请教mi-RNA茎环法设计引物

runsong

预用stem-loop法做RT设计micRNA引物，网上和文献里找到了两个版本的，不太一致。/ u! X, C8 g( f2 X+ v" C) \
版本一：查到以mir-145为例的帖子# Q) Q7 {5 v8 i
              反转录茎环引物固定的序列为：5，-CTCAACTGGTGTCGTGGAGTCGGCAATTCAGTTGAG-3，再在后面加上目的miRNA成熟体从后面数八个碱基的反向互补序列。8 d  f! A& M3 x. |$ w' B
              PCR正向引物固定的序列为：ACACTCCAGCTGGG，在这个序列后加上于成熟体除后面六个外剩下的碱基序列。
7 \0 W) E- I$ L" `( s; j3 _& j        PCR反向引物为：TGGTGTCGTGGAGTCG
  B8 I+ `! r. A1 |7 l& c5 s! K版本二：应用似乎更加广泛1 Q1 `2 Z$ d4 T& g
              反转录茎环引物固定的序列为：5-GTCGTATCCAGTGCAGGGTCCGAGGTATTCGCACTGGATACGAC-3，再在后面加上目的miRNA成熟体从后面数六个碱基的反向互补序列。2 G- S+ f( r- l* i# ]' p

/ T% j1 \/ v1 k1 l3 ^              PCR正向引物固定的序列叙述含糊，多为成熟体去除后面2-8个碱基而剩下的序列。, L+ d: O% h% X) F
              PCR反向引物为：GTGCAGGGTCCGAGGT
! S# u* g5 A6 |* W- I困惑ing...: M! @+ U8 |! F8 w; B+ V5 s& z! w4 q

7 I( O) |4 h* O0 g这两个系统原理一样，不知有何优劣。. D' [: [) Y% f1 ]; l# O3 O

  ~+ r* `# \5 ]9 x" d/ h9 b. E

mckf111

昨天才订购的第二种方法 下周应该有结果 你可以两个都合成试试 都是短引物 不贵2 ]$ F1 l# Q# ~" {
另外 请参考这篇文章method中我的标注部分
. I& y2 g+ \- `. ?. G% M 09-07-引物在其中刘云婧MicroRNA-9 inhibits ovarian cancer cell growth through reg.pdf (506.72 KB)

2011-4-13 20:46 上传

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runsong

预用stem-loop法做RT设计micRNA引物，网上和文献里找到了两个版本的，不太一致。
+ ?+ S2 F1 p2 _7 H6 j版本一：查到以mir-145为例的帖子
; r( u" o3 {/ M& r              反转录茎环引物固定的序列为：5，-CTCAACTGGTGTCGTGGAGTCGGCAATTCAGTTGAG-3，再在后面加上目的miRNA成熟体从后面数八个碱基的反向互补序列。
1 @' K' ~# C: u( ^9 i              PCR正向引物固定的序列为：ACACTCCAGCTGGG，在这个序列后加上于成熟体除后面六个外剩下的碱基序列。
2 V& [% G/ O, S) J5 ?) j        PCR反向引物为：TGGTGTCGTGGAGTCG
- k3 B" ]! m% N版本二：应用似乎更加广泛
2 a4 i0 U* N2 j8 ?8 ]$ C              反转录茎环引物固定的序列为：5-GTCGTATCCAGTGCAGGGTCCGAGGTATTCGCACTGGATACGAC-3，再在后面加上目的miRNA成熟体从后面数六个碱基的反向互补序列。
! L! }) i) O: y: V% V& ]              PCR正向引物固定的序列叙述含糊，多为成熟体去除后面2-8个碱基而剩下的序列。  G) C, c' T+ O# }/ H4 o) V% H
              PCR反向引物为：GTGCAGGGTCCGAGGT
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' Y5 p% O8 y+ s6 v( ~+ F& q' _这两个系统原理一样，不知有何优劣。# L6 }; C, f; _. J

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runsong

自己顶

runsong

悬赏没人要？！
( p5 G' R0 c( |7 B

xuyq706

我们实验室用的第二种方法，一个学姐告诉我的。至于各种方法的优劣，不清楚。

tanguixiang

有很多做小RNA荧光定量检测的公司技术手册上有很好很详细的技术介绍，可以到相关网站上去看看

mckf111

回复 mckf111 的帖子
9 i9 W. q7 `% e! a: b6 x
8 s! H8 F! M, o) j我用第二种方法 已将miR扩出 但U6没有扩出 因为我在文献给出的引物基础上修改了一点 现在重购引物准备再把U6弄出来

runsong

回复 mckf111 的帖子1 L! C2 n0 [, R$ g6 S3 Y: _8 V4 K: G

0 V" Q/ z. p( P* F可以用5s，要是你还没解决的话我把序列发给你

runsong

回复 mckf111 的帖子
$ a& w2 E, {; K9 b( o5 r1 \# N( m7 @) {2 v' B, z
第二种方法上游引物的通用序列是啥？