基序列。
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$ U, D6 `7 \& X5 y4 E版本二：应用似乎更加广泛
' l1 V. q) q& _! c' \              反转录茎环引物固定的序列为：5-GTCGTATCCAGTGCAGGGTCCGAGGTATTCGCACTGGATACGAC-3，再在后面加上目的miRNA成熟体从后面数六个碱基的反向互补序列。7 I$ M5 Y6 U2 c8 t, ]5 l
              PCR正向引物固定的序列叙述含糊，多为成熟体去除后面2-8个碱基而剩下的序列。" s0 U$ F, h$ k9 z6 z% Q) p' S
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这两个系统原理一样，不知有何优劣。
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runsong

自己顶

runsong

悬赏没人要？！2 c: I* |9 U$ [6 c

xuyq706

我们实验室用的第二种方法，一个学姐告诉我的。至于各种方法的优劣，不清楚。

tanguixiang

有很多做小RNA荧光定量检测的公司技术手册上有很好很详细的技术介绍，可以到相关网站上去看看

mckf111

回复 mckf111 的帖子5 b3 [- D9 I$ z8 V6 j) F% l
/ B6 Z1 G+ s: \. S0 E2 |
我用第二种方法 已将miR扩出 但U6没有扩出 因为我在文献给出的引物基础上修改了一点 现在重购引物准备再把U6弄出来

runsong

回复 mckf111 的帖子
- j% B5 _: i& D) b0 f: d; h1 \3 I, G8 J, K9 }! C
可以用5s，要是你还没解决的话我把序列发给你

runsong

回复 mckf111 的帖子
0 n* N' U: P( P* P% u
5 @+ b2 \/ L# N. N: x7 e第二种方法上游引物的通用序列是啥？