miRNA引物

kaxdd

我要鉴定miRNA，想问下，miRNA的特异引物怎么设计。对这方面了解很少，希望大家多多指点，谢谢。

runsong

不太容易一下子讲清楚。( m! N2 Q9 Y+ Q
我们这里用所研究的miRNA的特异性颈环反转录引物分别反转录出各自miRNA的“cDNA”，同时在“cDNA”中引入通用序列。
5 P" s9 O0 _. m2 M* @3 d再设计miRNA的特异性上游引物，连同下游通用引物做定量PCR.& c* R) q9 @/ L+ q- E
不清楚的话再与我联系吧。

langziforever

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; T$ Z$ B" A! S* b2 L4 C' _  A, X2 u# R
这个问题不知道怎么回答你，按照你的意思，应该是你已经知道了这个miRNA的序列，而你的目的是要在不同条件下检测miRNA的表达？那如果是这样的话，你要设计引物，应该是想要使用realtime PCR的方法来检测，由于miRNA太小，所以，设计引物的选择很少，所以，也相对比较简单，目前有很多商业的试剂盒可以选用，需要你可以自己去搜索一下。我搜到一个图片应该可以很好解释你引物设计的问题，一般是利用一端颈环结构的引物和另一端序列特异性的引物，使用染料法或者探针法进行检测，但这个是用在qRT-PCR上的，还有一些其他可用的策略到达对miRNA定量和检测的目的，比如northern blot、或者做RT-PCR后克隆测序的方法。, p* w$ e7 q. b: a: d

runsong

可以看看当时我发的帖子
6 }' s% U4 i6 w7 Whttp://www.stemcell8.cn/thread-35845-1-1.html
8 f) {% \' g$ t; N! F( K2 {) s现在我已设计了鼠与牛302a，302b，302c，302d，367，499a，34c的引物。

kaxdd

回复 runsong 的帖子. N* f* v; P: _
0 M- g/ I* z5 U0 d+ H
我只是想鉴定一下细胞内是否有某一miRNA的表达，不用定量，是不是只做RT-PCR就可以。

runsong

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0 P4 A) g% L) b+ d( @
- d5 Z7 u* I9 [可以，但要摸索循环数，我感觉同一miRNA在各个样品中的表达并没有质的区别，只有量的差别。

wolf1978

runsong 发表于 2011-7-11 23:00 . n; A' M, ]# t; [
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/ E; Q9 J* }& l/ e
9 Y; x/ O2 |4 I- }8 I& ]+ N. g1 `可以，但要摸索循环数，我感觉同一miRNA在各个样品中的表达并没有质的区别，只有量的差 ...

! l+ ~+ [) K7 U- t同意，以RT-PCR的敏感性，含量很低都能够扩增出来的。因此对自己关心的体系最好有个参照，以达到相对定量判断的目的！