诺奖得主、iPS细胞之父山中伸弥论文遭质疑(ZT)

marrowstem

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- v& i$ u: T* V) A 来源：生物360 作者：koo
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6 h+ ?3 L# z2 c/ d: d( c4月28日下午，iPS细胞之父、京都大学教授山中伸弥在京都大学举行记者会，神情严肃。- M2 M4 t2 \4 V

+ d' E/ u8 U) n# b      诺奖得主、诱导多能干细胞（iPS细胞）之父、日本京都大学教授山中伸弥 28 日在京都大学举行记者会，就互联网上有人对自己 2000 年发表在海外学术杂志上的论文提出质疑一事称，“论文的报告内容是正确的，这毋庸置疑”。山中解释，“论文的研究结果已由多名研究人员再现，也不记得自己有违背研究伦理的行为”。5 e6 I1 |# p' O: x
据京都大学 iPS 细胞研究所称，2013 年 4 月山中的论文在网上受到质疑后已开始调查，收到山中提交的 5 箱实验记录。

Tivah

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% N  b5 N6 I- S+ Q0 I+ L( J恩，可能会非常复杂，不过既然是建模，选择什么省略什么要看建模人。相信会有令人振奋的消息的。今年PNAS上Physics模块里不是有篇用chemical cell来验证图灵1952年那篇chemical basis of morphogenesis吗？我特别喜欢那个（虽然看得模模糊糊，并且连figure都是看第二遍才看懂的）。

FreeCell

黄禹奚哭了，小保方睛子哭了，山中申弥哭了...( V+ I" G' r3 n
tear drops are totipotent？

marrowstem

        这个题目讨论到这里，我想大家还是尽量的就事论事。Yamanka此次高调出来召开记者招待会，还眼含泪水、并深深地鞠躬道歉，我想还是有他很大的委屈在里面，但感觉他又似乎缺少了点自信，虽然他上交了满满五箱的实验记录。

chips100

大家在说什么？( |% u, @' h) |9 E, g3 l
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1. 最开始楼主说yamanaka被质疑，原来是2000年的一篇文章被质疑了，跟ipsc无关，出这个事是为了抹黑他吗？出于他在ipsc的权威地位，现在质疑他，是说明这个领域发展到瓶颈了吗？
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& d8 M+ b" d0 q9 H7 _2. 后面开始讨论ipsc的发展方向，以及本质问题，涉及到整个干细胞领域了。良好的界定ipsc和其他的干细胞，全能性和多能性的获得以及维持，分化，如果都解决了，那干细胞的根本问题也就解决了，这本不是ipsc能够承载的。如果ipsc连全能性都还没有，那去解决干细胞的问题本身就是有缺陷的。
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3. 再之后的讨论涉及到建模问题。用物理和数学方法对任何领域进行归纳总结是现代科学的基础。对于生物学或者医学采用这样的方法可能会非常复杂，毕竟引入生命体进行人择也是物理发展的一个阶段。

FreeCell

yamanaka需要面对几个基本问题：5 [7 q# ^3 _6 p$ O- H
what——什么是iPSC，即明确定义iPSC的内涵与外延，四因子转基因诱导是iPSC，四小分子诱导还是iPSC吗？
9 z  f/ _" [9 ~4 q! a* r, _0 k5 c! iwhere——iPSC从哪来，成纤维细胞转基因变过来的，还是MEF中原本就存在的干细胞被激活和富集？( \- H( ?- U& h1 X8 B2 `
when——什么情况下iPSC可以逆转生命时钟？" V8 Z; H3 ^1 c, ?7 @
who——哪些细胞具备被重编程的条件？
9 E5 U) X; i: ehow——细胞重编程到底经历了那些过程？这些过程是随机的还是有规律的？
$ W. W$ Q$ Z% [" b* D  _8 Zwhy——以上问题的机理是什么？

Tivah

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回复 tpwang 的帖子' m9 I9 _9 C& n0 I7 A7 G, h! L

