请教mi-RNA茎环法设计引物

runsong

预用stem-loop法做RT设计micRNA引物，网上和文献里找到了两个版本的，不太一致。" r; y  m' A. D" Z4 T9 a& A- M7 `  q
版本一：查到以mir-145为例的帖子# E( t7 Z' ^% @2 ]2 ?9 Z* ~1 O3 u
              反转录茎环引物固定的序列为：5，-CTCAACTGGTGTCGTGGAGTCGGCAATTCAGTTGAG-3，再在后面加上目的miRNA成熟体从后面数八个碱基的反向互补序列。3 h6 r- U2 m" S2 g
              PCR正向引物固定的序列为：ACACTCCAGCTGGG，在这个序列后加上于成熟体除后面六个外剩下的碱基序列。
# A  V4 z; B% Q7 D2 |9 @2 L; N) h& I        PCR反向引物为：TGGTGTCGTGGAGTCG
; f5 ?4 Q* S! _3 X版本二：应用似乎更加广泛" V1 P7 l- a2 m8 a- i" c  z( F
              反转录茎环引物固定的序列为：5-GTCGTATCCAGTGCAGGGTCCGAGGTATTCGCACTGGATACGAC-3，再在后面加上目的miRNA成熟体从后面数六个碱基的反向互补序列。
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1 A% o9 Y; T2 X              PCR正向引物固定的序列叙述含糊，多为成熟体去除后面2-8个碱基而剩下的序列。
3 h/ {+ Q' \+ i              PCR反向引物为：GTGCAGGGTCCGAGGT
4 p  T5 C+ u8 [$ ?3 }3 \  j2 ?. g. u困惑ing...
  z8 B7 `) c; U4 Z- w' b; X/ g! B& z6 z. P2 S; Y# \
这两个系统原理一样，不知有何优劣。
* e8 d7 \) r: J# ?- b2 F9 `9 ]. Y+ {# p8 q. S$ i3 x2 U

mckf111

昨天才订购的第二种方法 下周应该有结果 你可以两个都合成试试 都是短引物 不贵
" ?  R& ~: I' W( V! M另外 请参考这篇文章method中我的标注部分1 |8 O% f) x; v, u, {
09-07-引物在其中刘云婧MicroRNA-9 inhibits ovarian cancer cell growth through reg.pdf (506.72 KB)

2011-4-13 20:46 上传

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runsong

预用stem-loop法做RT设计micRNA引物，网上和文献里找到了两个版本的，不太一致。& m; G9 S1 t8 t( S( ~
版本一：查到以mir-145为例的帖子7 [% z/ ]( m% w9 [! k; V; ~4 C9 h
              反转录茎环引物固定的序列为：5，-CTCAACTGGTGTCGTGGAGTCGGCAATTCAGTTGAG-3，再在后面加上目的miRNA成熟体从后面数八个碱基的反向互补序列。% n! v7 c/ O" `0 R' e: b5 I& {
              PCR正向引物固定的序列为：ACACTCCAGCTGGG，在这个序列后加上于成熟体除后面六个外剩下的碱基序列。
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版本二：应用似乎更加广泛
& g* V: v" }( |              反转录茎环引物固定的序列为：5-GTCGTATCCAGTGCAGGGTCCGAGGTATTCGCACTGGATACGAC-3，再在后面加上目的miRNA成熟体从后面数六个碱基的反向互补序列。
$ s7 P* Q0 i9 Q$ i1 u              PCR正向引物固定的序列叙述含糊，多为成熟体去除后面2-8个碱基而剩下的序列。2 e, B, P7 ?+ J9 A0 T
              PCR反向引物为：GTGCAGGGTCCGAGGT
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7 m7 D& j; [- U% r这两个系统原理一样，不知有何优劣。. J/ k/ ]; E1 _/ l/ H7 B& p
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runsong

自己顶

runsong

悬赏没人要？！+ Z. K( x; k  ]  L7 X0 G

xuyq706

我们实验室用的第二种方法，一个学姐告诉我的。至于各种方法的优劣，不清楚。

tanguixiang

有很多做小RNA荧光定量检测的公司技术手册上有很好很详细的技术介绍，可以到相关网站上去看看

mckf111

回复 mckf111 的帖子
$ D9 h" p& {( ^7 d& P9 E8 B: C. ]' r
我用第二种方法 已将miR扩出 但U6没有扩出 因为我在文献给出的引物基础上修改了一点 现在重购引物准备再把U6弄出来

runsong

回复 mckf111 的帖子
% r9 Y6 A3 O: ^$ ]  T8 z2 a0 [! {) ~( _9 c/ T
可以用5s，要是你还没解决的话我把序列发给你

runsong

回复 mckf111 的帖子5 ?% y1 U% _% y
/ ]8 d' G& |  K1 Z
第二种方法上游引物的通用序列是啥？