请教mi-RNA茎环法设计引物

runsong

预用stem-loop法做RT设计micRNA引物，网上和文献里找到了两个版本的，不太一致。8 W% y7 q+ r) {1 ^9 i
版本一：查到以mir-145为例的帖子, u3 S- m# S( R7 _8 @$ x" S) ^; O
              反转录茎环引物固定的序列为：5，-CTCAACTGGTGTCGTGGAGTCGGCAATTCAGTTGAG-3，再在后面加上目的miRNA成熟体从后面数八个碱基的反向互补序列。3 v" Y' R, \- i1 i" S4 ^
              PCR正向引物固定的序列为：ACACTCCAGCTGGG，在这个序列后加上于成熟体除后面六个外剩下的碱基序列。$ g7 a4 W7 L" M. m" ^  ^' P  F
        PCR反向引物为：TGGTGTCGTGGAGTCG
% O& w" Q6 Z" v( }版本二：应用似乎更加广泛! ]+ c0 l# ^: C4 k3 Q' e3 [
              反转录茎环引物固定的序列为：5-GTCGTATCCAGTGCAGGGTCCGAGGTATTCGCACTGGATACGAC-3，再在后面加上目的miRNA成熟体从后面数六个碱基的反向互补序列。% x( i! h: P, X0 M
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              PCR正向引物固定的序列叙述含糊，多为成熟体去除后面2-8个碱基而剩下的序列。
* u; ]4 L. F0 `              PCR反向引物为：GTGCAGGGTCCGAGGT
: W) x7 L( i7 D) |$ E困惑ing...
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* o$ O6 P1 b$ e2 [- Y. B# N这两个系统原理一样，不知有何优劣。* l: S9 |* V, U9 d7 ], z
  z" D9 D  x" i+ d8 s

mckf111

昨天才订购的第二种方法 下周应该有结果 你可以两个都合成试试 都是短引物 不贵0 Z) }  M2 \# j+ R! |& x
另外 请参考这篇文章method中我的标注部分
  |- \% N& f# F$ @ 09-07-引物在其中刘云婧MicroRNA-9 inhibits ovarian cancer cell growth through reg.pdf (506.72 KB)

2011-4-13 20:46 上传

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runsong

预用stem-loop法做RT设计micRNA引物，网上和文献里找到了两个版本的，不太一致。
; L- m# _/ b: F版本一：查到以mir-145为例的帖子
) C. F/ X+ \, Z. `: I# e+ @( B) Y  D: R              反转录茎环引物固定的序列为：5，-CTCAACTGGTGTCGTGGAGTCGGCAATTCAGTTGAG-3，再在后面加上目的miRNA成熟体从后面数八个碱基的反向互补序列。; d; F5 x  t9 d" A: ]+ T- G
              PCR正向引物固定的序列为：ACACTCCAGCTGGG，在这个序列后加上于成熟体除后面六个外剩下的碱基序列。3 |/ g# Z  U# s
        PCR反向引物为：TGGTGTCGTGGAGTCG- E- i# B8 U  w0 g$ H# I0 o) E
版本二：应用似乎更加广泛
8 O6 Q2 b/ G4 f9 z) K" f, ~              反转录茎环引物固定的序列为：5-GTCGTATCCAGTGCAGGGTCCGAGGTATTCGCACTGGATACGAC-3，再在后面加上目的miRNA成熟体从后面数六个碱基的反向互补序列。6 n, g. O. J- ]! S1 E
              PCR正向引物固定的序列叙述含糊，多为成熟体去除后面2-8个碱基而剩下的序列。
4 n9 j% Y1 X7 N5 w0 o- ^" F              PCR反向引物为：GTGCAGGGTCCGAGGT
5 Z- K" l! s: g7 |+ m0 Q困惑ing...
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这两个系统原理一样，不知有何优劣。
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7 b* G; g$ H+ M9 p6 Y2 C

runsong

自己顶

runsong

悬赏没人要？！- u' |7 j$ s7 O; H

xuyq706

我们实验室用的第二种方法，一个学姐告诉我的。至于各种方法的优劣，不清楚。

tanguixiang

有很多做小RNA荧光定量检测的公司技术手册上有很好很详细的技术介绍，可以到相关网站上去看看

mckf111

回复 mckf111 的帖子
0 N, g. M, T8 i" z) ?7 ~* r3 p! X& z/ r
我用第二种方法 已将miR扩出 但U6没有扩出 因为我在文献给出的引物基础上修改了一点 现在重购引物准备再把U6弄出来

runsong

回复 mckf111 的帖子
; }+ g7 Q. `' L8 ]  l- {& ~- a, F1 C" o3 c
可以用5s，要是你还没解决的话我把序列发给你

runsong

回复 mckf111 的帖子5 B! n3 _# H1 r$ g# e) B' ?+ Y2 ]8 F

- H" j. ^; X0 Y' h第二种方法上游引物的通用序列是啥？