. c' J4 }+ q# y; q上帝自己就在掷色子。或者说是因为人自身的局限使人无法获得超越光速的信息，所以我们眼中的上帝只能是在掷色子。
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0 G+ S4 `# d$ e  Z; J. d! ^2 J但我认为Yamanaka研究的意义，就好像我们接到第一个课题，雄心壮志开始做，做到最后，发了paper时才发现自己走了多少弯路。但那个过程是必须的。没有这个过程，我们很难了解这么深。包括一些灌水的文章，我们总得有点什么能让新人进入这个领域，过分要求“动机纯洁”意义不大。4 D5 o- J2 O: L9 S7 M3 f) V3 B
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拿物理上经典的分光实验来说吧，当时之所以得出“人的观测影响量子行为”的假设，就在于给出了一个类似于“力是维持物体运动的原因”的先入为主的假设——人可以在”瞬间”获得信息。但这是不可能的。（或者说，对于“人”来说，是不可能的。）这个理论在最初支持了“人择原理”的发展，但后来，（弱）人择原理的发展并不受限于分光实验在这点上的瑕疵。总得有先驱吧，否则这种苛责就真的带了点《热风》的味道。$ |9 P* P) h' b9 Y& ]) X, d

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9 L2 M+ {3 o: k1 |$ G也许现在的paper有些人做的东西，就好像是日心说提出之前在发展“本轮均轮”的理论；但是我觉得最重要的是，在日心说终于浮出水面时，不会受到过分的苛责与质疑。

Tivah

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  N( ~3 R3 f# w0 X9 ?4 n"而iPS技术呢，正是一个让人震惊的发现，震惊之处在于可以用如此简要的方法使体细胞恢复全能性。我认为iPS的意义就在这里，就是获得全能性出乎意料的简单。"
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同意。奖给的是整个领域。他是代表人之一。0 N4 ]4 S( R: w  R% K
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小保当时能引起那么大轰动，也是有原因的。不过现在就不说她的。——让我铺上MEF之后用干冰蒸汽蒸一下，于是MEF感觉冷，收缩了抱团了于是iPS了~（忽略我）

孤野知—少帅

      看了各位的评论，同意一些人的看法，同时也对一些人的看法不是很理解。由于知识面不广，之前对于iPSC以及转分化等仅是理解成细胞命运的转变，这大概也是仅看papers的结果，不过我想大概应是这样，的确是由一种细胞转变成了另一种细胞。Waddington经典Epigenetic landscape对于细胞命运诠释假说以及基因决定说，均表明一个细胞最终成为或界定为什么类型的细胞决定于它的基因表达谱。转入OSKM，起始其几乎全是多能性相关基因的靶基因转录，使靶基因逐渐表达，从而开始了重编程之路，这里面很重要的一点也是细胞的表观重编程，在后续的研究中将OSKM逐步替换掉，或全用小分子，都是致力于改变细胞的表观概况，使其向着多能性（iPS）趋近也证明了这一点。所有的这个过程中并没有加入抑制体细胞基因表达、抑制体细胞表观概况的因子，但是重编程的首要一步却是发生了体细胞特性的消失，这些是否能说明我们只要加强多能性相关特性的凸显，分化相关特性就会自动削弱，达到一种干性将分化特性“干掉”的状态。转分化也是如此，增强A细胞特性，“干掉”B细胞特性，从而实现命运的转变。可能是错误的，也请各抒己见。8 w% E% ]) v4 x% t) e4 k# R
      而对于iPSC的猜疑，我想我们是不是对于iPSC存在一种定义上的误区：iPSC可替代ESC，无所不能。完全将iPSC作为ESC的一个理想替代几乎是不可能的，而真正的iPSC应该是一种独立于ESC的状态，即它理应是不能替代ESC的、存在难以消除的种种局限的多能性细胞，这也可能是山中等人的错误引导，无限夸大iPSC的功能，实者是一种利益的趋势。
3 p# a8 L/ |- T0 o% B9 E& Z      另外，关于物理和数学模型对于iPSC的机理阐述，由于知识浅薄，不懂。想请对这方面有见地的前辈能上传一两篇物理和数学模型对于细胞学（干细胞最好）研究的文章，学习一下。

tpwang

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* a% U) p7 M  d& E% I0 l我很认同。+ B! p% E# p. k: J* a" |

4 l8 }2 b" y* l理论物理学家在干细胞领域发表新理论与数学模型之日，便是重编程盖棺定论之时。3 P; {  e" N1 z1 Y6 _

4 ^- }) b( F" r+ ?' h( |而实现不了单细胞操作，干细胞应用本质上还是掷色子。
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: g$ _& ]! c) J4 Z  G+ u% g也许永远只能靠一定程度有效地掷色子。人与自身的博弈。