请教mi-RNA茎环法设计引物

runsong

预用stem-loop法做RT设计micRNA引物，网上和文献里找到了两个版本的，不太一致。' O# `! f! L& ]
版本一：查到以mir-145为例的帖子
$ T# `9 Z2 B; u' M              反转录茎环引物固定的序列为：5，-CTCAACTGGTGTCGTGGAGTCGGCAATTCAGTTGAG-3，再在后面加上目的miRNA成熟体从后面数八个碱基的反向互补序列。
9 D% l  k- ]- t( `4 b+ U/ o7 q              PCR正向引物固定的序列为：ACACTCCAGCTGGG，在这个序列后加上于成熟体除后面六个外剩下的碱基序列。9 O1 r7 |7 F4 ~3 K# W- o  \
        PCR反向引物为：TGGTGTCGTGGAGTCG, b- O4 {! o  F! b
版本二：应用似乎更加广泛
* M: \/ X" H4 T1 B9 @2 [              反转录茎环引物固定的序列为：5-GTCGTATCCAGTGCAGGGTCCGAGGTATTCGCACTGGATACGAC-3，再在后面加上目的miRNA成熟体从后面数六个碱基的反向互补序列。
  K) D" f: j0 p2 D4 v- r7 R* d$ m8 \' T( z7 ^, @2 I
              PCR正向引物固定的序列叙述含糊，多为成熟体去除后面2-8个碱基而剩下的序列。
3 q7 p' \- g8 w- T              PCR反向引物为：GTGCAGGGTCCGAGGT; ^  z3 R+ m2 b3 M5 U7 r0 S
困惑ing...
" g8 @- t7 p* V# I3 l/ E$ |. c* N* ?2 O% Q, A& K, ~6 _+ ]3 B
这两个系统原理一样，不知有何优劣。
1 H$ @8 Z5 _; V+ ?) L) A0 U; r8 ~; ]$ R! e* f

mckf111

昨天才订购的第二种方法 下周应该有结果 你可以两个都合成试试 都是短引物 不贵
0 g, F& c# T  ?3 l* x6 K7 e8 ^另外 请参考这篇文章method中我的标注部分
* n+ _* h5 q& J- g* O% P8 D2 g 09-07-引物在其中刘云婧MicroRNA-9 inhibits ovarian cancer cell growth through reg.pdf (506.72 KB)

2011-4-13 20:46 上传

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runsong

预用stem-loop法做RT设计micRNA引物，网上和文献里找到了两个版本的，不太一致。' I& a, t* u) d  w. W- U$ K8 W6 p
版本一：查到以mir-145为例的帖子
! M! K' H" c" r2 c              反转录茎环引物固定的序列为：5，-CTCAACTGGTGTCGTGGAGTCGGCAATTCAGTTGAG-3，再在后面加上目的miRNA成熟体从后面数八个碱基的反向互补序列。! d& b' L! H' I9 E3 F
              PCR正向引物固定的序列为：ACACTCCAGCTGGG，在这个序列后加上于成熟体除后面六个外剩下的碱基序列。5 q3 f9 H% }9 M- D
        PCR反向引物为：TGGTGTCGTGGAGTCG- M  B& |" N" {' n" N6 a8 Z
版本二：应用似乎更加广泛$ G' d) q$ Q8 `, g0 y$ t8 ~0 m
              反转录茎环引物固定的序列为：5-GTCGTATCCAGTGCAGGGTCCGAGGTATTCGCACTGGATACGAC-3，再在后面加上目的miRNA成熟体从后面数六个碱基的反向互补序列。+ R+ i* k3 Z- Z4 L. m$ a
              PCR正向引物固定的序列叙述含糊，多为成熟体去除后面2-8个碱基而剩下的序列。$ {3 m) V9 n/ b& n
              PCR反向引物为：GTGCAGGGTCCGAGGT; E/ `+ k7 \. u2 ^
困惑ing...
0 u: u, N  O) X- W4 G, D
' s5 m4 Y- N3 w' J! K这两个系统原理一样，不知有何优劣。
) L8 V  p/ C8 I2 j
$ `0 I5 ?/ F( u0 D. A9 D; \

runsong

自己顶

runsong

悬赏没人要？！: S2 u; o, t$ a. C3 A, ^4 W

xuyq706

我们实验室用的第二种方法，一个学姐告诉我的。至于各种方法的优劣，不清楚。

tanguixiang

有很多做小RNA荧光定量检测的公司技术手册上有很好很详细的技术介绍，可以到相关网站上去看看

mckf111

回复 mckf111 的帖子
- X6 V2 g8 }! \; b& b7 L4 W
' q  h  [9 c& c6 s我用第二种方法 已将miR扩出 但U6没有扩出 因为我在文献给出的引物基础上修改了一点 现在重购引物准备再把U6弄出来

runsong

回复 mckf111 的帖子, v) s) V4 }* H5 B7 G4 V  D

/ z# O7 o4 y) B1 s, A) e1 f可以用5s，要是你还没解决的话我把序列发给你

runsong

回复 mckf111 的帖子) }: Q9 i  w+ a2 P, e1 A

; ?2 B4 |8 K( D第二种方法上游引物的通用序列是啥？