miRNA引物

kaxdd

我要鉴定miRNA，想问下，miRNA的特异引物怎么设计。对这方面了解很少，希望大家多多指点，谢谢。

runsong

不太容易一下子讲清楚。
3 \- H1 j6 @% ?2 D9 i- T& ~我们这里用所研究的miRNA的特异性颈环反转录引物分别反转录出各自miRNA的“cDNA”，同时在“cDNA”中引入通用序列。- b$ ]4 O# k, _+ [( f
再设计miRNA的特异性上游引物，连同下游通用引物做定量PCR.7 V. L# u( O1 c; p- K( t: H8 a
不清楚的话再与我联系吧。

langziforever

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( |- T- l. Z& M9 _, h9 O, q" J7 C. N, V# g
这个问题不知道怎么回答你，按照你的意思，应该是你已经知道了这个miRNA的序列，而你的目的是要在不同条件下检测miRNA的表达？那如果是这样的话，你要设计引物，应该是想要使用realtime PCR的方法来检测，由于miRNA太小，所以，设计引物的选择很少，所以，也相对比较简单，目前有很多商业的试剂盒可以选用，需要你可以自己去搜索一下。我搜到一个图片应该可以很好解释你引物设计的问题，一般是利用一端颈环结构的引物和另一端序列特异性的引物，使用染料法或者探针法进行检测，但这个是用在qRT-PCR上的，还有一些其他可用的策略到达对miRNA定量和检测的目的，比如northern blot、或者做RT-PCR后克隆测序的方法。
: J1 b7 z5 @7 L1 @  q" `% {

runsong

可以看看当时我发的帖子$ W# n$ }2 D3 d) O" a$ V
http://www.stemcell8.cn/thread-35845-1-1.html
/ Q" u' L% v: Q7 |2 C1 \现在我已设计了鼠与牛302a，302b，302c，302d，367，499a，34c的引物。

kaxdd

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0 M" l3 w/ {4 X! p5 i
5 Z& E8 R' M4 Z5 G8 a9 `我只是想鉴定一下细胞内是否有某一miRNA的表达，不用定量，是不是只做RT-PCR就可以。

runsong

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1 E* z$ g& l. u* p: g
# X; F1 v8 s$ d/ m$ ]+ e可以，但要摸索循环数，我感觉同一miRNA在各个样品中的表达并没有质的区别，只有量的差别。

wolf1978

runsong 发表于 2011-7-11 23:00 9 M$ k  t! b: Y1 R
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2 g; B8 J% a, h# {% A  Q8 m, B7 R* Q3 e4 `4 r3 j
可以，但要摸索循环数，我感觉同一miRNA在各个样品中的表达并没有质的区别，只有量的差 ...

% T; m6 G  J  [4 J: J* ^+ s  g
同意，以RT-PCR的敏感性，含量很低都能够扩增出来的。因此对自己关心的体系最好有个参照，以达到相对定量判断的目的！